當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖

shuifeng1988

金蟲 (小有名氣)

木蟲

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 999
紅花: 1
帖子: 60
在線: 42.5小時(shí)
蟲號(hào): 1076748
注冊(cè): 2010-08-18
性別: GG
專業(yè): 基因組學(xué)

[求助] ubuntu10.10 中腳本求助

我在桌面上有一個(gè)in文件夾和一個(gè)out文件夾，in文件夾中有十個(gè)不同的文件，如a.fas, b.fas, c.fas .......，每個(gè)文件內(nèi)容如下所示（每個(gè)文件有多條序列，每條序列名都在>號(hào)后面，序列名要保留和原來一樣）！我想將每條序列的最后面20個(gè)堿基除去，然后用相同的文件名字保存在out文件夾中，我應(yīng)該如何寫腳本！

>Myotis ricketti
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCGGCCCAGAAGTACTATGTGGACAGG
CCTATCTTCAGTCACCTGGCCCTCCAGGAAATACTGCACACGAAGGACAAGATTCCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTAAAACAGGCATTCACATGTACTCCGAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTAAGTGGTTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATTAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGCTTAGCC
TTCGCAATGTTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTCGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGTTTTTTTGGAACCTCCAGACACATATCCATAGGTCCGTTTGCTGTAATT
AGCCTGATG
>Rhinopoma hardwickii
ATGGATCATGCTGAAGAAAATGAAATCCTTGCAGCAACCCAGAGGTACTATGTGGAAAGG
CCTATCTTTAGTCATCCCATCCTCCAGGAAAGACTGCACCAGAAGGACAAGATTTCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTGAAACAGGCATTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTGAGTGGCTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATAAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGTTTAGCC
TTTGCAATGTTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTTGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGCTTTTTTGGAACCTCCAAACACATATCCATAGGTCCATTTGCTGTTATT
AGCCTGATG
>Murina leucogaster
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCGGCCCAGAAGTACTATGTGGACAGG
CCTATCTTTAGTCACCTGGCCCTCCAGGAAATACTGCACACGAAGGACAAGATTCCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTAAAACAGGCGTTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTGAGTGGTTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATTAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGCTTAGCC
TTCGCAATGCTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTCGGCCTGTACTCCTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGTTTTTTTGGAACCTCCAAACACATATCCATAGGTCCGTTTGCTGTAATT
AGCCTGATG
>Megaderma lyra
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCAACCCAGAAGTACTATGTGGAAAGG
CCTATCTTTAGTCATTCAGTCCTCCAGGAAAGACTGCACAAGAAGGACAAGATTTCAGAG
TCCATTGGGGATAAGCTGAAACAGGCATTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCCTACCCATAACTAAGTGGTTGCCAGCATACAATTTCAAGGAATATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATAAGCACAGGAGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGTTTAGCC
TTTGCAATGTTGGCAGCTGTGCCACCAGTGTTTGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGCTTTTTTGGAACCTCCAGACATATATCCATAGGTCCATTTGCTGTTATT
AGCCTGATG

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

805600專碩材料與化工348分求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
重慶大學(xué)材料與化工085600，初試370+，求求調(diào)劑建議已經(jīng)有5人回復(fù)
309求調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
一志愿北交大材料工程，總分358 已經(jīng)有4人回復(fù)
302求調(diào)劑一志愿北航070300，本科鄭大化學(xué) 已經(jīng)有11人回復(fù)
化學(xué)工程專碩324分，一志愿中國礦業(yè)大學(xué)求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
材料求調(diào)劑已經(jīng)有11人回復(fù)
【求調(diào)劑】新能源材料本科，一志愿211，初試321 已經(jīng)有4人回復(fù)
336求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
材料求調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:

