xiaowandouer

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 12 (小學(xué)生)
金幣: 2019.8
散金: 90
紅花: 2
帖子: 945
在線: 246.5小時
蟲號: 446338
注冊: 2007-10-29
專業(yè): 理論和計算化學(xué)

[求助] 新老版本gcc共存，如何設(shè)置讓GROMACS調(diào)用新版gcc？已有3人參與

安裝gromacs后，做了個能量最小化的例子測試軟件是否安裝成功。翻看能量最小化的log文件，發(fā)現(xiàn)初始部分關(guān)于編譯器的信息還是老版本的，在.bashrc中已經(jīng)給出了新版gcc bin和lib的路徑呀，為什么不能用呢？

備注：老版gcc是服務(wù)器管理員安裝的，我沒root權(quán)限，網(wǎng)上給的部分方法需要root權(quán)限。有沒有不需要root就可以解決的方法？

回復(fù)此樓

» 猜你喜歡

322求調(diào)劑已經(jīng)有10人回復(fù)
一志愿鄭大材料工程290求調(diào)劑已經(jīng)有9人回復(fù)
26考研-291分-廈門大學(xué)（085601）-柔性電子學(xué)院材料工程專業(yè)求調(diào)劑已經(jīng)有6人回復(fù)
考研調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)
287求調(diào)劑已經(jīng)有14人回復(fù)
材料學(xué)碩333求調(diào)劑已經(jīng)有13人回復(fù)
279求調(diào)劑已經(jīng)有9人回復(fù)
化工專碩求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)
求調(diào)劑已經(jīng)有10人回復(fù)
0703化學(xué)求調(diào)劑已經(jīng)有8人回復(fù)

1樓 2014-07-29 11:57:16

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

magicmonk

至尊木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 172 (高中生)
金幣: 11451.3
紅花: 24
帖子: 1124
在線: 3108.8小時
蟲號: 1191315
注冊: 2011-01-17
專業(yè): 理論和計算化學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xiaowandouer(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-07-30 16:51:32

設(shè)置一下環(huán)境變量

贊一下

回復(fù)此樓

我們最深的恐懼不是我們能力不夠，我們最深的恐懼是能力超越了極限。

2樓2014-07-29 14:36:37

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

xiaowandouer

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 12 (小學(xué)生)
金幣: 2019.8
散金: 90
紅花: 2
帖子: 945
在線: 246.5小時
蟲號: 446338
注冊: 2007-10-29
專業(yè): 理論和計算化學(xué)

引用回帖:

2樓: Originally posted by magicmonk at 2014-07-29 14:36:37
設(shè)置一下環(huán)境變量

親，能說的詳細(xì)點么？我在.bashrc中已經(jīng)給出了新版gcc bin和lib的路徑了呀，
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:安裝路徑/gcc4/lib：
export PATH=安裝路徑/gcc4/bin:${PATH}
是不是這么設(shè)置不對？

贊一下

回復(fù)此樓

3樓2014-07-29 17:02:46

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

老曼7

鐵桿木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 6 (幼兒園)
金幣: 5876.9
散金: 227
紅花: 4
帖子: 506
在線: 109.5小時
蟲號: 1941783
注冊: 2012-08-16
性別: GG
專業(yè): 藥物設(shè)計與藥物信息

【答案】應(yīng)助回帖

★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xiaowandouer(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-07-30 16:51:37

Gromacs是你自己裝的還是管理員裝的？如果Gromacs不是你自己裝的，那他運行時調(diào)用的可能就是全局的環(huán)境變量而不是用戶自己的環(huán)境變量，建議你可以在自己的目錄嘗試編譯安裝一個并行版的，實驗室的一個師姐就是這樣子折騰的。

[ 發(fā)自小木蟲客戶端 ]

贊一下

回復(fù)此樓

4樓2014-07-30 07:12:10

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

老曼7

鐵桿木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 6 (幼兒園)
金幣: 5876.9
散金: 227
紅花: 4
帖子: 506
在線: 109.5小時
蟲號: 1941783
注冊: 2012-08-16
性別: GG
專業(yè): 藥物設(shè)計與藥物信息

引用回帖:

4樓: Originally posted by 老曼7 at 2014-07-30 07:12:10
Gromacs是你自己裝的還是管理員裝的？如果Gromacs不是你自己裝的，那他運行時調(diào)用的可能就是全局的環(huán)境變量而不是用戶自己的環(huán)境變量，建議你可以在自己的目錄嘗試編譯安裝一個并行版的，實驗室的一個師姐就是這樣子 ...

