版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

登錄注冊

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進行實名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號能夠正常使用，請盡快對帳號進行手機號驗證，感謝您的理解與支持！

24小時熱門版塊排行榜

返回列表

當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖

043114076

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 49 (小學(xué)生)
金幣: 3364.9
散金: 52
紅花: 23
帖子: 788
在線: 369.5小時
蟲號: 570592
注冊: 2008-06-07
性別: GG
專業(yè): 理論和計算化學(xué)

[交流] Vasp NEB 計算前原子排序腳本已有6人參與

使用vasp NEB計算反應(yīng)路徑一般會使用nebmake.pl 進行插點生成一系列的POSCAR，常常會遇到初始結(jié)構(gòu)和最終結(jié)構(gòu)POSCAR的原子順序并不一一對應(yīng)的情況，這樣插點就會出現(xiàn)結(jié)構(gòu)混亂。我自己寫了個排序的腳本用于自動排序，供大家參考使用：
使用方法：將下面的腳本拷貝到一個文件，比如pos_order.sh。根據(jù)自己的情況修改begin和end兩個變量。運行：sh pos_order.sh POSCAR.start POSCAR.end
生成一個POSCAR.end.new。其中POSCAR.start 和POSCAR.end 是初始結(jié)構(gòu)和最終結(jié)構(gòu)，可以使用其他名字。

CODE:

#!/bin/bash

begin=9 #輸入結(jié)構(gòu)開始行號

end=133 #輸入結(jié)構(gòu)結(jié)束行號

headline=`awk "BEGIN{print $begin-1}"`

head -n $headline $2 > $2.new

awk -v begin=$begin -v end=$end '

    (FILENAME==ARGV[1])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x0[FNR]=$1;y0[FNR]=$2;z0[FNR]=$3}

    (FILENAME==ARGV[2])&&(FNR>=begin)&&(FNR<=end){x1[FNR]=$1;y1[FNR]=$2;z1[FNR]=$3}

     END{for(i=begin;i<=end;i=i+1){

          rmin=1;

          for(j=begin;j<=end;j=j+1){

            r=(x0[i]-x1[j])^2+(y0[i]-y1[j])^2+(z0[i]-z1[j])^2;

            if(r<rmin){rmin=r;nr=j}

            };

          x2[i]=x1[nr];y2[i]=y1[nr];z2[i]=z1[nr];

          printf("%9.6f%9.6f%9.6f\n",x2[i],y2[i],z2[i])

          };

        }' $1 $2 >> $2.new

回復(fù)此樓

» 收錄本帖的淘帖專輯推薦

量化軟件	VASP軟件從入門到高深

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

afan0012

wangscott

» 猜你喜歡

284求調(diào)劑已經(jīng)有10人回復(fù)
一志愿山東大學(xué)藥學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
07化學(xué)280分求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑已經(jīng)有12人回復(fù)
求材料，環(huán)境專業(yè)調(diào)劑已經(jīng)有3人回復(fù)
335求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
求調(diào)劑已經(jīng)有7人回復(fù)
一志愿吉大化學(xué)322求調(diào)劑已經(jīng)有4人回復(fù)
環(huán)境學(xué)碩288求調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)
341求調(diào)劑(一志愿湖南大學(xué)070300) 已經(jīng)有6人回復(fù)

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

VASP CI-NEB找過渡態(tài)求助已經(jīng)有4人回復(fù)
關(guān)于Vasp TST Tools的NEB計算中的SS NEB計算問題已經(jīng)有7人回復(fù)
vasp結(jié)構(gòu)優(yōu)化出現(xiàn)問題：算完一個離子步后就停止已經(jīng)有12人回復(fù)
VASP NEB 不收斂問題已經(jīng)有25人回復(fù)
vasp中做利用NEB或者 Cl-NEB做動力學(xué) 需要怎樣的計算機配置呢？已經(jīng)有14人回復(fù)
vasp 計算單分子/原子時晶胞大小的選取已經(jīng)有6人回復(fù)
用VASP計算NEB都十幾天了還不收斂，急�。。�！已經(jīng)有8人回復(fù)
vasp計算NEB時，算到第27步，自動停了，高人幫我看看怎么回事？已經(jīng)有7人回復(fù)
VASP計算neb的步驟已經(jīng)有14人回復(fù)
vasp neb 加壓，如何修改INCAR ? 已經(jīng)有12人回復(fù)
請教VASP如何在NEB計算之后做指前因子計算？已經(jīng)有7人回復(fù)
vasp計算neb忽然停掉了！如果想繼續(xù)算我應(yīng)該怎么辦吶？已經(jīng)有8人回復(fù)
畫VASP計算的原子結(jié)構(gòu)圖的一個方法（自己瞎想的，如和他人方法雷同請見諒）已經(jīng)有4人回復(fù)
vasp計算界面結(jié)構(gòu)時原子弛豫的問題已經(jīng)有12人回復(fù)
vasp計算過渡態(tài)問題已經(jīng)有13人回復(fù)
vasp用ci-neb算出來的過渡態(tài)有多個虛頻，怎么辦？已經(jīng)有15人回復(fù)
新手請教用NEB方法計算energy barrier. 已經(jīng)有15人回復(fù)
vasp用neb計算遷移勢壘已經(jīng)有11人回復(fù)
vasp NEB 如何選取原胞大小？已經(jīng)有10人回復(fù)
【求助】新手求助vasp計算氧分子結(jié)合能的問題已經(jīng)有12人回復(fù)
【求助】關(guān)于vasp NEB 已經(jīng)有8人回復(fù)
【其他】vasp neb 計算討論已經(jīng)有20人回復(fù)
【求助成功】NEB計算的一個stdout輸出怎么解讀? 已經(jīng)有6人回復(fù)
【求助成功】怎么樣提高NEB計算速度? 已經(jīng)有19人回復(fù)

