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gromacs軟件羥基力場問題
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本人新手，沒用過gromacs軟件�，F(xiàn)在想用QM/MM的方法模擬一個分子與OH自由基的反應。MM用的是gromacs。第一步我想應該是把分子與OH自由基畫出來，保存為pdb文件。第二步是用gromacs軟件在分子與OH自由基周圍加上水盒子。但是第一步里OH自由基保存為pdb文件時，應該怎么命名？第二步或者是之后計算的時候，OH自由基要用什么力場？再之后的QM/MM計算還完全不懂，就先不管了。請大家不吝賜教，謝謝了。 |
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mayun284122
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2樓2014-10-31 12:38:25
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