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yuexiaoming新蟲 (小有名氣)
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[交流]
運(yùn)行之后水分子怎么亂了,氫氧鍵跑老遠(yuǎn),上圖,上in data文件 已有5人參與
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| 程序跑起來比較郝時(shí)間,我把跑完的dump.lammpstrj上傳上去,大家可以用vmd直接打開觀看,出現(xiàn)的問題是,氧原子跟氫原子分離了,但是之間還有鍵鏈接,怎么回事? |
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2014-08-28 21:48:05, 341.14 K
2014-08-28 21:49:53, 9.73 M
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7樓2014-09-01 21:05:21
yuexiaoming
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dimension 3 boundary p p p units metal atom_style full read_data 1000.data neighbor 2 bin neigh_modify delay 0 every 1 pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 8.5 8.5 pair_coeff 1 1 0.1521 3.154000 8.5 pair_coeff * 2 0.000000 0.000000 8.5 bond_style harmonic bond_coeff 1 450 0.9572 angle_style harmonic angle_coeff 1 55 104.52 kspace_style pppm/tip4p 0.001 velocity all create 318 12345 fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1 fix 2 all npt temp 318 318 2.5 iso 0 0 1000 timestep 0.002 thermo 100 dump 1 all atom 100 dump.lammpstrj run 10000 |
2樓2014-08-28 21:52:19
yuexiaoming
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3樓2014-08-28 21:54:57
fangsteel
木蟲 (正式寫手)
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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因?yàn)槟愕牧u基是在周期性盒子邊緣了呀，比方說氧原子在最左邊，氫原子如果運(yùn)動(dòng)到氧原子的左邊就超過了盒子尺寸而使它周期性地到最右邊去，這個(gè)時(shí)候兩者還是成劍的，所以會(huì)這樣。 你可以把它用vdw形式再把周期性放開就會(huì)好看點(diǎn)了。 |
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yuexiaoming
4樓2014-08-28 23:20:31
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