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liuchenhan新蟲 (小有名氣)
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[求助]
有關(guān)create_atoms相關(guān)命令 已有1人參與
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本人腳本中先讀結(jié)構(gòu)文件nanonew.xyz，原子類型1-12，然后利用create_atoms命令生成一些其他原子，想安排這些原子的類型為13，但總是報(bào)錯，請各位幫忙指導(dǎo)一下，實(shí)現(xiàn)我想要的功能，非常感謝。 units metal dimension 3 boundary s s s neighbor 2.0 nsq #force field ******************************************************* atom_style atomic read_data nanonew.xyz lattice custom 4.32 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 0.577350269 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 basis 0.0 0.5 0.0 basis 0.3333333333333 0.5 0.0 basis 0.5 0.0 0.0 basis 0.83333333333 0.0 0.0 #lattice custom 3.52 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 0.577350269 0.0 a3 0.0 0.0 1.0 basis 0.0 0.0 0.0 region boxx block 0 3 0 3 0 2 #create_box 1 box create_atoms 13 region boxx mass 13 28.0 pair_style lj/cut 3.0 pair_coeff * * 0.024 3.4 velocity all create 300 58127640 mom yes rot yes dist gaussian units box #300K fix 3 all temp/berendsen 300 300 0.05 #set the T of mobile is 300K while the initial value is300K thermo_style custom step temp etotal vol #thermo_modify lost warn thermo 100 timestep 0.0005 dump id1 all custom 1000 dump.lammpstrj id type x y z compute mytempall all temp/com fix Tall all ave/time 1 100 100 c_mytempall file Tall.txt dump last all custom 40000 dump.last type x y z run 40000 報(bào)錯信息如下： LAMMPS (14 May 2013) Reading data file ... orthogonal box = (-0.1 -0.1 -0.1) to (28.7 40.7 100) 1 by 1 by 1 MPI processor grid 240 atoms Lattice spacing in x,y,z = 4.32 2.49415 4.32 ERROR: Illegal create_atoms command (../create_atoms.cpp:109) |
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應(yīng)該先設(shè)定盒子，然后再在盒子里加region，在region里加原子。參考命令： region boxx block 0 5 0 5 0 4 create_box 1 box region boxx block 1 4 1 4 1 3 create_atoms 13 region boxx 另外，一般是先建立box，然后才能read_data導(dǎo)入數(shù)據(jù)，所以你需要調(diào)整輸入命令的順序！ |
2樓2014-06-25 19:51:23
liuchenhan
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