1樓 2014-07-28 11:07:12

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

抖抖豆豆

7樓2016-01-24 16:22:30

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 9 個回答

dujunhui

金蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 16 (小學(xué)生)
金幣: 1769.3
帖子: 403
在線: 136.3小時
蟲號: 739582
注冊: 2009-04-03
性別: GG
專業(yè): 無機材料化學(xué)

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖

這么好的帖子，怎么沒人頂

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2014-09-15 11:10:04

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

zb3ynf

銀蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 390.9
帖子: 39
在線: 57.6小時
蟲號: 1270709
注冊: 2011-04-19
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

引用回帖:

2樓: Originally posted by dujunhui at 2014-09-15 11:10:04
這么好的帖子，怎么沒人頂

無比感謝�。。。。。。。。。。。�！

回復(fù)此樓

3樓2014-09-20 16:19:31

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

呂小強強

新蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 6498.9
紅花: 1
帖子: 866
在線: 237.7小時
蟲號: 2978560
注冊: 2014-02-19
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖

頂了不過動力學(xué)的 FFF TTT 都變沒了有影響嗎

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2015-02-07 09:22:05

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

查看全部 9 個回答

普通表情龍兔虎貓高級回復(fù) (可上傳附件)

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 材料292調(diào)劑 +4	橘頌思美人 2026-03-23	4/200	2026-03-23 23:16 by peike
[考研] 361求調(diào)劑 +3	Glack 2026-03-22	3/150	2026-03-23 22:03 by fuyu_
[考研] 一志愿武理材料工程348求調(diào)劑 +6	￣^￣゜汗 2026-03-19	9/450	2026-03-23 19:53 by pswait
[考研] 上海電力大學(xué)材料防護與新材料重點實驗室招收調(diào)劑研究生（材料、化學(xué)、電化學(xué)，環(huán)境） +3	我愛學(xué)電池 2026-03-23	3/150	2026-03-23 17:16 by AZMK
[考研] 求調(diào)劑材料學(xué)碩080500，總分289分 5+3	@taotao 2026-03-19	21/1050	2026-03-23 10:17 by 冠c哥
[考研] 070300，一志愿北航320求調(diào)劑 +3	Jerry0216 2026-03-22	5/250	2026-03-23 09:16 by 。。堂堂
[考研] 289材料與化工（085600）B區(qū)求調(diào)劑 +3	這么名字咋樣 2026-03-22	4/200	2026-03-22 17:56 by 云民大李老師
[考研] 尋找調(diào)劑 +4	倔強芒? 2026-03-21	4/200	2026-03-22 16:14 by 木托莫露露
[考研] 一志愿中南化學(xué)（0703）總分337求調(diào)劑 +9	niko- 2026-03-19	10/500	2026-03-22 16:08 by ColorlessPI
[考研] 求調(diào)劑 +5	Zhangbod 2026-03-21	7/350	2026-03-22 13:13 by Zhangbod
[考研] 285求調(diào)劑 +6	ytter 2026-03-22	6/300	2026-03-22 12:09 by 星空星月
[考研] 302求調(diào)劑 +12	呼呼呼。。。。 2026-03-17	12/600	2026-03-21 17:29 by ColorlessPI
[考研] 求調(diào)劑 +3	白QF 2026-03-21	3/150	2026-03-21 13:12 by zhukairuo
[考研] 265求調(diào)劑 +3	Jack?k?y 2026-03-17	3/150	2026-03-21 03:17 by JourneyLucky
[考研] 求調(diào)劑 +3	Ma_xt 2026-03-17	3/150	2026-03-21 02:05 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +3	晨昏線與星海 2026-03-18	3/150	2026-03-21 00:46 by JourneyLucky
[考研] 288求調(diào)劑 +16	于海海海海 2026-03-19	16/800	2026-03-20 22:28 by JourneyLucky
[考研] 求調(diào)劑 +3	@taotao 2026-03-20	3/150	2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 材料考研調(diào)劑 +3	xwt。 2026-03-19	3/150	2026-03-19 11:22 by w沐陽w
[考研] 【同濟軟件】軟件（085405）考研求調(diào)劑 +3	2026eternal 2026-03-18	3/150	2026-03-18 19:09 by 搏擊518

亭亭五月天在线观看,亭亭五月天在线观看,国产最新av一区二区,国产 高清 中文字幕,99re热久久亚洲综合精品成人,熟妇 一区二区三区,一级做a爰片性色毛片武则天,美女的骚穴视频播放,国产美女午夜免费视频

24小時熱門版塊排行榜

043114076

[交流] Vasp NEB 計算前原子排序腳本 已有6人參與

» 收錄本帖的淘帖專輯推薦

» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）

» 猜你喜歡

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:

抖抖豆豆

dujunhui

zb3ynf

呂小強強

亭亭五月天在线观看,亭亭五月天在线观看,国产最新av一区二区,国产高清中文字幕,99re热久久亚洲综合精品成人,熟妇一区二区三区,一级做a爰片性色毛片武则天,美女的骚穴视频播放,国产美女午夜免费视频

[交流] Vasp NEB 計算前原子排序腳本已有6人參與

» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助: