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xiaowandouer

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[求助] 新老版本gcc共存，如何設(shè)置讓GROMACS調(diào)用新版gcc？已有3人參與

安裝gromacs后，做了個能量最小化的例子測試軟件是否安裝成功。翻看能量最小化的log文件，發(fā)現(xiàn)初始部分關(guān)于編譯器的信息還是老版本的，在.bashrc中已經(jīng)給出了新版gcc bin和lib的路徑呀，為什么不能用呢？

備注：老版gcc是服務(wù)器管理員安裝的，我沒root權(quán)限，網(wǎng)上給的部分方法需要root權(quán)限。有沒有不需要root就可以解決的方法？

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1樓 2014-07-29 11:57:16

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magicmonk

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xiaowandouer(月只藍代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-07-30 16:51:32

設(shè)置一下環(huán)境變量

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我們最深的恐懼不是我們能力不夠，我們最深的恐懼是能力超越了極限。

2樓2014-07-29 14:36:37

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xiaowandouer

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引用回帖:

2樓: Originally posted by magicmonk at 2014-07-29 14:36:37
設(shè)置一下環(huán)境變量

親，能說的詳細點么？我在.bashrc中已經(jīng)給出了新版gcc bin和lib的路徑了呀，
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:安裝路徑/gcc4/lib：
export PATH=安裝路徑/gcc4/bin:${PATH}
是不是這么設(shè)置不對？

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3樓2014-07-29 17:02:46

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老曼7

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xiaowandouer(月只藍代發(fā)): 金幣+1, 鼓勵交流！ 2014-07-30 16:51:37

Gromacs是你自己裝的還是管理員裝的？如果Gromacs不是你自己裝的，那他運行時調(diào)用的可能就是全局的環(huán)境變量而不是用戶自己的環(huán)境變量，建議你可以在自己的目錄嘗試編譯安裝一個并行版的，實驗室的一個師姐就是這樣子折騰的。

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4樓2014-07-30 07:12:10

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老曼7

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4樓: Originally posted by 老曼7 at 2014-07-30 07:12:10
Gromacs是你自己裝的還是管理員裝的？如果Gromacs不是你自己裝的，那他運行時調(diào)用的可能就是全局的環(huán)境變量而不是用戶自己的環(huán)境變量，建議你可以在自己的目錄嘗試編譯安裝一個并行版的，實驗室的一個師姐就是這樣子 ...

我錯了，沒看清楚你帖子的第一句話…😓😓-_-||

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5樓2014-07-30 07:13:50

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abdoman

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xiaowandouer: 金幣+16, ★★★很有幫助, 謝謝你的幫助，不過現(xiàn)在問題還木有完全解決，指定gcc的路徑后，又出現(xiàn)編譯器新老版本的問題，一個一個解決吧！ 2014-08-06 09:41:59

引用回帖:

3樓: Originally posted by xiaowandouer at 2014-07-29 17:02:46
親，能說的詳細點么？我在.bashrc中已經(jīng)給出了新版gcc bin和lib的路徑了呀，
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:安裝路徑/gcc4/lib：
export PATH=安裝路徑/gcc4/bin:${PATH}
是不是這么設(shè)置不對？...

你這個寫錯了哦，解析的順序不對！
export LD_LIBRARY_PATH=安裝路徑/gcc4/lib：$LD_LIBRARY_PATH

先解析到你自己安裝的。 PATH應(yīng)該還好。不放心的話，你gcc 編譯時加-v 好像是顯示版本號，看看就知道了。

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Youcompleteme.

6樓2014-07-30 08:50:55

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6樓: Originally posted by abdoman at 2014-07-30 08:50:55
你這個寫錯了哦，解析的順序不對！
export LD_LIBRARY_PATH=安裝路徑/gcc4/lib：$LD_LIBRARY_PATH

先解析到你自己安裝的。 PATH應(yīng)該還好。不放心的話，你gcc 編譯時加-v 好像是顯示版本號，看看就知道了。...

謝謝您的回復！
重新調(diào)整解析順序，還是老樣子。
如果重裝gromacs，通過-DCMAKE_CXX_COMPILER和-DCMAKE_C_COMPILER指定gcc的版本是不是也可以？如果可以的話這樣寫對嗎？
-DCMAKE_CXX_COMPILER=gcc安裝路徑/bin/g++
-DCMAKE_C_COMPILER=gcc安裝路徑/bin/gcc

另附gcc安裝路徑/bin/下的所有文件：
aot-compile gcov          jcf-dump
c++          gij          jv-convert
cpp          gjar          rebuild-gcj-db
g++          gjarsigner    x86_64-unknown-linux-gnu-c++
gappletviewer  gjavah       x86_64-unknown-linux-gnu-g++
gc-analyze    gkeytool    x86_64-unknown-linux-gnu-gcc
gcc          gnative2ascii  x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-4.8.3
gcc-ar       gorbd       x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-ar
gcc-nm       grmic       x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-nm
gcc-ranlib    grmid       x86_64-unknown-linux-gnu-gcc-ranlib
gcj          grmiregistry x86_64-unknown-linux-gnu-gcj
gcj-dbtool    gserialver
gcjh          gtnameserv

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7樓2014-07-31 17:06:39

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abdoman

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7樓: Originally posted by xiaowandouer at 2014-07-31 17:06:39
謝謝您的回復！
重新調(diào)整解析順序，還是老樣子。
如果重裝gromacs，通過-DCMAKE_CXX_COMPILER和-DCMAKE_C_COMPILER指定gcc的版本是不是也可以？如果可以的話這樣寫對嗎？
-DCMAKE_CXX_COMPILER=gcc安裝路徑/bin ...

制定路徑可以。

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Youcompleteme.

8樓2014-08-03 15:11:51

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