版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進(jìn)行手機(jī)號驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門版塊排行榜

返回列表

當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖

043114076

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 49 (小學(xué)生)
金幣: 3364.9
散金: 52
紅花: 23
帖子: 788
在線: 369.5小時(shí)
蟲號: 570592
注冊: 2008-06-07
性別: GG
專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)

[交流] Vasp NEB 計(jì)算前原子排序腳本已有6人參與

使用vasp NEB計(jì)算反應(yīng)路徑一般會使用nebmake.pl 進(jìn)行插點(diǎn)生成一系列的POSCAR，常常會遇到初始結(jié)構(gòu)和最終結(jié)構(gòu)POSCAR的原子順序并不一一對應(yīng)的情況，這樣插點(diǎn)就會出現(xiàn)結(jié)構(gòu)混亂。我自己寫了個(gè)排序的腳本用于自動排序，供大家參考使用：
使用方法：將下面的腳本拷貝到一個(gè)文件，比如pos_order.sh。根據(jù)自己的情況修改begin和end兩個(gè)變量。運(yùn)行：sh pos_order.sh POSCAR.start POSCAR.end
生成一個(gè)POSCAR.end.new。其中POSCAR.start 和POSCAR.end 是初始結(jié)構(gòu)和最終結(jié)構(gòu)，可以使用其他名字。

CODE:

#!/bin/bash

begin=9 #輸入結(jié)構(gòu)開始行號

end=133 #輸入結(jié)構(gòu)結(jié)束行號

headline=`awk "BEGIN{print $begin-1}"`

head -n $headline $2 > $2.new

awk -v begin=$begin -v end=$end '

    (FILENAME==ARGV[1])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x0[FNR]=$1;y0[FNR]=$2;z0[FNR]=$3}

    (FILENAME==ARGV[2])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x1[FNR]=$1;y1[FNR]=$2;z1[FNR]=$3}

     END{for(i=begin;i<=end;i=i+1){

          rmin=1;

          for(j=begin;j<=end;j=j+1){

            r=(x0[i]-x1[j])^2+(y0[i]-y1[j])^2+(z0[i]-z1[j])^2;

            if(r<rmin){rmin=r;nr=j}

            };

          x2[i]=x1[nr];y2[i]=y1[nr];z2[i]=z1[nr];

          printf("%9.6f%9.6f%9.6f\n",x2[i],y2[i],z2[i])

          };

        }' $1 $2 >> $2.new

回復(fù)此樓

» 收錄本帖的淘帖專輯推薦

量化軟件	VASP軟件從入門到高深

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

afan0012

wangscott

» 猜你喜歡

求調(diào)劑院校信息已經(jīng)有4人回復(fù)
085600材料與化工306 已經(jīng)有4人回復(fù)
286求調(diào)劑已經(jīng)有10人回復(fù)
328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷已經(jīng)有9人回復(fù)
一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！已經(jīng)有8人回復(fù)
資源與環(huán)境調(diào)劑申請(333分) 已經(jīng)有5人回復(fù)
280求調(diào)劑已經(jīng)有12人回復(fù)
269專碩求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
材料學(xué)碩301分求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:

VASP CI-NEB找過渡態(tài)求助已經(jīng)有4人回復(fù)
關(guān)于Vasp TST Tools的NEB計(jì)算中的SS NEB計(jì)算問題已經(jīng)有7人回復(fù)
vasp結(jié)構(gòu)優(yōu)化出現(xiàn)問題：算完一個(gè)離子步后就停止已經(jīng)有12人回復(fù)
VASP NEB 不收斂問題已經(jīng)有25人回復(fù)
vasp中做利用NEB或者 Cl-NEB做動力學(xué) 需要怎樣的計(jì)算機(jī)配置呢？已經(jīng)有14人回復(fù)
vasp 計(jì)算單分子/原子時(shí)晶胞大小的選取已經(jīng)有6人回復(fù)
用VASP計(jì)算NEB都十幾天了還不收斂，急�。。。� 已經(jīng)有8人回復(fù)
vasp計(jì)算NEB時(shí)，算到第27步，自動停了，高人幫我看看怎么回事？已經(jīng)有7人回復(fù)
VASP計(jì)算neb的步驟已經(jīng)有14人回復(fù)
vasp neb 加壓，如何修改INCAR ? 已經(jīng)有12人回復(fù)
請教VASP如何在NEB計(jì)算之后做指前因子計(jì)算？已經(jīng)有7人回復(fù)
vasp計(jì)算neb忽然停掉了！如果想繼續(xù)算我應(yīng)該怎么辦吶？已經(jīng)有8人回復(fù)
畫VASP計(jì)算的原子結(jié)構(gòu)圖的一個(gè)方法（自己瞎想的，如和他人方法雷同請見諒）已經(jīng)有4人回復(fù)
vasp計(jì)算界面結(jié)構(gòu)時(shí)原子弛豫的問題已經(jīng)有12人回復(fù)
vasp計(jì)算過渡態(tài)問題已經(jīng)有13人回復(fù)
vasp用ci-neb算出來的過渡態(tài)有多個(gè)虛頻，怎么辦？已經(jīng)有15人回復(fù)
新手請教用NEB方法計(jì)算energy barrier. 已經(jīng)有15人回復(fù)
vasp用neb計(jì)算遷移勢壘已經(jīng)有11人回復(fù)
vasp NEB 如何選取原胞大小？已經(jīng)有10人回復(fù)
【求助】新手求助vasp計(jì)算氧分子結(jié)合能的問題已經(jīng)有12人回復(fù)
【求助】關(guān)于vasp NEB 已經(jīng)有8人回復(fù)
【其他】vasp neb 計(jì)算討論已經(jīng)有20人回復(fù)
【求助成功】NEB計(jì)算的一個(gè)stdout輸出怎么解讀? 已經(jīng)有6人回復(fù)
【求助成功】怎么樣提高NEB計(jì)算速度? 已經(jīng)有19人回復(fù)

1樓 2014-07-28 11:07:12

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

呂小強(qiáng)強(qiáng)

新蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 6498.9
紅花: 1
帖子: 866
在線: 237.7小時(shí)
蟲號: 2978560
注冊: 2014-02-19
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

頂了不過動力學(xué)的 FFF TTT 都變沒了有影響嗎

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2015-02-07 09:22:05

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 9 個(gè)回答

dujunhui

金蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
金幣: 1769.3
帖子: 403
在線: 136.3小時(shí)
蟲號: 739582
注冊: 2009-04-03
性別: GG
專業(yè): 無機(jī)材料化學(xué)

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

這么好的帖子，怎么沒人頂

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2014-09-15 11:10:04

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zb3ynf

銀蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 390.9
帖子: 39
在線: 57.6小時(shí)
蟲號: 1270709
注冊: 2011-04-19
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

引用回帖:

2樓: Originally posted by dujunhui at 2014-09-15 11:10:04
這么好的帖子，怎么沒人頂

無比感謝�。。。。。。。。。。。�！

回復(fù)此樓

3樓2014-09-20 16:19:31

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

043114076

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 49 (小學(xué)生)
金幣: 3364.9
散金: 52
紅花: 23
帖子: 788
在線: 369.5小時(shí)
蟲號: 570592
注冊: 2008-06-07
性別: GG
專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)

引用回帖:

4樓: Originally posted by 呂小強(qiáng)強(qiáng) at 2015-02-07 09:22:05
頂了不過動力學(xué)的 FFF TTT 都變沒了有影響嗎

如果設(shè)定了Selective Dyanamic, 是有影響的. 不過稍微修改一下腳本就可以實(shí)現(xiàn).

