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shuifeng1988

金蟲(chóng) (小有名氣)

木蟲(chóng)

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[求助] ubuntu10.10 中腳本求助

我在桌面上有一個(gè)in文件夾和一個(gè)out文件夾，in文件夾中有十個(gè)不同的文件，如a.fas, b.fas, c.fas .......，每個(gè)文件內(nèi)容如下所示（每個(gè)文件有多條序列，每條序列名都在>號(hào)后面，序列名要保留和原來(lái)一樣）！我想將每條序列的最后面20個(gè)堿基除去，然后用相同的文件名字保存在out文件夾中，我應(yīng)該如何寫(xiě)腳本！

>Myotis ricketti
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCGGCCCAGAAGTACTATGTGGACAGG
CCTATCTTCAGTCACCTGGCCCTCCAGGAAATACTGCACACGAAGGACAAGATTCCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTAAAACAGGCATTCACATGTACTCCGAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTAAGTGGTTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATTAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGCTTAGCC
TTCGCAATGTTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTCGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGTTTTTTTGGAACCTCCAGACACATATCCATAGGTCCGTTTGCTGTAATT
AGCCTGATG
>Rhinopoma hardwickii
ATGGATCATGCTGAAGAAAATGAAATCCTTGCAGCAACCCAGAGGTACTATGTGGAAAGG
CCTATCTTTAGTCATCCCATCCTCCAGGAAAGACTGCACCAGAAGGACAAGATTTCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTGAAACAGGCATTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTGAGTGGCTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATAAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGTTTAGCC
TTTGCAATGTTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTTGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGCTTTTTTGGAACCTCCAAACACATATCCATAGGTCCATTTGCTGTTATT
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>Murina leucogaster
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCGGCCCAGAAGTACTATGTGGACAGG
CCTATCTTTAGTCACCTGGCCCTCCAGGAAATACTGCACACGAAGGACAAGATTCCGGAT
TCCATTGGGGATAAGCTAAAACAGGCGTTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCTTACCCATAACTGAGTGGTTGCCAGCATACAAATTCAAGGAGTATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATTAGCACAGGGGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGCTTAGCC
TTCGCAATGCTGGCAGCTGTGCCTCCGGTGTTCGGCCTGTACTCCTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGTTTTTTTGGAACCTCCAAACACATATCCATAGGTCCGTTTGCTGTAATT
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>Megaderma lyra
ATGGATCATGCTGAAGAAACTGAAATCCTTGCAGCAACCCAGAAGTACTATGTGGAAAGG
CCTATCTTTAGTCATTCAGTCCTCCAGGAAAGACTGCACAAGAAGGACAAGATTTCAGAG
TCCATTGGGGATAAGCTGAAACAGGCATTCACATGTACTCCTAAGAAAATAAGAAATATC
ATTTATATGTTCCTACCCATAACTAAGTGGTTGCCAGCATACAATTTCAAGGAATATGTG
TTGGGTGACTTGGTCTCAGGCATAAGCACAGGAGTGCTTCAGCTTCCTCAAGGTTTAGCC
TTTGCAATGTTGGCAGCTGTGCCACCAGTGTTTGGCCTGTACTCTTCGTTTTACCCTGTT
ATCATGTATTGCTTTTTTGGAACCTCCAGACATATATCCATAGGTCCATTTGCTGTTATT
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1樓 2011-04-25 23:02:17

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594wolfo

至尊木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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用perl吧
>Myotis ricketti 后面跟著的跟它是一行么？
如果是一行 20個(gè)堿基=n個(gè)字符？
#!/user/bin/perl
use warnings;
use strict;
use Cwd;
my $dir= getcwd; #current directory
open IN, "<$dir\/in\/a.fas";
open OUT, ">>$dir\/out\/a.fas";
for my $line ( {
  chomp($line);
  $line=~ s/[A-Z]{n}$//;  ##n是行尾的目標(biāo)字符數(shù)
  print OUT "$line\n";
}
copy下來(lái) 另存為 test.pl 放在跟in out文件夾一個(gè)路徑上
多個(gè)文件的話 glob *.fas下加個(gè) 循環(huán) 就行了

本地沒(méi)安裝perl 沒(méi)法測(cè)試了找本書(shū)看看一天時(shí)間就Ok了

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2樓2011-04-26 02:35:03

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594wolfo

至尊木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)

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★ ★
微塵、夢(mèng)想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-04-26 17:39:30

上個(gè)回復(fù)中有些字符被解析成表情了麻煩斑竹刪除謝謝
試試這個(gè)
用perl吧
>Myotis ricketti 后面跟著的跟它是一行么？
如果是一行 20個(gè)堿基=n個(gè)字符？

CODE:

#!/user/bin/perl

use warnings; 

use strict; 

use Cwd; 

my $dir= getcwd; #current directory 

open IN, "<$dir\/in\/a.fas"; 

open OUT, ">>$dir\/out\/a.fas";

  for my $line () { 

  chomp($line); 

  $line=~ s/[A-Z]{n}$//; ##n是行尾的目標(biāo)字符數(shù) 

  print OUT "$line\n"; 

}

close IN;

close OUT;

copy下來(lái) 另存為 test.pl 放在跟in out文件夾一個(gè)路徑上
多個(gè)文件的話 glob *.fas下加個(gè) 循環(huán) 就行了

本地沒(méi)安裝perl 沒(méi)法測(cè)試了找本書(shū)看看一天時(shí)間就Ok了

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3樓2011-04-26 02:40:36

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huycwork

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
微塵、夢(mèng)想(金幣+2): 謝謝參與應(yīng)助！ 2011-04-26 17:39:51

俺給你來(lái)一個(gè)，經(jīng)過(guò)測(cè)試的，假定abs文件的每個(gè)記錄只有兩行，多行的沒(méi)測(cè)試過(guò)，不過(guò)應(yīng)該也沒(méi)得問(wèn)題，因?yàn)?不匹配換行。
假定工作目錄是in：

CODE:

#!/usr/bin/perl

use strict;

my @files = glob("*.abs");

foreach my $file (@files){

    open IN, "<", $file;

    open OUT, ">", "../out/$file";

    while(){

        if(/^>/){

            print OUT $_;

            next;

        }

        my($data) = /(.*)[ATCG]{20}$/;

        print OUT $data;

    }

    close IN;

    close OUT;

}

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漩渦的中心有一塊空地，空空的。

4樓2011-04-26 10:28:55

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huycwork

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【答案】應(yīng)助回帖

shuifeng1988(金幣+10): 謝謝啊,基本上好了，但還有個(gè)問(wèn)題，就是序列要求在一行上，而我的序列是多行的，用你的方法，我得先將我的每條序列排在一行上 2011-04-27 01:16:36

上面的程序少了一個(gè)換行，補(bǔ)上，print OUT "$data\n";

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漩渦的中心有一塊空地，空空的。

5樓2011-04-26 10:31:44

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