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ifgovh金蟲 (小有名氣)
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[求助]
提交castep任務(wù)的pbs文件求助
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求助1：小弟的MS6.0前幾天不知道什么原因通過gateway提交任務(wù)，剛提交上去就提示launch failure， 服務(wù)器端gateway和windows 服務(wù)里面的gateway肯定打開的，licence也沒問題，防火墻也是關(guān)閉的，不知道是什么原因。 求助2：小弟為了能繼續(xù)使用，想通過RunCASTEP.sh提交任務(wù)，但是結(jié)果也很不理想，我用的作業(yè)管理系統(tǒng)是torque，但是用 RunCASTEP -q xxx -np xx basename1 basename2提交任務(wù)的時(shí)候 -q后面不知道填什么，老是提交不上，如果索性不用-q的話提交的任務(wù)算下來總是有問題。 求助3： 為了能繼續(xù)使用，我又試了pbs提交任務(wù)，用的教程是http://www.gaoyang168.com/html/201207/4702095.html，我模仿其中的pbs文件寫了一個(gè)sh文件一個(gè)pbs文件，但是始終不成功，貼出來請大家?guī)兔Ψ治鲆幌隆?br /> pbs： #!/bin/bash ################### #PBS -N msi #PBS -l nodes=1:ppn=8 #PBS -S /bin/bash #PBS -l walltime=3000:00:00 #PBS -j oe #PBS -V ################### project_name=CO_1 # change name here!!! source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 source /opt/intel/mkl/bin/intel64/mklvars_intel64.sh export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib source /home/wangch/Accelrys/ms60.sh cd $PBS_O_WORKDIR NP=`cat ${PBS_NODEFILE} | wc -l` NN=`cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq | tee /tmp/nodes.$$ | wc -l`（看其他教程多加了一句，也不知道對不對） $MS_INSTALL_ROOT/bin/mpirun -machinefile $PBS_NODEFILE -np $NP $MS_INSTALL_ROOT/bin/castepexe.exe $project_name（不知道我的mpi和教程的mpi指令一樣與否，我估計(jì)這里可能是出問題的地方） rm -f *.pid exit 0 我用的mpi是 openmpi1.4.1，目錄在/opt/openmpi 環(huán)境變量 source /opt/intel/composer_xe_2011_sp1/bin/compilervars.sh intel64 （ifort編譯器） export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH （openmpi） export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib /home/wangch/Accelrys/ms60.sh 是從那個(gè)教程里下載的，修改了一點(diǎn)路徑，也附到下面： #!/bin/bash # Parallel Environment Setting for Materials Studio 6.0 export MS_INSTALL_ROOT=/home/wangch/Accelrys/MaterialsStudio6.0 export MSI_LIC_PACK_DIR=/home/wangch/Accelrys/LicensePack export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$MSI_LIC_PACK_DIR/linux/lib:$MS_INSTALL_ROOT/lib export PATH=$PATH:$MS_INSTALL_ROOT/etc/CASTEP/bin/:$MS_INSTALL_ROOT/etc/DMol3/bin/ export Castep_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/Castep export Castep_TMP=/tmp export DMOL3_DATA=$MS_INSTALL_ROOT/share/Resources/Quantum/DMol3 export DMOL_TMP=/tmp export TMPDIR=$Castep_TMP . $MSI_LIC_PACK_DIR/etc/lp_profile eval `$MS_INSTALL_ROOT/share/license/data/lic_setup.sh $MS_INSTALL_ROOT -s sh` 我完全不懂這些語言都是瞎搞的，請各位大神指教。 實(shí)際只要能讓我提交任務(wù)計(jì)算，怎么樣都可以，謝謝！ |
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