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cgzhang_gg銅蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
pair_style coul/cut 的測(cè)試
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有誰(shuí)測(cè)試過(guò)pair_style coul/cut 的對(duì)勢(shì)， 我通過(guò)pair_writes 導(dǎo)出的勢(shì)，與我fortran按照庫(kù)倫作用表達(dá)式算出的勢(shì)相差很大 ，定性上都是錯(cuò)的。也就是說(shuō)，通過(guò)pair_writes 導(dǎo)出的 TI_Ti ，Ti_O, O_O 三個(gè)對(duì)勢(shì)都是正的，而且與電荷量沒(méi)有關(guān)系。我懷疑是我in.文件里那個(gè)地方設(shè)置的不對(duì)。下面是我的in.文件的內(nèi)容： 大家?guī)臀铱纯茨睦镉胁粚?duì)的地方，或者咱們討論下，好人有好報(bào)！ 注：我測(cè)試的體系TiO2金紅石結(jié)構(gòu)：一個(gè)原胞里面有兩個(gè)Ti和四個(gè)O.,晶格常數(shù)是4.493A。 設(shè)置第一類(lèi)原子Ti的電荷為2.192e, e為元電荷，一個(gè)質(zhì)子所具有的電量。相應(yīng)的O的電荷設(shè)置為：-1.098e. 單位是按照metal 來(lái)確定的。 # TiO2 coul/cut detect right or wrong units metal atom_style charge boundary p p p lattice custom 4.493 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 1.0 0.0 a3 0.0 0.0 0.669& basis 0.0 0.0 0.0 basis 0.5 0.5 0.5 & basis 0.303 0.303 0.0 basis 0.697 0.697 0.0 & basis 0.803 0.197 0.5 basis 0.197 0.803 0.5 region mybox block 0 1 0 1 0 1 create_box 2 mybox create_atoms 2 box basis 1 1 basis 2 1 & basis 3 2 basis 4 2 basis 5 2 basis 6 2 mass 1 47.867 # 設(shè)置第一類(lèi)原子Ti的質(zhì)量：47.867 mass 2 15.9994 # 設(shè)置第二類(lèi)原子O的質(zhì)量：15.9994 set type 1 charge 2.196 # 設(shè)置第一類(lèi)原子Ti 的電荷為2.196 set type 2 charge -1.098 # 設(shè)置第二類(lèi)原子O的電荷為-1.098 # 1-coul/cut 8.5 pair_style coul/cut 8.5 pair_coeff 1 1 pair_coeff 1 2 pair_coeff 2 2 pair_write 1 1 50000 r 0.4 8.0 table.T_T.c Ti_Ti pair_write 1 2 50000 r 0.4 8.0 table.T_O.c Ti_O pair_write 2 2 50000 r 0.4 8.0 table.O_O.c O_O quit |
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cgzhang_gg
銅蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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我再補(bǔ)充下，我把用pair_write 導(dǎo)出來(lái)的對(duì)勢(shì)，T_T，T_O,O_O的三個(gè)對(duì)勢(shì)與 1/r 相比較，結(jié)果發(fā)現(xiàn)比值恰為：14.399645，這正好是energy-conversion constant C 見(jiàn)lammps手冊(cè) pair_style coul/cut command 大約872頁(yè)， 然后我又測(cè)試了通過(guò)read_data 命令來(lái)讀取構(gòu)型以及每個(gè)原子的帶電量，然后又通過(guò)pair_write 導(dǎo)出對(duì)勢(shì)，結(jié)果還是不對(duì)？我現(xiàn)在懷疑lammps 里面有一個(gè)bug, 就是通過(guò)pair_write 命令導(dǎo)出對(duì)勢(shì)的時(shí)候根本沒(méi)考慮qi 和qj，至于程序內(nèi)部計(jì)算力，以便更新位置和速度，應(yīng)該考慮了，要不然會(huì)出現(xiàn)很多離奇的錯(cuò)誤。我測(cè)試的in.文件如下： # TiO2 TiO2.pair.table detect right or wrong units metal atom_style charge #atom_style atomic boundary p p p read_data data.TiO2 mass 1 47.867 # Ti mass 2 15.9994 # O # 1-coul/cut 8.5 pair_style coul/cut 8.5 #pair_coeff * * pair_coeff 1 1 pair_coeff 1 2 pair_coeff 2 2 pair_write 1 1 50000 r 0.4 9.0 table.T_T.c Ti_Ti pair_write 1 2 50000 r 0.4 9.0 table.T_O.c Ti_O pair_write 2 2 50000 r 0.4 9.0 table.O_O.c O_O fix 1 all nve run 10 quit data.TiO2 的內(nèi)容如下： #TiO2 6 atoms 0 bonds 0 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 0 bond types 0 angle types 0 dihedral types 0 improper types 0 4.493 xlo xhi 0 4.493 ylo yhi 0 3.00582 zlo zhi Atoms 1 1 2.196 0 0 0 2 1 2.196 2.2465 2.2465 1.50291 3 2 -1.098 1.36138 1.36138 0 4 2 -1.098 3.13162 3.13162 0 5 2 -1.098 3.60788 0.885121 1.50291 6 2 -1.098 0.885121 3.60788 1.50291 在這里為了簡(jiǎn)單，我只取了一個(gè)原胞的原子。即，兩個(gè)Ti，一個(gè)O. Atoms 每一列的意義如下： id type q x y z |
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2樓2013-06-17 22:49:16
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送紅花一朵 |
經(jīng)過(guò)測(cè)試，可以很明確的說(shuō)，用pair_write 導(dǎo)出庫(kù)倫對(duì)勢(shì)的時(shí)候沒(méi)有考慮電荷項(xiàng)，只是導(dǎo)出了：C/r 這一項(xiàng)， r 按照所用單位值確定，C是 energy-conversion constant 。如units metal r 的單位為 A ，C的值為14.399645 eV.A, （C/r）的單位為eV 。 但是在程序內(nèi)部計(jì)算時(shí)，是考慮電荷的。 atom_style charge 。。。。。。。。。。。。。 set type 1 charge 2.196 # 設(shè)置第一類(lèi)原子Ti 的電荷為2.196 set type 2 charge -1.098 # 設(shè)置第二類(lèi)原子O的電荷為-1.098 。。。。。。。。。。。。。 這樣設(shè)置來(lái)模擬coul作用是完全正確的。 |
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3樓2013-06-18 09:55:54
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4樓2013-06-18 09:57:10
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