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yuexiaoming新蟲 (小有名氣)
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[交流]
運行之后水分子怎么亂了,氫氧鍵跑老遠,上圖,上in data文件 已有5人參與
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| 程序跑起來比較郝時間,我把跑完的dump.lammpstrj上傳上去,大家可以用vmd直接打開觀看,出現(xiàn)的問題是,氧原子跟氫原子分離了,但是之間還有鍵鏈接,怎么回事? |
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- 附件 2 : dump.lammpstrj
2014-08-28 21:48:05, 341.14 K
2014-08-28 21:49:53, 9.73 M
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
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因為你的羥基是在周期性盒子邊緣了呀，比方說氧原子在最左邊，氫原子如果運動到氧原子的左邊就超過了盒子尺寸而使它周期性地到最右邊去，這個時候兩者還是成劍的，所以會這樣。 你可以把它用vdw形式再把周期性放開就會好看點了。 |
yuexiaoming
4樓2014-08-28 23:20:31
yuexiaoming
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dimension 3 boundary p p p units metal atom_style full read_data 1000.data neighbor 2 bin neigh_modify delay 0 every 1 pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.15 8.5 8.5 pair_coeff 1 1 0.1521 3.154000 8.5 pair_coeff * 2 0.000000 0.000000 8.5 bond_style harmonic bond_coeff 1 450 0.9572 angle_style harmonic angle_coeff 1 55 104.52 kspace_style pppm/tip4p 0.001 velocity all create 318 12345 fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 a 1 fix 2 all npt temp 318 318 2.5 iso 0 0 1000 timestep 0.002 thermo 100 dump 1 all atom 100 dump.lammpstrj run 10000 |
2樓2014-08-28 21:52:19
yuexiaoming
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3樓2014-08-28 21:54:57
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5樓2014-08-29 08:46:50
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