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木蟲 (正式寫手)

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[交流] Vasp NEB 計(jì)算前原子排序腳本已有6人參與

使用vasp NEB計(jì)算反應(yīng)路徑一般會使用nebmake.pl 進(jìn)行插點(diǎn)生成一系列的POSCAR，常常會遇到初始結(jié)構(gòu)和最終結(jié)構(gòu)POSCAR的原子順序并不一一對應(yīng)的情況，這樣插點(diǎn)就會出現(xiàn)結(jié)構(gòu)混亂。我自己寫了個排序的腳本用于自動排序，供大家參考使用：
使用方法：將下面的腳本拷貝到一個文件，比如pos_order.sh。根據(jù)自己的情況修改begin和end兩個變量。運(yùn)行：sh pos_order.sh POSCAR.start POSCAR.end
生成一個POSCAR.end.new。其中POSCAR.start 和POSCAR.end 是初始結(jié)構(gòu)和最終結(jié)構(gòu)，可以使用其他名字。

CODE:

#!/bin/bash

begin=9 #輸入結(jié)構(gòu)開始行號

end=133 #輸入結(jié)構(gòu)結(jié)束行號

headline=`awk "BEGIN{print $begin-1}"`

head -n $headline $2 > $2.new

awk -v begin=$begin -v end=$end '

    (FILENAME==ARGV[1])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x0[FNR]=$1;y0[FNR]=$2;z0[FNR]=$3}

    (FILENAME==ARGV[2])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x1[FNR]=$1;y1[FNR]=$2;z1[FNR]=$3}

     END{for(i=begin;i<=end;i=i+1){

          rmin=1;

          for(j=begin;j<=end;j=j+1){

            r=(x0[i]-x1[j])^2+(y0[i]-y1[j])^2+(z0[i]-z1[j])^2;

            if(r<rmin){rmin=r;nr=j}

            };

          x2[i]=x1[nr];y2[i]=y1[nr];z2[i]=z1[nr];

          printf("%9.6f%9.6f%9.6f\n",x2[i],y2[i],z2[i])

          };

        }' $1 $2 >> $2.new

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1樓 2014-07-28 11:07:12

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dujunhui

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這么好的帖子，怎么沒人頂

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2樓2014-09-15 11:10:04

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2樓: Originally posted by dujunhui at 2014-09-15 11:10:04
這么好的帖子，怎么沒人頂

無比感謝�。。。。。。。。。。。�！

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3樓2014-09-20 16:19:31

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頂了不過動力學(xué)的 FFF TTT 都變沒了有影響嗎

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4樓2015-02-07 09:22:05

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4樓: Originally posted by 呂小強(qiáng)強(qiáng) at 2015-02-07 09:22:05
頂了不過動力學(xué)的 FFF TTT 都變沒了有影響嗎

如果設(shè)定了Selective Dyanamic, 是有影響的. 不過稍微修改一下腳本就可以實(shí)現(xiàn).

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5樓2015-02-09 08:57:37

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5樓: Originally posted by 043114076 at 2015-02-09 08:57:37
如果設(shè)定了Selective Dyanamic, 是有影響的. 不過稍微修改一下腳本就可以實(shí)現(xiàn)....

挺好使，只是有些體系為什么產(chǎn)生的并不一一對應(yīng)而且POSCAR.NEW轉(zhuǎn)化成GIF后有些原子不見了，potcar估計(jì)也難對上那順序，是不是那種路徑不存在才會這樣。

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6樓2015-02-10 00:00:01

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7樓2016-01-24 16:22:30

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8樓2016-01-25 19:44:08

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9樓2022-05-27 22:55:21

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