[求助]外行請(qǐng)教一個(gè)簡(jiǎn)單的生物教科書題目�。。。� 已經(jīng)有3人回復(fù)
如何編寫PBS作業(yè)的腳本？已經(jīng)有14人回復(fù)
求助 SSR實(shí)驗(yàn)技術(shù) 已經(jīng)有14人回復(fù)
意大利比薩城附近的旅游建議--求助已經(jīng)有3人回復(fù)
【求助】求助差分電荷密度的腳本！已經(jīng)有45人回復(fù)
【求助成功】vasp測(cè)試K點(diǎn)收斂性的腳本問題已經(jīng)有20人回復(fù)
【求助】求將vasp的輸出文件轉(zhuǎn)化成xyz坐標(biāo)的腳本已經(jīng)有11人回復(fù)
【求助/交流】分析野生大豆生物多樣性該用什么方法？已經(jīng)有6人回復(fù)
【求助】namd、vmd推薦個(gè)學(xué)習(xí)修改和編寫腳本網(wǎng)站和地方吧已經(jīng)有3人回復(fù)
【求助】AVIRIS高光譜數(shù)據(jù)如何打開？已經(jīng)有8人回復(fù)
【求助】固定化酶的冷凍干燥問題已經(jīng)有4人回復(fù)

平生兩愿：抱著美人，浪跡天涯！

1樓 2011-04-25 23:02:17

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

huycwork

金蟲 (著名寫手)

程序強(qiáng)帖: 22
應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 953
散金: 663
紅花: 8
沙發(fā): 13
帖子: 1080
在線: 264.1小時(shí)
蟲號(hào): 1257243
注冊(cè): 2011-04-06
專業(yè): 金融學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
微塵、夢(mèng)想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-04-26 17:39:51

俺給你來一個(gè)，經(jīng)過測(cè)試的，假定abs文件的每個(gè)記錄只有兩行，多行的沒測(cè)試過，不過應(yīng)該也沒得問題，因?yàn)?不匹配換行。
假定工作目錄是in：

CODE:

#!/usr/bin/perl

use strict;

my @files = glob("*.abs");

foreach my $file (@files){

    open IN, "<", $file;

    open OUT, ">", "../out/$file";

    while(){

        if(/^>/){

            print OUT $_;

            next;

        }

        my($data) = /(.*)[ATCG]{20}$/;

        print OUT $data;

    }

    close IN;

    close OUT;

}

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

漩渦的中心有一塊空地，空空的。

4樓2011-04-26 10:28:55

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 5 個(gè)回答

594wolfo

至尊木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 4 (幼兒園)
金幣: 13192.9
紅花: 7
帖子: 369
在線: 1149.7小時(shí)
蟲號(hào): 325013
注冊(cè): 2007-03-16
性別: GG
專業(yè): 材料加工

用perl吧
>Myotis ricketti 后面跟著的跟它是一行么？
如果是一行 20個(gè)堿基=n個(gè)字符？
#!/user/bin/perl
use warnings;
use strict;
use Cwd;
my $dir= getcwd; #current directory
open IN, "<$dir\/in\/a.fas";
open OUT, ">>$dir\/out\/a.fas";
for my $line ( {
  chomp($line);
  $line=~ s/[A-Z]{n}$//;  ##n是行尾的目標(biāo)字符數(shù)
  print OUT "$line\n";
}
copy下來另存為 test.pl 放在跟in out文件夾一個(gè)路徑上
多個(gè)文件的話 glob *.fas下加個(gè) 循環(huán) 就行了

本地沒安裝perl 沒法測(cè)試了找本書看看一天時(shí)間就Ok了

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2011-04-26 02:35:03

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

594wolfo

至尊木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 4 (幼兒園)
金幣: 13192.9
紅花: 7
帖子: 369
在線: 1149.7小時(shí)
蟲號(hào): 325013
注冊(cè): 2007-03-16
性別: GG
專業(yè): 材料加工

★ ★
微塵、夢(mèng)想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-04-26 17:39:30

上個(gè)回復(fù)中有些字符被解析成表情了麻煩斑竹刪除謝謝
試試這個(gè)
用perl吧
>Myotis ricketti 后面跟著的跟它是一行么？
如果是一行 20個(gè)堿基=n個(gè)字符？

CODE:

#!/user/bin/perl

use warnings; 

use strict; 

use Cwd; 

my $dir= getcwd; #current directory 

open IN, "<$dir\/in\/a.fas"; 

open OUT, ">>$dir\/out\/a.fas";

  for my $line () { 

  chomp($line); 

  $line=~ s/[A-Z]{n}$//; ##n是行尾的目標(biāo)字符數(shù) 

  print OUT "$line\n"; 

