版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號(hào)能夠正常使用，請(qǐng)盡快對(duì)帳號(hào)進(jìn)行手機(jī)號(hào)驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門版塊排行榜

返回列表

shuifeng1988

金蟲 (小有名氣)

木蟲

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 999
紅花: 1
帖子: 60
在線: 42.5小時(shí)
蟲號(hào): 1076748
注冊(cè): 2010-08-18
性別: GG
專業(yè): 基因組學(xué)

[求助] ubuntu10.10 中腳本求助

我在桌面上有一個(gè)in文件夾和一個(gè)out文件夾，in文件夾中有十個(gè)不同的文件，如a.fas, b.fas, c.fas .......，每個(gè)文件內(nèi)容如下所示（每個(gè)文件有多條序列，每條序列名都在>號(hào)后面，序列名要保留和原來一樣）！我想將每條序列的最后面20個(gè)堿基除去，然后用相同的文件名字保存在out文件夾中，我應(yīng)該如何寫腳本！

>Myotis ricketti
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCGGCCCAGAAGTACTATGTGGACAGG
CCTATCTTCAGTCACCTGGCCCTCCAGGAAATACTGCACACGAAGGACAAGATTCCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTAAAACAGGCATTCACATGTACTCCGAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTAAGTGGTTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATTAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGCTTAGCC
TTCGCAATGTTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTCGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGTTTTTTTGGAACCTCCAGACACATATCCATAGGTCCGTTTGCTGTAATT
AGCCTGATG
>Rhinopoma hardwickii
ATGGATCATGCTGAAGAAAATGAAATCCTTGCAGCAACCCAGAGGTACTATGTGGAAAGG
CCTATCTTTAGTCATCCCATCCTCCAGGAAAGACTGCACCAGAAGGACAAGATTTCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTGAAACAGGCATTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTGAGTGGCTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATAAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGTTTAGCC
TTTGCAATGTTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTTGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGCTTTTTTGGAACCTCCAAACACATATCCATAGGTCCATTTGCTGTTATT
AGCCTGATG
>Murina leucogaster
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCGGCCCAGAAGTACTATGTGGACAGG
CCTATCTTTAGTCACCTGGCCCTCCAGGAAATACTGCACACGAAGGACAAGATTCCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTAAAACAGGCGTTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTGAGTGGTTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATTAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGCTTAGCC
TTCGCAATGCTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTCGGCCTGTACTCCTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGTTTTTTTGGAACCTCCAAACACATATCCATAGGTCCGTTTGCTGTAATT
AGCCTGATG
>Megaderma lyra
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCAACCCAGAAGTACTATGTGGAAAGG
CCTATCTTTAGTCATTCAGTCCTCCAGGAAAGACTGCACAAGAAGGACAAGATTTCAGAG
TCCATTGGGGATAAGCTGAAACAGGCATTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCCTACCCATAACTAAGTGGTTGCCAGCATACAATTTCAAGGAATATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATAAGCACAGGAGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGTTTAGCC
TTTGCAATGTTGGCAGCTGTGCCACCAGTGTTTGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGCTTTTTTGGAACCTCCAGACATATATCCATAGGTCCATTTGCTGTTATT
AGCCTGATG

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

323求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
一志愿北京化工大學(xué) 070300 學(xué)碩 336分求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
352求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
一志愿東華大學(xué)化學(xué)070300，求調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)
277材料科學(xué)與工程080500求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
317求調(diào)劑已經(jīng)有18人回復(fù)
293求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
280分求調(diào)劑一志愿085802 已經(jīng)有7人回復(fù)
0854電子信息求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
263求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

[求助]外行請(qǐng)教一個(gè)簡(jiǎn)單的生物教科書題目！�。�！已經(jīng)有3人回復(fù)
如何編寫PBS作業(yè)的腳本？已經(jīng)有14人回復(fù)
求助 SSR實(shí)驗(yàn)技術(shù) 已經(jīng)有14人回復(fù)
意大利比薩城附近的旅游建議--求助已經(jīng)有3人回復(fù)
【求助】求助差分電荷密度的腳本！已經(jīng)有45人回復(fù)
【求助成功】vasp測(cè)試K點(diǎn)收斂性的腳本問題已經(jīng)有20人回復(fù)
【求助】求將vasp的輸出文件轉(zhuǎn)化成xyz坐標(biāo)的腳本已經(jīng)有11人回復(fù)
【求助/交流】分析野生大豆生物多樣性該用什么方法？已經(jīng)有6人回復(fù)
【求助】namd、vmd推薦個(gè)學(xué)習(xí)修改和編寫腳本網(wǎng)站和地方吧已經(jīng)有3人回復(fù)
【求助】AVIRIS高光譜數(shù)據(jù)如何打開？已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】固定化酶的冷凍干燥問題已經(jīng)有4人回復(fù)

