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cgzhang_gg銅蟲 (著名寫手)
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[求助]
pair_style coul/cut 的測試
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有誰測試過pair_style coul/cut 的對勢， 我通過pair_writes 導(dǎo)出的勢，與我fortran按照庫倫作用表達(dá)式算出的勢相差很大 ，定性上都是錯的。也就是說，通過pair_writes 導(dǎo)出的 TI_Ti ，Ti_O, O_O 三個對勢都是正的，而且與電荷量沒有關(guān)系。我懷疑是我in.文件里那個地方設(shè)置的不對。下面是我的in.文件的內(nèi)容： 大家?guī)臀铱纯茨睦镉胁粚Φ牡胤剑蛘咴蹅冇懻撓�，好人有好報�?br /> 注：我測試的體系TiO2金紅石結(jié)構(gòu)：一個原胞里面有兩個Ti和四個O.,晶格常數(shù)是4.493A。 設(shè)置第一類原子Ti的電荷為2.192e, e為元電荷，一個質(zhì)子所具有的電量。相應(yīng)的O的電荷設(shè)置為：-1.098e. 單位是按照metal 來確定的。 # TiO2 coul/cut detect right or wrong units metal atom_style charge boundary p p p lattice custom 4.493 a1 1.0 0.0 0.0 a2 0.0 1.0 0.0 a3 0.0 0.0 0.669& basis 0.0 0.0 0.0 basis 0.5 0.5 0.5 & basis 0.303 0.303 0.0 basis 0.697 0.697 0.0 & basis 0.803 0.197 0.5 basis 0.197 0.803 0.5 region mybox block 0 1 0 1 0 1 create_box 2 mybox create_atoms 2 box basis 1 1 basis 2 1 & basis 3 2 basis 4 2 basis 5 2 basis 6 2 mass 1 47.867 # 設(shè)置第一類原子Ti的質(zhì)量：47.867 mass 2 15.9994 # 設(shè)置第二類原子O的質(zhì)量：15.9994 set type 1 charge 2.196 # 設(shè)置第一類原子Ti 的電荷為2.196 set type 2 charge -1.098 # 設(shè)置第二類原子O的電荷為-1.098 # 1-coul/cut 8.5 pair_style coul/cut 8.5 pair_coeff 1 1 pair_coeff 1 2 pair_coeff 2 2 pair_write 1 1 50000 r 0.4 8.0 table.T_T.c Ti_Ti pair_write 1 2 50000 r 0.4 8.0 table.T_O.c Ti_O pair_write 2 2 50000 r 0.4 8.0 table.O_O.c O_O quit |
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銅蟲 (著名寫手)
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我再補充下，我把用pair_write 導(dǎo)出來的對勢，T_T，T_O,O_O的三個對勢與 1/r 相比較，結(jié)果發(fā)現(xiàn)比值恰為：14.399645，這正好是energy-conversion constant C 見lammps手冊 pair_style coul/cut command 大約872頁， 然后我又測試了通過read_data 命令來讀取構(gòu)型以及每個原子的帶電量，然后又通過pair_write 導(dǎo)出對勢，結(jié)果還是不對？我現(xiàn)在懷疑lammps 里面有一個bug, 就是通過pair_write 命令導(dǎo)出對勢的時候根本沒考慮qi 和qj，至于程序內(nèi)部計算力，以便更新位置和速度，應(yīng)該考慮了，要不然會出現(xiàn)很多離奇的錯誤。我測試的in.文件如下： # TiO2 TiO2.pair.table detect right or wrong units metal atom_style charge #atom_style atomic boundary p p p read_data data.TiO2 mass 1 47.867 # Ti mass 2 15.9994 # O # 1-coul/cut 8.5 pair_style coul/cut 8.5 #pair_coeff * * pair_coeff 1 1 pair_coeff 1 2 pair_coeff 2 2 pair_write 1 1 50000 r 0.4 9.0 table.T_T.c Ti_Ti pair_write 1 2 50000 r 0.4 9.0 table.T_O.c Ti_O pair_write 2 2 50000 r 0.4 9.0 table.O_O.c O_O fix 1 all nve run 10 quit data.TiO2 的內(nèi)容如下： #TiO2 6 atoms 0 bonds 0 angles 0 dihedrals 0 impropers 2 atom types 0 bond types 0 angle types 0 dihedral types 0 improper types 0 4.493 xlo xhi 0 4.493 ylo yhi 0 3.00582 zlo zhi Atoms 1 1 2.196 0 0 0 2 1 2.196 2.2465 2.2465 1.50291 3 2 -1.098 1.36138 1.36138 0 4 2 -1.098 3.13162 3.13162 0 5 2 -1.098 3.60788 0.885121 1.50291 6 2 -1.098 0.885121 3.60788 1.50291 在這里為了簡單，我只取了一個原胞的原子。即，兩個Ti，一個O. Atoms 每一列的意義如下： id type q x y z |
2樓2013-06-17 22:49:16
cgzhang_gg
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送紅花一朵 |
經(jīng)過測試，可以很明確的說，用pair_write 導(dǎo)出庫倫對勢的時候沒有考慮電荷項，只是導(dǎo)出了：C/r 這一項， r 按照所用單位值確定，C是 energy-conversion constant 。如units metal r 的單位為 A ，C的值為14.399645 eV.A, （C/r）的單位為eV 。 但是在程序內(nèi)部計算時，是考慮電荷的。 atom_style charge 。。。。。。。。。。。。。 set type 1 charge 2.196 # 設(shè)置第一類原子Ti 的電荷為2.196 set type 2 charge -1.098 # 設(shè)置第二類原子O的電荷為-1.098 。。。。。。。。。。。。。 這樣設(shè)置來模擬coul作用是完全正確的。 |
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3樓2013-06-18 09:55:54
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4樓2013-06-18 09:57:10
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