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fanghongmei

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[求助] PBS腳本的編寫問(wèn)題已有2人參與

大家好！最近在做All Atom Structure Prediction and Folding Simulations of a Stable Protein（http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section1.htm）這個(gè)教程，但是我發(fā)現(xiàn)這里面的PBS腳本沒(méi)辦法運(yùn)行，腳本如下：
#PBS -l ncpus=16
#PBS -l walltime=500:00:00
#PBS -l cput=2000:00:00
#PBS -j oe
setenv AMBERHOME /usr/people/rcw/amber9
cd ~rcw/initial_heating
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat1.in -p TC5b.prmtop -c min1.rst -r heat1.rst -o heat1.out -x heat1.mdcrd
gzip -9 heat1.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat2.in -p TC5b.prmtop -c heat1.rst -r heat2.rst -o heat2.out -x heat2.mdcrd
gzip -9 heat2.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat3.in -p TC5b.prmtop -c heat2.rst -r heat3.rst -o heat3.out -x heat3.mdcrd
gzip -9 heat3.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat4.in -p TC5b.prmtop -c heat3.rst -r heat4.rst -o heat4.out -x heat4.mdcrd
gzip -9 heat4.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat5.in -p TC5b.prmtop -c heat4.rst -r heat5.rst -o heat5.out -x heat5.mdcrd
gzip -9 heat5.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat6.in -p TC5b.prmtop -c heat5.rst -r heat6.rst -o heat6.out -x heat6.mdcrd
gzip -9 heat6.mdcrd
mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat7.in -p TC5b.prmtop -c heat6.rst -r heat7.rst -o heat7.out -x heat7.mdcrd
gzip -9 heat7.mdcrd
echo "DONE"
想請(qǐng)問(wèn)大家一下，應(yīng)該怎樣編寫適合自己程序運(yùn)行的腳本呢？在編寫腳本的過(guò)程中需要指出輸入文件、輸出文件的路徑嗎？（我所用的軟件是amber10）
還有cd ~rcw/initial_heating，這一行代表的是什么意思呢？
本人剛剛接觸amber一段時(shí)間，很多東西都不懂，還請(qǐng)路過(guò)的高手們不吝賜教，不勝感激！

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1樓 2014-03-04 19:10:49

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★
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-03-05 18:21:48

同是amber新手，也是運(yùn)行不了pbs腳本，按照tutorial b1，有一個(gè).x的腳本，其實(shí)就是把一堆命令放到一塊，然后讓機(jī)器去執(zhí)行。你也可以試試。

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4樓2014-03-05 10:12:02

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
fanghongmei: 金幣+2, ★有幫助 2014-03-05 08:34:36
月只藍(lán): 金幣+1, 鼓勵(lì)交流！ 2014-03-05 18:21:33

同新手，幫頂
amber10也太古老了吧，話說(shuō)馬上amber14就要出了
腳本沒(méi)辦法運(yùn)行，看一下提示的錯(cuò)誤信息，這個(gè)腳本是在16核的機(jī)器上運(yùn)行的
cd 那一句是切換目錄

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2樓2014-03-04 20:51:50

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引用回帖:

2樓: Originally posted by iamthinking at 2014-03-04 20:51:50
同新手，幫頂
amber10也太古老了吧，話說(shuō)馬上amber14就要出了
腳本沒(méi)辦法運(yùn)行，看一下提示的錯(cuò)誤信息，這個(gè)腳本是在16核的機(jī)器上運(yùn)行的
cd 那一句是切換目錄

謝謝啦！
沒(méi)辦法，學(xué)校只能用amber10
唉，入門真的很困難

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3樓2014-03-05 08:37:08

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4樓: Originally posted by 老曼7 at 2014-03-05 10:12:02
同是amber新手，也是運(yùn)行不了pbs腳本，按照tutorial b1，有一個(gè).x的腳本，其實(shí)就是把一堆命令放到一塊，然后讓機(jī)器去執(zhí)行。你也可以試試。

謝謝啦！

這個(gè)腳本到是可以運(yùn)行，但問(wèn)題是我必須把所有的輸入文件都放在主目錄下面才可以運(yùn)行，要是這些輸入文件在下面的子文件中就沒(méi)辦法運(yùn)行，而且所有的輸出文件都在主目錄下。請(qǐng)問(wèn)有什么解決辦法嗎？

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5樓2014-03-05 14:51:48

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★
月只藍(lán): 編輯內(nèi)容 2014-03-05 18:22
fanghongmei: 金幣+3, ★有幫助 2014-03-06 18:56:03

引用回帖:

5樓: Originally posted by fanghongmei at 2014-03-05 14:51:48
謝謝啦！

這個(gè)腳本到是可以運(yùn)行，但問(wèn)題是我必須把所有的輸入文件都放在主目錄下面才可以運(yùn)行，要是這些輸入文件在下面的子文件中就沒(méi)辦法運(yùn)行，而且所有的輸出文件都在主目錄下。請(qǐng)問(wèn)有什么解決辦法嗎？...

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6樓2014-03-05 17:43:54

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6樓: Originally posted by iamthinking at 2014-03-05 17:43:54
...

刪除亂碼？
什么意思？不懂，可以說(shuō)的具體一些嗎？

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7樓2014-03-05 20:02:28

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7樓: Originally posted by fanghongmei at 2014-03-05 20:02:28
刪除亂碼？
什么意思？不懂，可以說(shuō)的具體一些嗎？...

小木蟲客戶端的bug，粗線亂碼了

你可以把腳本和輸出文件放在一個(gè)新建的目錄里面，數(shù)據(jù)處理也在里面，這樣可以讓主目錄簡(jiǎn)潔一點(diǎn)，數(shù)據(jù)輸出也方便

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5樓: Originally posted by fanghongmei at 2014-03-05 14:51:48
謝謝啦！

用./和../這兩個(gè)命令，可以不用把文件移來(lái)移去的。

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9樓2014-03-06 10:49:15

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8樓: Originally posted by iamthinking at 2014-03-05 23:11:14
小木蟲客戶端的bug，粗線亂碼了

你可以把腳本和輸出文件放在一個(gè)新建的目錄里面，數(shù)據(jù)處理也在里面，這樣可以讓主目錄簡(jiǎn)潔一點(diǎn)，數(shù)據(jù)輸出也方便...

我就是這樣做的，可是這樣的話，腳本就運(yùn)行不了，會(huì)有錯(cuò)誤提醒是：輸入文件讀取失敗。真心的覺(jué)得挺糾結(jié)的，不知道為什么

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10樓2014-03-06 19:00:40

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