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布布_銅蟲 (初入文壇)
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[求助]
請大家?guī)椭医鉀Q下找過渡態(tài)中的燃眉之急 謝謝！卡好久了。。。 已有3人參與
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最近找過渡態(tài)都是TS先用HF/3-21G找到后再用大基組m062x/6-31g*跑，但是最近的幾個過渡態(tài)都是用小基組找到了，但是讀CHK時候 跑不出來，兩個途徑的問題分別是兩種情況：1.一種是過渡態(tài)能量一直小范圍震蕩，都到0.000X了但就是不平，需要加什么關(guān)鍵詞或者怎樣？加gdiis管用么？或者加IOP=(1/8=8)? 2：一種是一個成環(huán)(C=C和一個N成環(huán)，成環(huán)后下一步是H轉(zhuǎn)移到C=C另一個C上），小基組虛頻都是400多500多，但是讀CHK后成環(huán)兩個原子反而跑遠了，無法成環(huán)，體系中氫鍵作用比較多，是不是HF和M062X方法之間的誤差問題？有什么好辦法解決么？基函數(shù)一千一左右，不用小基組直接TS的話跑1002就得一天多。。。太費時間了。。請大家指點下我該咋整，一個多月一點進展都沒有，很焦急。。 先謝謝大家了，請大家不吝賜教，感激不盡！ |
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布布_
銅蟲 (初入文壇)
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7樓2014-07-08 10:17:35
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1、可以加gdiis，如果再沒用的話我一般是把振蕩的那幾個結(jié)構(gòu)拿出來單獨算頻率看看。 2、6-31g*我覺得不算大機組。大機組怎么也得到6-311++g(d,p)吧。。。而且你氫鍵多，為何不加彌散？我覺得加到6-31++g(d)。用HF給個初始結(jié)構(gòu)和初始猜我覺得沒問題，但是用來算弱相互作用我個人認為是“無意義”的， 如果是高斯09d以上版本的話可以用DFT-D，解決弱相互作用比較不錯。 http://hi.baidu.com/sobereva/item/3cbf8904defdc4803d42e2e9 大神的這篇文章可供參考。 個人見解，歡迎批評指正。 |
2樓2014-07-04 10:10:53
槍下游魂
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3樓2014-07-04 10:12:02
jyzhao1981
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| 對于你的第一個問題，加gdiis能解決。第二個反應(yīng)直接用m062x/6-31g**做一個柔性掃描去尋找過渡態(tài)。你的體系中有氫鍵，泛函選的對，但基組至少要用6-31g**了。算1002花一天多的時間多正常的事情啊，你怎么那么急呢。對于含有非鍵作用的體系，HF很難給出正確的結(jié)果，它忽略了大部分電子相關(guān)啊。 |
4樓2014-07-04 12:32:12
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