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2015-02-09 08:57:37

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 9 個(gè)回答

普通表情龍兔虎貓高級回復(fù) (可上傳附件)

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 一志愿北京化工大學(xué)070300 學(xué)碩336求調(diào)劑 +3	vv迷 2026-03-21	4/200	2026-03-21 23:05 by f19980501
[考研] 286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！ +4	lemonzzn 2026-03-17	8/400	2026-03-21 22:49 by lemonzzn
[考研] 資源與環(huán)境調(diào)劑申請(333分) +5	holy J 2026-03-21	5/250	2026-03-21 22:42 by Catalysis25
[考研] 考研調(diào)劑 +3	呼呼？~+123456 2026-03-21	3/150	2026-03-21 20:04 by 無際的草原
[基金申請] 山東省面上項(xiàng)目限額評審 +3	石瑞0426 2026-03-19	3/150	2026-03-21 18:59 by RRRKKK
[基金申請] 學(xué)校已經(jīng)提交到NSFC，還能修改嗎？ 40+4	babangida 2026-03-19	9/450	2026-03-21 16:12 by babangida
[考研] 能源材料化學(xué)課題組招收碩士研究生8-10名 +5	脫穎而出 2026-03-16	15/750	2026-03-21 10:16 by 脫穎而出
[考研] 一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +12	yangfz 2026-03-17	12/600	2026-03-21 03:30 by JourneyLucky
[考研] 初始318分求調(diào)劑（有工作經(jīng)驗(yàn)） +3	1911236844 2026-03-17	3/150	2026-03-21 02:33 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +3	晨昏線與星海 2026-03-18	3/150	2026-03-21 00:46 by JourneyLucky
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +7	z1z2z3879 2026-03-18	7/350	2026-03-20 23:48 by JourneyLucky
[考研] 330求調(diào)劑 +4	小材化本科 2026-03-18	4/200	2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 323求調(diào)劑 +3	洼小桶 2026-03-18	3/150	2026-03-20 22:54 by JourneyLucky
[考研] 287求調(diào)劑 +7	晨昏線與星海 2026-03-19	8/400	2026-03-20 22:19 by JourneyLucky
[考研] 求調(diào)劑，一志愿:南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分 +4	@taotao 2026-03-19	4/200	2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] 招收調(diào)劑碩士 +4	lidianxing 2026-03-19	12/600	2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考研] 085410人工智能專碩317求調(diào)劑（0854都可以） +4	xbxudjdn 2026-03-18	4/200	2026-03-20 09:07 by 不168
[考研] 本科鄭州大學(xué)物理學(xué)院，一志愿華科070200學(xué)碩，346求調(diào)劑 +4	我不是一根蔥 2026-03-18	4/200	2026-03-19 09:11 by 浮云166
[考研] 生物學(xué)071000 329分求調(diào)劑 +3	我愛生物生物愛?/a> 2026-03-17	3/150	2026-03-18 10:12 by macy2011
[考研] 334求調(diào)劑 +3	志存高遠(yuǎn)意在機(jī)?/a> 2026-03-16	3/150	2026-03-18 08:34 by lm4875102

亭亭五月天在线观看,亭亭五月天在线观看,国产最新av一区二区,国产 高清 中文字幕,99re热久久亚洲综合精品成人,熟妇 一区二区三区,一级做a爰片性色毛片武则天,美女的骚穴视频播放,国产美女午夜免费视频

24小時(shí)熱門版塊排行榜

043114076

[交流] Vasp NEB 計(jì)算前原子排序腳本 已有6人參與

» 收錄本帖的淘帖專輯推薦

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

» 猜你喜歡

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:

呂小強(qiáng)強(qiáng)

dujunhui

zb3ynf

043114076

亭亭五月天在线观看,亭亭五月天在线观看,国产最新av一区二区,国产高清中文字幕,99re热久久亚洲综合精品成人,熟妇一区二区三区,一级做a爰片性色毛片武则天,美女的骚穴视频播放,国产美女午夜免费视频

[交流] Vasp NEB 計(jì)算前原子排序腳本已有6人參與