我錯了，沒看清楚你帖子的第一句話…😓😓-_-||

[ 發(fā)自小木蟲客戶端 ]

贊一下

回復(fù)此樓

5樓2014-07-30 07:13:50

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

abdoman

木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 56 (初中生)
金幣: 5369.5
散金: 918
紅花: 3
沙發(fā): 1
帖子: 1321
在線: 451.5小時
蟲號: 301521
注冊: 2006-12-01
性別: GG
專業(yè): 理論和計算化學(xué)

【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xiaowandouer(月只藍(lán)代發(fā)): 金幣+2, 鼓勵交流！ 2014-07-30 16:51:43
xiaowandouer: 金幣+16, ★★★很有幫助, 謝謝你的幫助，不過現(xiàn)在問題還木有完全解決，指定gcc的路徑后，又出現(xiàn)編譯器新老版本的問題，一個一個解決吧！ 2014-08-06 09:41:59

引用回帖:

3樓: Originally posted by xiaowandouer at 2014-07-29 17:02:46
親，能說的詳細(xì)點么？我在.bashrc中已經(jīng)給出了新版gcc bin和lib的路徑了呀，
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:安裝路徑/gcc4/lib：
export PATH=安裝路徑/gcc4/bin:${PATH}
是不是這么設(shè)置不對？...

你這個寫錯了哦，解析的順序不對！
export LD_LIBRARY_PATH=安裝路徑/gcc4/lib：$LD_LIBRARY_PATH

先解析到你自己安裝的。 PATH應(yīng)該還好。不放心的話，你gcc 編譯時加-v 好像是顯示版本號，看看就知道了。

贊一下

回復(fù)此樓

Youcompleteme.

6樓2014-07-30 08:50:55

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

xiaowandouer

木蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 12 (小學(xué)生)
金幣: 2019.8
散金: 90
紅花: 2
帖子: 945
在線: 246.5小時
蟲號: 446338
注冊: 2007-10-29
專業(yè): 理論和計算化學(xué)

引用回帖:

6樓: Originally posted by abdoman at 2014-07-30 08:50:55
你這個寫錯了哦，解析的順序不對！
export LD_LIBRARY_PATH=安裝路徑/gcc4/lib：$LD_LIBRARY_PATH

先解析到你自己安裝的。 PATH應(yīng)該還好。不放心的話，你gcc 編譯時加-v 好像是顯示版本號，看看就知道了。...

謝謝您的回復(fù)！
重新調(diào)整解析順序，還是老樣子。
如果重裝gromacs，通過-DCMAKE_CXX_COMPILER和-DCMAKE_C_COMPILER指定gcc的版本是不是也可以？如果可以的話這樣寫對嗎？
-DCMAKE_CXX_COMPILER=gcc安裝路徑/bin/g++
-DCMAKE_C_COMPILER=gcc安裝路徑/bin/gcc

另附gcc安裝路徑/bin/下的所有文件：
aot-compile gcov          jcf-dump
c++          gij          jv-convert
cpp          gjar          rebuild-gcj-db
g++          gjarsigner    x86_64-unknown-linux-gnu-c++
gappletviewer  gjavah       x86_64-unknown-linux-gnu-g++
gc-analyze    gkeytool    x86_64-unknown-linux-gnu-gcc
gcc          gnative2ascii  x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-4.8.3
gcc-ar       gorbd       x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-ar
gcc-nm       grmic       x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-nm
gcc-ranlib    grmid       x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-ranlib
gcj          grmiregistry x86_64-unknown-linux-gnu-gcj
gcj-dbtool    gserialver
gcjh          gtnameserv

