 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
小木蟲論壇-學術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » PBS腳本的編寫問題
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1847 | 回復: 15 | ||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
fanghongmei金蟲 (初入文壇)
|
[求助]
PBS腳本的編寫問題 已有2人參與
|
|
|
大家好！最近在做All Atom Structure Prediction and Folding Simulations of a Stable Protein（http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial3/section1.htm）這個教程，但是我發(fā)現(xiàn)這里面的PBS腳本沒辦法運行，腳本如下： #PBS -l ncpus=16 #PBS -l walltime=500:00:00 #PBS -l cput=2000:00:00 #PBS -j oe setenv AMBERHOME /usr/people/rcw/amber9 cd ~rcw/initial_heating mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat1.in -p TC5b.prmtop -c min1.rst -r heat1.rst -o heat1.out -x heat1.mdcrd gzip -9 heat1.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat2.in -p TC5b.prmtop -c heat1.rst -r heat2.rst -o heat2.out -x heat2.mdcrd gzip -9 heat2.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat3.in -p TC5b.prmtop -c heat2.rst -r heat3.rst -o heat3.out -x heat3.mdcrd gzip -9 heat3.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat4.in -p TC5b.prmtop -c heat3.rst -r heat4.rst -o heat4.out -x heat4.mdcrd gzip -9 heat4.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat5.in -p TC5b.prmtop -c heat4.rst -r heat5.rst -o heat5.out -x heat5.mdcrd gzip -9 heat5.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat6.in -p TC5b.prmtop -c heat5.rst -r heat6.rst -o heat6.out -x heat6.mdcrd gzip -9 heat6.mdcrd mpirun -np 16 $AMBERHOME/exe/sander -O -i heat7.in -p TC5b.prmtop -c heat6.rst -r heat7.rst -o heat7.out -x heat7.mdcrd gzip -9 heat7.mdcrd echo "DONE" 想請問大家一下，應(yīng)該怎樣編寫適合自己程序運行的腳本呢？在編寫腳本的過程中需要指出輸入文件、輸出文件的路徑嗎？（我所用的軟件是amber10） 還有cd ~rcw/initial_heating，這一行代表的是什么意思呢？ 本人剛剛接觸amber一段時間，很多東西都不懂，還請路過的高手們不吝賜教，不勝感激！  |
回復此樓» 猜你喜歡
材料與化工調(diào)劑一志愿大連海事085600，349
已經(jīng)有4人回復
-
甲基亞磺磺酸鈉和甲基磺酸酯反應(yīng)機理
已經(jīng)有4人回復
-
理學07化學 303求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
一志愿大連理工大學材料求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
085600材料與化工調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復
-
生物考研337分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
材料求調(diào)劑 一志愿哈工大總分298分，前三科223分
已經(jīng)有9人回復
-
哈爾濱工業(yè)大學材料與化工專碩378求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復
-
求調(diào)劑，一志愿 南京航空航天大學 ，080500材料科學與工程學碩，總分289分
已經(jīng)有9人回復
-
材料科學與工程求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 一個PBS腳本同時運行多個任務(wù)
已經(jīng)有6人回復
- 如何讓pbs腳本提交時，跳過一些節(jié)點！
已經(jīng)有5人回復
- Vasp用PBS提交的批處理腳本~~~~~
已經(jīng)有6人回復
- 關(guān)于PBS的一個問題
已經(jīng)有5人回復
- pbs怎么查看已完成作業(yè)ID，及其路徑？
已經(jīng)有9人回復
- BASH腳本的一個小問題
已經(jīng)有3人回復
- 采用PBS腳本第一次提交任務(wù)，算了1步就被殺死，有錯誤提示但不知道原因？
已經(jīng)有19人回復
- PBS腳本如何編譯？
已經(jīng)有5人回復
- 遇到實驗室有些同學不按章程用集群怎么辦？
已經(jīng)有41人回復
- 求：用PBS腳本提交MS任務(wù)具體步驟
已經(jīng)有4人回復
- PBS腳本提交后Error
已經(jīng)有11人回復
- PBS中資源的選擇#PBS -l nodes=...
已經(jīng)有5人回復
- pbs腳本可否提交新的pbs腳本任務(wù)？
已經(jīng)有5人回復
- PBS 主服務(wù)無法啟動
已經(jīng)有8人回復
- 如何編寫PBS作業(yè)的腳本？
已經(jīng)有14人回復
- ubuntu10.10 中腳本求助
已經(jīng)有4人回復
- 【求助】如何寫命令
已經(jīng)有6人回復
- 【求助/交流】PBS的作用
已經(jīng)有8人回復
- 【轉(zhuǎn)帖】PBS安裝
已經(jīng)有11人回復
fanghongmei
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 517.3
- 帖子: 38
- 在線: 40.7小時
- 蟲號: 2850242
- 注冊: 2013-12-05
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計算化學
3樓2014-03-05 08:37:08
iamthinking
鐵桿木蟲 (正式寫手)
浪客琴心
- 應(yīng)助: 31 (小學生)
- 金幣: 9202.6
- 紅花: 5
- 帖子: 371
- 在線: 145.7小時
- 蟲號: 1400522
- 注冊: 2011-09-13
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
2樓2014-03-04 20:51:50
老曼7
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 6 (幼兒園)
- 金幣: 5876.9
- 散金: 227
- 紅花: 4
- 帖子: 506
- 在線: 109.5小時
- 蟲號: 1941783
- 注冊: 2012-08-16
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物設(shè)計與藥物信息
4樓2014-03-05 10:12:02
fanghongmei
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 517.3
- 帖子: 38
- 在線: 40.7小時
- 蟲號: 2850242
- 注冊: 2013-12-05
- 性別: MM
- 專業(yè): 理論和計算化學
5樓2014-03-05 14:51:48
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 哈爾濱工業(yè)大學材料與化工專碩378求調(diào)劑 +3 | 塔比烏斯 2026-03-30 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 288資源與環(huán)境專碩求調(diào)劑，不限專業(yè)，有學上就行 +11 | lllllos 2026-03-30 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程 085701，267求調(diào)劑 +7 | minht 2026-03-29 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中師范化學332分求調(diào)劑 +3 | Lyy930824@ 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學碩333求調(diào)劑 +14 | 北道巷 2026-03-24 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +8 | 嗯滴的基本都 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 材料科學與工程調(diào)劑 +8 | 深V宿舍吧 2026-03-30 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 0703本科鄭州大學求調(diào)劑 +7 | nhj_ 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
 一志愿武漢理工，總分321，英一數(shù)二，求老師收留。
+11
|
nnnnnnn5 2026-03-25 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 085600，專業(yè)課化工原理，321分求調(diào)劑 +5 | 大饞小子 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | 爭取九點睡 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 315求調(diào)劑 +4 | akie... 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 壓國家一區(qū)線，求導師收留，有恩必謝！ +7 | 迷人的哈哈 2026-03-28 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
一志愿廈門大學化學學碩307求調(diào)劑
+10
|
y7czhao 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +17 | 顧九笙要謙虛 2026-03-24 | 23/1150 |
|
|
|
[考研] 279 分 求調(diào)劑 +4 | 睡個好覺_16 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +10 | 呼呼？~+123456 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 李李不服輸 2026-03-25 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 293求調(diào)劑 +7 | 加一一九 2026-03-24 | 7/350 |
|