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[求助] VMD無(wú)法loadXDTCAR 已有1人參與

我用vasp5.2進(jìn)行了MD計(jì)算，現(xiàn)在將POSCAR，CONTCAR和XDATCAR放在同一個(gè)文件夾中，用VMDload時(shí)顯示無(wú)法load，程序提示ERROR：file‘E:MGao/MD/1200K/XDATCAR’ does not contain all coordinates of the atoms. ERROR > molecule_structure: Unable to read structure 1 ERROR> molecule_structure:sever indicated by plugin aborting loading of molecule 1
不知道是不是沒(méi)有安裝插件的原因，我想用vmd做動(dòng)畫(huà)的，在網(wǎng)上看到有vasp plugins for VMD，是不是只有VMD還不能做動(dòng)畫(huà)啊。。。
煩請(qǐng)各位大俠幫助~~~

圖片1.png

圖片2.png

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1樓 2014-06-20 16:08:18

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銳利的碎片

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
happyzyf: 金幣+40, ★★★很有幫助, 開(kāi)始沒(méi)理解，最后證明確實(shí)是XDATCAR的格式問(wèn)題~ 2014-06-27 15:17:39

檢查下xdatcar有沒(méi)有問(wèn)題

[ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ]

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2樓2014-06-21 07:23:24

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引用回帖:

2樓: Originally posted by 銳利的碎片 at 2014-06-21 07:23:24
檢查下xdatcar有沒(méi)有問(wèn)題

XDATCAR沒(méi)有問(wèn)題。我又看了一下error的提示信息，最后說(shuō)是“sever indicated by plugin aborting loading of molecule 1
”缺少插件，不知道我都需要下載哪幾個(gè)插件，我看網(wǎng)上有說(shuō)“System requirements
Tutorials assume that following programs are installed on your system:
VMD 1.8.3 or newer
VASP plugins for VMD
Movie generation tools : ImageMagick, netpbm and ffmpeg
Rendering engines : POV-Ray, Raster3D
Hardware accelerated OpenGL
”，其中“VASP plugins for VMD”里面沒(méi)說(shuō)是什么插件。。。。。

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3樓2014-06-21 16:38:43

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★
ben_ladeng: 金幣+1, 謝謝分享經(jīng)驗(yàn) 2014-06-27 23:02:54

已解決，格式問(wèn)題而已~~

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4樓2014-06-27 15:15:35

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引用回帖:

4樓: Originally posted by happyzyf at 2014-06-27 15:15:35
已解決，格式問(wèn)題而已~~

請(qǐng)問(wèn)在哪里改一下格式呢

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5樓2014-08-19 08:16:30

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引用回帖:

5樓: Originally posted by xiaowenzhi16 at 2014-08-19 08:16:30
請(qǐng)問(wèn)在哪里改一下格式呢...

你把第一行改成元素名稱空行刪掉試試

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6樓2014-08-19 08:54:46

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6樓: Originally posted by happyzyf at 2014-08-19 08:54:46
你把第一行改成元素名稱空行刪掉試試...

我用的是VASP5.3
XDATCAR顯示如下
unknown system
         1
   3.051048 0.000000 0.000000
   0.000000 3.051048 0.000000
   0.000000 0.000000 8.689464
N O Mg
2 2 4
Direct configuration=    1
0.50000000  0.00000000  0.62520081
0.00000000  0.50000000  0.37479919
0.00000000  0.50000000  0.87939497
0.50000000  0.00000000  0.12060503
0.50000000  0.00000000  0.87939842
0.00000000  0.50000000  0.12060158
0.00000000  0.50000000  0.62924788
0.50000000  0.00000000  0.37075212
Direct configuration=    2
0.50000000  0.00000000  0.62522550
1.00000000  0.50000000  0.37477450
0.00000000  0.50000000  0.87944467
0.50000000  0.00000000  0.12055533
0.50000000  0.00000000  0.87935303
1.00000000  0.50000000  0.12064697
1.00000000  0.50000000  0.62921269
0.50000000  1.00000000  0.37078731
Direct configuration=    3
0.50000000  1.00000000  0.62527636
0.00000000  0.50000000  0.37472364
0.00000000  0.50000000  0.87953701
0.50000000  1.00000000  0.12046299
0.50000000  0.00000000  0.87926510
0.00000000  0.50000000  0.12073490
0.00000000  0.50000000  0.62914416
0.50000000  0.00000000  0.37085584
Direct configuration=    4
不知如何改

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7樓2014-08-19 10:00:53

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7樓: Originally posted by xiaowenzhi16 at 2014-08-19 10:00:53
我用的是VASP5.3
XDATCAR顯示如下
unknown system
         1
   3.051048 0.000000 0.000000
   0.000000 3.051048 0.000000
   0.000000 0.000000    ...

N O Mg
         1
   3.051048 0.000000 0.000000
   0.000000 3.051048 0.000000
   0.000000 0.000000 8.689464
2 2 4
Direct configuration=    1
0.50000000  0.00000000  0.62520081
0.00000000  0.50000000  0.37479919
0.00000000  0.50000000  0.87939497
0.50000000  0.00000000  0.12060503
0.50000000  0.00000000  0.87939842
后面不變，你試試

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8樓2014-08-21 19:06:21

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8樓: Originally posted by happyzyf at 2014-08-21 19:06:21
N O Mg
         1
   3.051048 0.000000 0.000000
   0.000000 3.051048 0.000000
   0.000000 0.000000 8.689464
2 2 4
Direct configur ...

不過(guò)我用的是vasp5.2，結(jié)果沒(méi)有Drect configuration那一行，如果上面改過(guò)得還不行的話，你試試去掉Direct configuration=1這一行，后面的Direct configuration也去掉，所在的行空著用來(lái)分割每一次產(chǎn)生的新的坐標(biāo)

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9樓2014-08-21 19:10:27

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