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meatball1982

銅蟲 (小有名氣)

應助: 8 (幼兒園)
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注冊: 2011-12-09
性別: GG
專業(yè): 理論和計算化學

[求助] 用sybyl的spl生成20種氨基酸的一個結構

大家好。我剛剛接觸sybyl和spl。
我希望通過一個簡單的spl腳本生成20種氨基酸的結構。以SER為例子。

生成一個ACE-SER-NME的結構，并存成pdb文件。

輸入是input.txt

SER
ALA
...
GLY

輸出的SER.pdb為以下形式。

HEADER BUILDER_PROTEIN
COMPND BUILDER_PROTEIN
REMARK GENERATED BY SYBYL (TRIPOS, INC.)    09-JUL-14
SEQRES 1 A 3  ACE SER NME
ATOM    1  C ACE A 0    -2.065 1.732 0.558  1.00  0.00          C
ATOM    2  O ACE A 0    -2.982 0.897 0.558  1.00  0.00          O
ATOM    3  CH3 ACE A 0    -2.386 3.207 0.558  1.00  0.00          C
ATOM    4  H1  ACE A 0    -1.965 3.680  -0.329  1.00  0.00          H
ATOM    5  H2  ACE A 0    -1.965 3.679 1.446  1.00  0.00          H
ATOM    6  H3  ACE A 0    -3.469 3.334 0.569  1.00  0.00          H
ATOM    7  N SER A 1    -0.753 1.436 0.558  1.00  0.00          N
ATOM    8  CA  SER A 1    -0.272 0.065 0.558  1.00  0.00          C
ATOM    9  C SER A 1    1.258 0.065 0.558  1.00  0.00          C
ATOM    10  O SER A 1    1.880 1.126 0.558  1.00  0.00          O
ATOM    11  CB  SER A 1    -0.803  -0.715  -0.647  1.00  0.00          C
ATOM    12  OG  SER A 1    -0.399  -0.129  -1.881  1.00  0.00          O
ATOM    13  HA  SER A 1    -0.627  -0.405 1.476  1.00  0.00          H
ATOM    14  HB2 SER A 1    -1.891  -0.742  -0.586  1.00  0.00          H
ATOM    15  HB3 SER A 1    -0.419  -1.733  -0.595  1.00  0.00          H
ATOM    16  HG  SER A 1    -0.754  -0.650  -2.605  1.00  0.00          H
ATOM    17  H SER A 1    -0.061 2.186 0.558  1.00  0.00          H
ATOM    18  N NME A 2    1.860  -1.138 0.558  1.00  0.00          N
ATOM    19  C NME A 2    3.307  -1.224 0.558  1.00  0.00          C
ATOM    20  H3  NME A 2    3.648  -1.757  -0.329  1.00  0.00          H
ATOM    21  H1  NME A 2    3.648  -1.757 1.446  1.00  0.00          H
ATOM    22  HN1 NME A 2    1.299  -1.989 0.558  1.00  0.00          H
ATOM    23  H2  NME A 2    3.723  -0.216 0.569  1.00  0.00          H
TER    24    NME A 2
CONECT 1 2 3 7
CONECT 7 1 8 17
CONECT 9 8 10 18
CONECT 18 9 19 22
MASTER       0 0 0 0 0 0 0 0 23 1 4 1
END

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唉。還是學吧。

1樓 2014-07-09 14:49:45

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