平生兩愿：抱著美人，浪跡天涯！

1樓 2011-04-25 23:02:17

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

594wolfo

至尊木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 4 (幼兒園)
金幣: 13192.9
紅花: 7
帖子: 369
在線: 1149.7小時(shí)
蟲號(hào): 325013
注冊(cè): 2007-03-16
性別: GG
專業(yè): 材料加工

用perl吧
>Myotis ricketti 后面跟著的跟它是一行么？
如果是一行 20個(gè)堿基=n個(gè)字符？
#!/user/bin/perl
use warnings;
use strict;
use Cwd;
my $dir= getcwd; #current directory
open IN, "<$dir\/in\/a.fas";
open OUT, ">>$dir\/out\/a.fas";
for my $line ( {
  chomp($line);
  $line=~ s/[A-Z]{n}$//;  ##n是行尾的目標(biāo)字符數(shù)
  print OUT "$line\n";
}
copy下來另存為 test.pl 放在跟in out文件夾一個(gè)路徑上
多個(gè)文件的話 glob *.fas下加個(gè) 循環(huán) 就行了

本地沒安裝perl 沒法測(cè)試了找本書看看一天時(shí)間就Ok了

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2011-04-26 02:35:03

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

594wolfo

至尊木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 4 (幼兒園)
金幣: 13192.9
紅花: 7
帖子: 369
在線: 1149.7小時(shí)
蟲號(hào): 325013
注冊(cè): 2007-03-16
性別: GG
專業(yè): 材料加工

★ ★
微塵、夢(mèng)想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-04-26 17:39:30

上個(gè)回復(fù)中有些字符被解析成表情了麻煩斑竹刪除謝謝
試試這個(gè)
用perl吧
>Myotis ricketti 后面跟著的跟它是一行么？
如果是一行 20個(gè)堿基=n個(gè)字符？

CODE:

#!/user/bin/perl

use warnings; 

use strict; 

use Cwd; 

my $dir= getcwd; #current directory 

open IN, "<$dir\/in\/a.fas"; 

open OUT, ">>$dir\/out\/a.fas";

  for my $line () { 

  chomp($line); 

  $line=~ s/[A-Z]{n}$//; ##n是行尾的目標(biāo)字符數(shù) 

  print OUT "$line\n"; 

}

close IN;

close OUT;

copy下來另存為 test.pl 放在跟in out文件夾一個(gè)路徑上
多個(gè)文件的話 glob *.fas下加個(gè) 循環(huán) 就行了

本地沒安裝perl 沒法測(cè)試了找本書看看一天時(shí)間就Ok了

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

3樓2011-04-26 02:40:36

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

huycwork

金蟲 (著名寫手)

程序強(qiáng)帖: 22
應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 953
散金: 663
紅花: 8
沙發(fā): 13
帖子: 1080
在線: 264.1小時(shí)
蟲號(hào): 1257243
注冊(cè): 2011-04-06
專業(yè): 金融學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
微塵、夢(mèng)想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-04-26 17:39:51

俺給你來一個(gè)，經(jīng)過測(cè)試的，假定abs文件的每個(gè)記錄只有兩行，多行的沒測(cè)試過，不過應(yīng)該也沒得問題，因?yàn)?不匹配換行。
假定工作目錄是in：

CODE:

#!/usr/bin/perl

use strict;

my @files = glob("*.abs");

foreach my $file (@files){

    open IN, "<", $file;

    open OUT, ">", "../out/$file";

    while(){

        if(/^>/){

            print OUT $_;

            next;

        }

        my($data) = /(.*)[ATCG]{20}$/;

        print OUT $data;

    }

    close IN;

    close OUT;

}

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

漩渦的中心有一塊空地，空空的。

4樓2011-04-26 10:28:55

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

huycwork

金蟲 (著名寫手)

