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oscar5667新蟲 (著名寫手)
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[求助]
求助一下如何超算中心提交vasp任務(wù) 已有4人參與
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最近在中科院超算中心提交 vasp任務(wù)，由于剛接觸vasp不久，出現(xiàn)很多問題。 首先當我把INCAR，POSCAR，POTCAR，KPOINTS四個文件放到目錄下后，輸入超算中心給的命令： bsub -W 5 -n 1 -q x64_3950dbg -o %J.out -e %J.err mpijob.openmpi_byslot /home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP-5.2/vasp，計算沒有問題。 然后我想測試一下Si的截斷能，我編輯了提交文件ecut.sh如下： #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Diamond Si ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV"; mpijob.openmpi_byslot /home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP-5.2/vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5}'` echo $i $E >>comment done 運行用 sh eut.sh 然后出來這么一些錯誤提示： rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory ENCUT = 150 eV -------------------------------------------------------------------------- There are no allocated resources for the application /home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP-5.2/vasp that match the requested mapping: /home_soft/home/clxue/.openmpi/hosts. Verify that you have mapped the allocated resources properly using the --host or --hostfile specification. -------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------- A daemon (pid unknown) died unexpectedly on signal 1 while attempting to launch so we are aborting. There may be more information reported by the environment (see above). This may be because the daemon was unable to find all the needed shared libraries on the remote node. You may set your LD_LIBRARY_PATH to have the location of the shared libraries on the remote nodes and this will automatically be forwarded to the remote nodes. -------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------- mpirun.openmpi noticed that the job aborted, but has no info as to the process that caused that situation. -------------------------------------------------------------------------- mpirun.openmpi: clean termination accomplished 第一句話說沒有WAVECAR文件，無法刪除，我覺得也對，畢竟開始計算還沒有生成WAVECAR 文件��？但侯老師的范例都是這么寫的,不知道這個怎么回事？ 后面應(yīng)該說vasp路徑不對吧，我懷疑是不是echo "ENCUT = $i eV"; mpijob.openmpi_byslot /home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP-5.2/vasp 有問題�。� 然后還有一個問題就是腳本文件中以下這些#BUSB命令行是不是要加上呢 #!/bin/sh #BUSB -W 5 #BUSB -a mpijob.openmpi_byslot #BUSB -q x64_3950dbg #BUSB -n 2 #BUSB -R "span[ptile=12]" #BUSB -o out #BUSB -e err rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! System = diamond Si ENCUT = $i ISTART = 0 ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT= $ i eV" ; mpijob.openmpi_byslot/home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP-5.2/vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'` echo $i $E >> comment done 但運行之后還是不對。 由于剛接觸vasp，也沒有學(xué)過腳本，希望高手幫忙看看我的腳本錯在哪里，具體應(yīng)該怎么寫，這兩天光折騰這個東西了，呵呵！ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
oscar5667: 金幣+2, 恩，我再試試看。。。 2014-08-02 13:14:10
liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2014-08-05 06:24:24
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本人不才 學(xué)的也不多 希望其他人也一同探討 1 rm wavecar 這個就不要了吧 老師給的范例作為參考 不應(yīng)該拘泥 既然我們沒有wavecar 那就把這句話注釋掉吧 2 你的腳本第一行說了是bash 你要用echo $SHELL 看看你是不是也是bash 要是tcsh或者其他的 你需要先轉(zhuǎn)換一下 3 用which vasp看路徑 看看真正的vasp在哪里 你的module是否成功加載了 要是沒加載 你調(diào)用也不好使 4 $BSUB 那幾行都要加上 5 你說了目錄里有incar 你的腳本里又cat incar 貌似有點重復(fù)啊 要不就用腳本里的 要不就把腳本里的刪掉 |
2樓2014-08-02 00:48:35
oscar5667
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我又試了一下 1、rm wavecar 放那其實也沒事，沒有也能運行 2、用echo $SHELL看了一下，確實是bash 3、vasp的路徑是超算中心給的 bsub -W 5 -n 1 -q x64_3950dbg -o %J.out -e %J.err mpijob.openmpi_byslot /home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP-5.2/vasp 給了這一句中路徑應(yīng)該就是/home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP-5.2/vasp，但不明白mpijob.openmpi_byslot 是啥意思。其中 -W 5 -n 1 -q x64_3950dbg -o %J.out -e %J.err 我覺得應(yīng)該是寫腳本的時候這么寫吧： #BUSB -W 5 #BUSB -q x64_3950dbg #BUSB -n 2 #BUSB -o out #BUSB -e err 但我把腳本寫成這樣的時候 #BUSB -W 5 #BUSB -q x64_3950dbg #BUSB -n 2 #BUSB -o out #BUSB -e err rm WAVECAR for i in 150 do cat > INCAR <<! System = diamond Si ENCUT = $i ISTART = 0 ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT= $ i eV" ; mpijob.openmpi_byslot /home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP-5.2/vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'` echo $i $E >> comment done 運行之后它提出三個錯誤 1、找不到wavecar 2、/home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP-5.2/vasp: error while loading shared libraries: libmpi_f90.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory 3、grep: OUTCAR: No such file or directory這句話說明vasp沒有成功運行，還沒有生成outcar文件 |
3樓2014-08-02 15:12:39
oscar5667
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剛才突然想起把單次運行的成功的命令直接放到循環(huán)里去： rm WAVECAR for i in 400 450 500 550 600 650 700 750 800 do cat > INCAR << ! SYSTEM=job_name ENCUT=$i ISTART=0; ICHARG=2 ISMEAR=-5 GGA=91 VOSKOWN=1 PREC=High ! echo "ENCUT= $i eV"; time bsub -W 5 -n 1 -q x64_3950dbg -o %J.out -e %J.err mpijob.openmpi_byslot /home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP-5.2/vasp E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'` echo $i $E >> comment done 提交之后發(fā)現(xiàn)可以向服務(wù)器連續(xù)提交9個不同截斷能的任務(wù)，但問題是每個任務(wù)提交完之后outcar還沒有那么快生成，grep命令就報錯說找不到outcar，所以最終還是不能得到正確的comment。 |
4樓2014-08-02 15:52:46
KalaShayminS
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liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2014-08-05 06:24:33
oscar5667: 金幣+1, ★★★很有幫助 2014-08-05 20:14:05
liliangfang: 金幣+1, 謝謝交流 2014-08-05 06:24:33
oscar5667: 金幣+1, ★★★很有幫助 2014-08-05 20:14:05
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---------------------------------- 運行之后它提出三個錯誤 1、找不到wavecar 2、/home_soft/soft/x86_64/apps/CompChem/VASP-5.2/vasp: error while loading shared libraries: libmpi_f90.so.0: cannot open shared object file: No such file or directory 3、grep: OUTCAR: No such file or directory這句話說明vasp沒有成功運行，還沒有生成outcar文件 ------------------------------------ 我覺得你寫的bsub腳本有問題。確定前面定義變量用的是BUSB？運行命令寫的是/這個請問問管理員確認。 錯誤1沒有問題，是為了保險放著的 錯誤2是bsub變量有問題 錯誤3是錯誤2的后果 BSUB的變量寫對以后應(yīng)該就沒問題了。 |
5樓2014-08-04 22:20:07
mingtao
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6樓2014-08-05 08:18:30
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7樓2014-08-05 16:07:28
oscar5667
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8樓2014-08-05 20:13:53
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9樓2014-08-05 20:14:33
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