}

close IN;

close OUT;

copy下來另存為 test.pl 放在跟in out文件夾一個(gè)路徑上
多個(gè)文件的話 glob *.fas下加個(gè) 循環(huán) 就行了

本地沒安裝perl 沒法測(cè)試了找本書看看一天時(shí)間就Ok了

贊一下(1人)

回復(fù)此樓

3樓2011-04-26 02:40:36

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

huycwork

金蟲 (著名寫手)

程序強(qiáng)帖: 22
應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 953
散金: 663
紅花: 8
沙發(fā): 13
帖子: 1080
在線: 264.1小時(shí)
蟲號(hào): 1257243
注冊(cè): 2011-04-06
專業(yè): 金融學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

shuifeng1988(金幣+10): 謝謝啊,基本上好了，但還有個(gè)問題，就是序列要求在一行上，而我的序列是多行的，用你的方法，我得先將我的每條序列排在一行上 2011-04-27 01:16:36

上面的程序少了一個(gè)換行，補(bǔ)上，print OUT "$data\n";

贊一下

回復(fù)此樓

漩渦的中心有一塊空地，空空的。

5樓2011-04-26 10:31:44

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 08工科275分求調(diào)劑 +13	AaAa7420 2026-03-31	13/650	2026-04-02 06:19 by 286640313
[考研] 291求調(diào)劑 +20	Y-cap 2026-03-29	25/1250	2026-04-01 23:49 by 欣喜777
[考研] 311求調(diào)劑 +13	zchqwer 2026-04-01	15/750	2026-04-01 22:30 by 2026材料調(diào)劑
[考研] 320分，材料與化工專業(yè)，求調(diào)劑 +14	一定上岸aaa 2026-03-27	18/900	2026-04-01 20:10 by 積極調(diào)劑的小學(xué)?/a>
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩，一志愿湖南大學(xué)，初試成績(jī)338 +8	YYYYYNNNNN 2026-03-26	10/500	2026-04-01 14:39 by hexingyi
[碩博家園] 考研調(diào)劑 +5	駱駝男人 2026-04-01	5/250	2026-04-01 14:28 by syjjj0321
[考研] 求0861交通運(yùn)輸專碩or材料專碩調(diào)劑 +4	勒布朗@ 2026-03-31	4/200	2026-04-01 09:54 by 一只好果子?
[考研] 求調(diào)劑，一志愿北林食品與營養(yǎng)095500，301分，已過六級(jí)，有科研經(jīng)歷 +4	快樂儲(chǔ)蓄罐 2026-03-31	4/200	2026-04-01 09:26 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南師大0703化學(xué) 275求調(diào)劑 +5	Ripcord上岸 2026-03-27	5/250	2026-03-31 19:52 by mg1014
[考研] 336材料求調(diào)劑 +10	陳瀅瑩 2026-03-26	12/600	2026-03-31 17:59 by jp9609
[考研] 085601英二數(shù)二求調(diào)劑總分325 +4	余航航 2026-03-31	4/200	2026-03-31 17:38 by 唐沐兒
[考研] 材料工程專碩求調(diào)劑 +10	hyl3153942 2026-03-29	10/500	2026-03-31 16:31 by hypershenger
[考研] 367求調(diào)劑 +7	芋泥啵啵… 2026-03-28	7/350	2026-03-31 14:55 by 不吃魚的貓
[考研] 334求調(diào)劑 +7	Trying] 2026-03-31	7/350	2026-03-31 12:33 by 無際的草原
[考研] 一志愿大連理工大學(xué)，機(jī)械工程學(xué)碩，341 +3	西瓜田的守望者 2026-03-30	3/150	2026-03-31 11:08 by asdfzly
[考研] 293求調(diào)劑 +3	末未mm 2026-03-30	5/250	2026-03-30 17:23 by 王保杰33
[考研] 085701求調(diào)劑初試286分 +5	secret0328 2026-03-28	5/250	2026-03-30 12:54 by fangnagu
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +6	崔wj 2026-03-26	6/300	2026-03-29 01:11 by hanserlol
[考研] 081200-314 +3	LILIQQ 2026-03-27	4/200	2026-03-28 09:41 by 保護(hù)地球你我做?/a>
[考研] 341求調(diào)劑 +7	青檸檬1 2026-03-26	7/350	2026-03-27 00:19 by wxiongid