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xzhfood榮譽(yù)版主 (著名寫手)
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[交流]
計算勢能面3D圖的討論
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看到一篇論文，覺得確定化合物絕對構(gòu)型思路不錯，就想計算一下文章中的勢能面圖，化合物結(jié)構(gòu)與勢能面圖如圖所示。 文章見附件，這篇文章曾經(jīng)是論壇中推薦的一篇論文，影響因子5以上： http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2037219&fpage=1&target=blank 勢能面計算采用AM1水平 The potential energy surface of compound 1 was scanned at the AM1 level by rotating about the C-8-C-7 and C-7-C-1 bonds, resulting in eight minimum energy points (Fig. 3). 我按照這個思路，算法是： %mem=1500MB %nprocshared=2 %chk=C:\Users\xzhfood\Desktop\SHINeng\compound.Conf.M0001-scan.chk # opt=modredundant am1 geom=connectivity 坐標(biāo)設(shè)置按照 C-8-C-7 和 C-7-C-1及二者的夾角 剛開始設(shè)置： B 8 7 S 100 0.05000 （ 鍵長，C-8-C-7） B 7 5 S 100 0.05000 （鍵長， C-7-C-1） A 8 7 5 S 100 0.05000 （鍵角， C-7-C-1） 計算一開始出錯： GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad Berny optimization. Using GEDIIS/GDIIS optimizer. NTrRot= -1 NTRed= 235 NAtoms= 41 NSkip= 118 IsLin=F Error in internal coordinate system. Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe at Sat Aug 02 17:21:31 2014. Job cpu time: 0 days 0 hours 13 minutes 55.0 seconds. File lengths (MBytes): RWF= 113 Int= 0 D2E= 0 Chk= 105 Scr= 1 變換坐標(biāo)后： B 8 7 S 40 1.000 （ 鍵長，C-8-C-7） B 7 5 S 40 1.000 （鍵長， C-7-C-1） A 8 7 5 S 40 1.000 （鍵角， C-7-C-1） 高斯計算2小時后，又出現(xiàn)相同的錯誤 最后再變換坐標(biāo)： B 8 7 S 5 1.0000 B 7 5 S 5 1.0000 A 8 7 5 S 5 1.0000 計算幾分種后，又出錯。 現(xiàn)在不知道如何設(shè)置了，請各位高手指點一下，多謝。 完整的輸入文件： %mem=1500MB %nprocshared=2 %chk=C:\Users\xzhfood\Desktop\SHINeng\compound.Conf.M0001-scan.chk # opt=modredundant am1 geom=connectivity M0001 0 1 C 1.30809652 -0.10155412 -1.59795358 C 0.46488955 -1.13359132 -2.30423701 C -0.75973305 -0.32554395 -2.71648227 C -0.91792950 0.68815622 -1.57608994 C 0.52618255 1.15640147 -1.23510403 O 2.49900702 -0.27607303 -1.36180499 C 0.65557829 1.59857018 0.25963276 C 0.25984831 0.52915068 1.27788930 C -0.97208647 0.62837022 1.94435317 C -1.37163744 -0.34422680 2.86566457 C -0.54803968 -1.43928669 3.14705413 C 0.68466790 -1.52869796 2.49774451 C 1.09134670 -0.55951202 1.57877042 O 1.49824040 -2.59130734 2.77689589 C -0.97544770 -2.48046881 4.13935119 C 2.02227520 2.20032811 0.63376373 C 0.99503296 2.27370851 -2.18955858 O -1.74244568 1.77439734 -1.97287445 C -1.99007969 -1.20109198 -2.91628176 H 0.99118228 -1.53839175 -3.17213966 H 0.22155241 -1.93157414 -1.59600296 H -0.56616231 0.20021376 -3.66049352 H -1.40096498 0.19741334 -0.72608194 H -0.05469351 2.42943139 0.38891428 H -1.63779076 1.46739165 1.74899207 H -2.33237204 -0.23769672 3.36442172 H 2.06274061 -0.65015026 1.10022233 H 2.32275574 -2.49008845 2.27248578 H -1.98541542 -2.28560594 4.51523521 H -0.98276834 -3.47087151 3.67271003 H -0.29475806 -2.48809835 4.99668795 H 2.04931338 2.47194976 1.69587529 H 2.22073248 3.11676922 0.06931922 H 2.84950173 1.50833736 0.45199681 H 0.49341030 3.22203931 -1.96870828 H 2.07630623 2.43580348 -2.11827099 H 0.79540133 2.02694117 -3.23817342 H -2.63823679 1.42936686 -2.13293197 H -2.85377490 -0.59966488 -3.21678173 H -1.80916159 -1.94447000 -3.69970222 H -2.25456400 -1.73677404 -1.99830705 1 2 1.0 5 1.0 6 2.0 2 3 1.0 20 1.0 21 1.0 3 4 1.0 19 1.0 22 1.0 4 5 1.0 18 1.0 23 1.0 5 7 1.0 17 1.0 6 7 8 1.0 16 1.0 24 1.0 8 9 1.0 13 2.0 9 10 2.0 25 1.0 10 11 1.0 26 1.0 11 12 2.0 15 1.0 12 13 1.0 14 1.0 13 27 1.0 14 28 1.0 15 29 1.0 30 1.0 31 1.0 16 32 1.0 33 1.0 34 1.0 17 35 1.0 36 1.0 37 1.0 18 38 1.0 19 39 1.0 40 1.0 41 1.0 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40 41 B 8 7 S 5 1.0000 B 7 5 S 5 1.0000 A 8 7 5 S 5 1.0000 1.JPG 2.JPG |
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2014-08-02 20:13:50, 734.86 K
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