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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » PBS腳本的編寫問題
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fanghongmei金蟲 (初入文壇)
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[求助]
PBS腳本的編寫問題 已有2人參與
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大家好！最近在做All Atom Structure Prediction and Folding Simulations of a Stable Protein（http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section1.htm）這個教程，但是我發(fā)現(xiàn)這里面的PBS腳本沒辦法運行，腳本如下： #PBS -l ncpus=16 #PBS -l walltime=500:00:00 #PBS -l cput=2000:00:00 #PBS -j oe setenv AMBERHOME /usr/people/rcw/amber9 cd ~rcw/initial_heating mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat1.in -p TC5b.prmtop -c min1.rst -r heat1.rst -o heat1.out -x heat1.mdcrd gzip -9 heat1.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat2.in -p TC5b.prmtop -c heat1.rst -r heat2.rst -o heat2.out -x heat2.mdcrd gzip -9 heat2.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat3.in -p TC5b.prmtop -c heat2.rst -r heat3.rst -o heat3.out -x heat3.mdcrd gzip -9 heat3.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat4.in -p TC5b.prmtop -c heat3.rst -r heat4.rst -o heat4.out -x heat4.mdcrd gzip -9 heat4.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat5.in -p TC5b.prmtop -c heat4.rst -r heat5.rst -o heat5.out -x heat5.mdcrd gzip -9 heat5.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat6.in -p TC5b.prmtop -c heat5.rst -r heat6.rst -o heat6.out -x heat6.mdcrd gzip -9 heat6.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat7.in -p TC5b.prmtop -c heat6.rst -r heat7.rst -o heat7.out -x heat7.mdcrd gzip -9 heat7.mdcrd echo "DONE" 想請問大家一下，應該怎樣編寫適合自己程序運行的腳本呢？在編寫腳本的過程中需要指出輸入文件、輸出文件的路徑嗎？（我所用的軟件是amber10） 還有cd ~rcw/initial_heating，這一行代表的是什么意思呢？ 本人剛剛接觸amber一段時間，很多東西都不懂，還請路過的高手們不吝賜教，不勝感激！  |
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