程序強(qiáng)帖: 22
應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 953
散金: 663
紅花: 8
沙發(fā): 13
帖子: 1080
在線: 264.1小時(shí)
蟲號(hào): 1257243
注冊(cè): 2011-04-06
專業(yè): 金融學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

shuifeng1988(金幣+10): 謝謝啊,基本上好了，但還有個(gè)問題，就是序列要求在一行上，而我的序列是多行的，用你的方法，我得先將我的每條序列排在一行上 2011-04-27 01:16:36

上面的程序少了一個(gè)換行，補(bǔ)上，print OUT "$data\n";

贊一下

回復(fù)此樓

漩渦的中心有一塊空地，空空的。

5樓2011-04-26 10:31:44

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主 shuifeng1988 的主題更新

返回列表

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 317求調(diào)劑 +12	申子申申 2026-03-19	18/900	2026-03-22 22:23 by luoyongfeng
[考研] 材料與化工085600，總分304，本科有兩篇sci參與，求調(diào)劑 +4	幸運(yùn)的醬醬 2026-03-22	5/250	2026-03-22 20:15 by edmund7
[考研] 287求調(diào)劑 +8	晨昏線與星海 2026-03-19	9/450	2026-03-22 17:01 by i_cooler
[考研] 293求調(diào)劑 +12	zjl的號(hào) 2026-03-16	17/850	2026-03-22 16:51 by i_cooler
[考研] 尋找調(diào)劑 +4	倔強(qiáng)芒? 2026-03-21	4/200	2026-03-22 16:14 by 木托莫露露
[考研] 305分求調(diào)劑（食品工程） +4	Sxy112 2026-03-21	6/300	2026-03-22 15:26 by 無懈可擊111
[考研] 384求調(diào)劑 +3	子系博 2026-03-22	4/200	2026-03-22 11:04 by 搏擊518
[考研] 【考研調(diào)劑】化學(xué)專業(yè) 281分，一志愿四川大學(xué)，誠(chéng)心求調(diào)劑 +11	吃吃吃才有意義 2026-03-19	11/550	2026-03-21 18:23 by 學(xué)員8dgXkO
[考研] 求助 +5	夢(mèng)里的無言 2026-03-21	6/300	2026-03-21 17:51 by 學(xué)員8dgXkO
[考研] 311求調(diào)劑 +3	勇敢的小吳 2026-03-20	3/150	2026-03-21 17:40 by ColorlessPI
[考研] 346求調(diào)劑[0856] +4	WayneLim327 2026-03-16	7/350	2026-03-21 04:02 by JourneyLucky
[考研] 求調(diào)劑 +3	Ma_xt 2026-03-17	3/150	2026-03-21 02:05 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中海洋材料工程專碩330分求調(diào)劑 +8	小材化本科 2026-03-18	8/400	2026-03-20 23:16 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交通專碩材料355 本科雙非求調(diào)劑 +5	西南交通專材355 2026-03-19	5/250	2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 求調(diào)劑 +3	@taotao 2026-03-20	3/150	2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +9	大可digkids 2026-03-16	9/450	2026-03-20 17:38 by 醉在風(fēng)里
[考研] 材料與化工求調(diào)劑 +7	為學(xué)666 2026-03-16	7/350	2026-03-19 14:48 by 盡舜堯1
[考研] 277調(diào)劑 +5	自由煎餅果子 2026-03-16	6/300	2026-03-17 19:26 by 李leezz
[碩博家園] 湖北工業(yè)大學(xué) 生命科學(xué)與健康學(xué)院-課題組招收2026級(jí)食品/生物方向碩士 +3	1喜春8 2026-03-17	5/250	2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 有沒有道鐵/土木的想調(diào)劑南林，給自己招師弟中～ +3	TqlXswl 2026-03-16	7/350	2026-03-17 15:23 by TqlXswl

亭亭五月天在线观看,亭亭五月天在线观看,国产最新av一区二区,国产 高清 中文字幕,99re热久久亚洲综合精品成人,熟妇 一区二区三区,一级做a爰片性色毛片武则天,美女的骚穴视频播放,国产美女午夜免费视频

24小時(shí)熱門版塊排行榜

shuifeng1988

[求助] ubuntu10.10 中腳本求助

» 猜你喜歡

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

594wolfo

594wolfo

huycwork

【答案】應(yīng)助回帖

huycwork

【答案】應(yīng)助回帖

亭亭五月天在线观看,亭亭五月天在线观看,国产最新av一区二区,国产高清中文字幕,99re热久久亚洲综合精品成人,熟妇一区二区三区,一级做a爰片性色毛片武则天,美女的骚穴视频播放,国产美女午夜免费视频

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助: