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yuexiaoming新蟲 (小有名氣)
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[交流]
運(yùn)行之后水分子怎么亂了,氫氧鍵跑老遠(yuǎn),上圖,上in data文件 已有5人參與
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| 程序跑起來比較郝時間,我把跑完的dump.lammpstrj上傳上去,大家可以用vmd直接打開觀看,出現(xiàn)的問題是,氧原子跟氫原子分離了,但是之間還有鍵鏈接,怎么回事? |
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2014-08-28 21:48:05, 341.14 K
2014-08-28 21:49:53, 9.73 M
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因?yàn)槟愕牧u基是在周期性盒子邊緣了呀，比方說氧原子在最左邊，氫原子如果運(yùn)動到氧原子的左邊就超過了盒子尺寸而使它周期性地到最右邊去，這個時候兩者還是成劍的，所以會這樣。 你可以把它用vdw形式再把周期性放開就會好看點(diǎn)了。 |
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yuexiaoming
4樓2014-08-28 23:20:31
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2樓2014-08-28 21:52:19
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