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tzweir金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
求助：為什么我的Discover計(jì)算結(jié)果氫鍵鍵能為0？ 已有2人參與
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1、首先用Amorphous Cell構(gòu)建了一個(gè)堿性水溶液體系，力場(chǎng)compass 2、然后通過(guò)Discover模塊的Minimizer優(yōu)化體系 3、用Discover模塊跑動(dòng)力學(xué)，NPT模式，溫度298K，壓力0.0001GPa，跑完后看生成的Status.txt，我注意到Hydrogen Bond那一塊是0，不知道是怎么回事？ ===Status.txt=== Discover, Version 2010.1 Operation: dynamics Temperature 265K Step 19992 Sim Time 19992fs CPU Time 0:26:14 -4056.34 Potential (kcal/mol) -------- -5080.35 Electrostatic 4812.19 vdW Repulsive -3876.13 vdW Dispersive 0.00 Hydrogen Bond -4144.29 Nonbond (Total) -------- 710.86 Angle 667.52 Bond -1059.39 Torsion 0.00 Out-of-Plane -62.20 Restraint (Total) -------- 0.00 Distance 0.00 Angle 0.00 Torsion |
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月只藍(lán)
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compass力場(chǎng)是不存在氫鍵作用的，在非鍵結(jié)作用項(xiàng)里包含了。氫鍵是在一些比較老的力場(chǎng)里的，新一些的力場(chǎng)不單獨(dú)考慮氫鍵。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
3樓2014-06-26 07:44:23
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