贊一下

回復(fù)此樓

7樓2014-07-31 17:06:39

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

abdoman

木蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 56 (初中生)
金幣: 5369.5
散金: 918
紅花: 3
沙發(fā): 1
帖子: 1321
在線: 451.5小時
蟲號: 301521
注冊: 2006-12-01
性別: GG
專業(yè): 理論和計算化學(xué)

引用回帖:

7樓: Originally posted by xiaowandouer at 2014-07-31 17:06:39
謝謝您的回復(fù)！
重新調(diào)整解析順序，還是老樣子。
如果重裝gromacs，通過-DCMAKE_CXX_COMPILER和-DCMAKE_C_COMPILER指定gcc的版本是不是也可以？如果可以的話這樣寫對嗎？
-DCMAKE_CXX_COMPILER=gcc安裝路徑/bin ...

制定路徑可以。

回復(fù)此樓

Youcompleteme.

8樓2014-08-03 15:11:51

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]	作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工（085600）296求調(diào)劑 +23	稻妻小編 2026-03-26	23/1150	2026-03-30 17:49 by oooqiao
[考研] 291求調(diào)劑 +8	HanBeiNingZC 2026-03-24	8/400	2026-03-30 17:01 by 無際的草原
[考研] 化學(xué)0703 調(diào)劑 306分一志愿211 +8	26要上岸 2026-03-28	8/400	2026-03-30 16:39 by herarysara
[考研] 303求調(diào)劑 +4	DLkz1314. 2026-03-30	4/200	2026-03-30 16:18 by JourneyLucky
[考研] 070300一志愿211，312分求調(diào)劑院校 +4	小黃鴨寶 2026-03-30	4/200	2026-03-30 11:49 by 棒棒球手
[考研] 南京大學(xué)化學(xué)調(diào)劑 +10	景隨風(fēng) 2026-03-29	15/750	2026-03-30 11:21 by limeifeng
[考研] 311求調(diào)劑 +10	lin0039 2026-03-26	10/500	2026-03-30 10:26 by herarysara
[考研] 總分293求調(diào)劑 +8	加一一九 2026-03-25	11/550	2026-03-29 19:53 by 無際的草原
[考研] 一志愿：西北大學(xué)，英一數(shù)一408-284分求調(diào)劑 +4	12.27 2026-03-27	4/200	2026-03-29 14:40 by zhshch
[考研] 11408軟件工程求調(diào)劑 +3	Qiu學(xué)ing 2026-03-28	3/150	2026-03-28 21:50 by zhq0425
[考研] 316求調(diào)劑 +7	江辭666 2026-03-26	7/350	2026-03-28 21:28 by sanrepian
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩，一志愿湖南大學(xué)，初試成績338 +6	YYYYYNNNNN 2026-03-26	7/350	2026-03-28 20:52 by 唐沐兒
[考研] 071000生物學(xué)求調(diào)劑，初試成績343 +7	小小甜面團(tuán) 2026-03-25	7/350	2026-03-28 20:25 by 唐沐兒
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +3	raojunqi0129 2026-03-28	3/150	2026-03-28 15:27 by 落�？伤�
[考研] 求調(diào)劑 +6	蘆lty 2026-03-25	7/350	2026-03-28 13:13 by 唐沐兒
[考研] 283求調(diào)劑 +7	A child 2026-03-28	7/350	2026-03-28 12:05 by zllcz
[考研] 274求調(diào)劑 +17	顧九笙要謙虛 2026-03-24	23/1150	2026-03-27 15:16 by caszguilin
[考研] 08開頭275求調(diào)劑 +4	拉誰不重要 2026-03-26	4/200	2026-03-27 14:12 by Delta2012
[考研] 085601求調(diào)劑總分293英一數(shù)二 +4	鋼鐵大炮 2026-03-24	4/200	2026-03-26 16:28 by dick_runner
[考研] 277分求調(diào)劑，跨調(diào)材料 +3	考研調(diào)劑lxh 2026-03-24	3/150	2026-03-24 13:52 by JourneyLucky