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tsihu捐助貴賓 (小有名氣)
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[求助] 關(guān)于分子能量的計算與處理
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本人研究的分子有兩種可能構(gòu)象,現(xiàn)在想計算分別的分子能量進(jìn)行比較以確定哪一種更為穩(wěn)定.感到困擾的是這個分子能量是指構(gòu)型優(yōu)化后的out文件里的SCF Done后的能量還是單點(diǎn)能計算后得到的能量. 還有就是怎么用零點(diǎn)能(zero point energy)進(jìn)行修正. 望知曉這方面的先行者不吝指教.謝謝. |
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liliracial
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lei0736(金幣+3,VIP+0):謝謝
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既然有兩種可能構(gòu)型，一般都是以這兩種構(gòu)型為初始構(gòu)型，分別進(jìn)行構(gòu)型優(yōu)化，優(yōu)化后，看最終的構(gòu)型相同還是不相同，如果不相同，那么再比較優(yōu)化后OUT文件中的能量。 如果要進(jìn)行零點(diǎn)能修正，則在構(gòu)型優(yōu)化后進(jìn)行頻率計算freq，那么OUT文件中就直接有零點(diǎn)能以及修正后能量的結(jié)果。 建議在計算時，仔細(xì)看看Gaussian03手冊中關(guān)于OPT以及Freq頻率計算的相關(guān)內(nèi)容。里面涉及你需要的東西。 |
2樓2008-04-07 16:46:06
SHY31
至尊木蟲 (知名作家)
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3樓2008-04-07 17:50:18
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lei0736(金幣+3,VIP+0):又見高手 呵呵
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優(yōu)化和單點(diǎn)計算都能給出能量。優(yōu)化對基組和方法的依賴性不是很大，一般用較小基組就可以了，但是能量則不同，往往需要加大基組，比如增加極化函數(shù)，彌散函數(shù)。所以LZ的情況，可以直接比較優(yōu)化后的能量（如果可以分清楚的話）也可以在優(yōu)化的基礎(chǔ)上進(jìn)行更大基組的單點(diǎn)計算已獲得更為準(zhǔn)確的能量值 零點(diǎn)能矯正同樓上 頻率計算是為了檢測找到的結(jié)構(gòu)是否為局域極小點(diǎn)，結(jié)構(gòu)是否穩(wěn)定 HOMO-LUMO gap 一般只表示分子的化學(xué)穩(wěn)定性，熱力學(xué)穩(wěn)定性可以計算其鍵能 |
4樓2008-04-07 20:08:30
tsihu
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5樓2008-04-08 10:29:33
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lei0736(金幣+4,VIP+0):謝謝 夠詳盡的
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各個能量的單位都是Hartree。 構(gòu)型優(yōu)化能否給出相對可靠的分子能量還要看你采用的方法以及基組的大小等因素。進(jìn)行頻率分析后會得到一些和熱力學(xué)相關(guān)的東西，下面是個具體的例子，看完之后你就能很清楚了。 在分子的熱力學(xué)計算中,包括了零點(diǎn)能的輸出,零點(diǎn)能是對分子的電子能量的矯正,計算了在0K溫度下的分子振動能量.但我們計算的熱力學(xué)數(shù)據(jù)并不總是在OK時,為了計算在較高溫度下的能量,內(nèi)能也要考慮到總能量中,它包括平動能,轉(zhuǎn)動能,和振動能.注意在計算內(nèi)能的時候,已經(jīng)考慮了零點(diǎn)能.下面是一個計算實例 Temperature 298.15 Kelvin. Pressure 1.0000 Atm. Zero-point correction= 0.029201 Thermal correction to Energy= 0.032054 Thermal correction to Enthalpy= 0.032999 Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.008244 Sum of electronic and zero-point Energies= -113.837130 Sum of electronic and thermal Energies= -113.834277 Sum of electronic and thermal Enthalpies= -113.833333 Sum of electronic and thermal Free Energies= -113.858087 后面四行的四個能量分別為E0, E, H, G. 計算為 E0=E(elec) + ZPE E=E0 + E(vib) + E(rol) + E(transl) H=E + RT G=H - TS 上例是在298.15K和1.0Atm下計算的熱力學(xué)狀態(tài)函數(shù),EO即我們的分子體系總能量,而在求298.15K下的內(nèi)能E時,要加上平動能,轉(zhuǎn)動能,和振動能,由統(tǒng)計熱力學(xué)知,這三項處于激發(fā)能級,注意這里的ZPE實際上就是對應(yīng)E(vib)在OK時的能量,但現(xiàn)在并非0K,有關(guān)能量隨溫度變化公式可參考統(tǒng)計熱力著作,最后得到的Ｅ就是平常所指的內(nèi)能U，這正是統(tǒng)計熱力學(xué)中對內(nèi)能的定義. |
6樓2008-04-08 11:10:31
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