xzhfood

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[交流] 計算勢能面3D圖的討論

看到一篇論文，覺得確定化合物絕對構(gòu)型思路不錯，就想計算一下文章中的勢能面圖，化合物結(jié)構(gòu)與勢能面圖如圖所示。
文章見附件，這篇文章曾經(jīng)是論壇中推薦的一篇論文，影響因子5以上：

http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=2037219&fpage=1&target=blank

勢能面計算采用AM1水平
The potential energy surface of compound 1 was scanned at the AM1 level by rotating about the C-8-C-7 and C-7-C-1 bonds, resulting in eight minimum energy points (Fig. 3).

我按照這個思路，算法是：

%mem=1500MB
%nprocshared=2
%chk=C:\Users\xzhfood\Desktop\SHINeng\compound.Conf.M0001-scan.chk
# opt=modredundant am1 geom=connectivity

坐標設(shè)置按照 C-8-C-7 和 C-7-C-1及二者的夾角
剛開始設(shè)置：
B 8 7 S 100 0.05000 （鍵長，C-8-C-7）
B 7 5 S 100 0.05000  （鍵長， C-7-C-1）
A 8 7 5 S 100 0.05000  （鍵角， C-7-C-1）
計算一開始出錯：
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
NTrRot= -1 NTRed= 235 NAtoms= 41 NSkip= 118 IsLin=F
Error in internal coordinate system.
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l103.exe at Sat Aug 02 17:21:31 2014.
Job cpu time:  0 days  0 hours 13 minutes 55.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 113 Int=    0 D2E=    0 Chk= 105 Scr=    1

變換坐標后：

B 8 7 S 40 1.000 （鍵長，C-8-C-7）
B 7 5 S 40 1.000  （鍵長， C-7-C-1）
A 8 7 5 S 40 1.000  （鍵角， C-7-C-1）

高斯計算2小時后，又出現(xiàn)相同的錯誤

最后再變換坐標：
B 8 7 S 5 1.0000
B 7 5 S 5 1.0000
A 8 7 5 S 5 1.0000

計算幾分種后，又出錯。

現(xiàn)在不知道如何設(shè)置了，請各位高手指點一下，多謝。

完整的輸入文件：

%mem=1500MB
%nprocshared=2
%chk=C:\Users\xzhfood\Desktop\SHINeng\compound.Conf.M0001-scan.chk
# opt=modredundant am1 geom=connectivity

M0001

0 1
C                1.30809652 -0.10155412 -1.59795358
C                0.46488955 -1.13359132 -2.30423701
C                -0.75973305 -0.32554395 -2.71648227
C                -0.91792950 0.68815622 -1.57608994
C                0.52618255 1.15640147 -1.23510403
O                2.49900702 -0.27607303 -1.36180499
C                0.65557829 1.59857018 0.25963276
C                0.25984831 0.52915068 1.27788930
C                -0.97208647 0.62837022 1.94435317
C                -1.37163744 -0.34422680 2.86566457
C                -0.54803968 -1.43928669 3.14705413
C                0.68466790 -1.52869796 2.49774451
C                1.09134670 -0.55951202 1.57877042
O                1.49824040 -2.59130734 2.77689589
C                -0.97544770 -2.48046881 4.13935119
C                2.02227520 2.20032811 0.63376373
C                0.99503296 2.27370851 -2.18955858
O                -1.74244568 1.77439734 -1.97287445
C                -1.99007969 -1.20109198 -2.91628176
H                0.99118228 -1.53839175 -3.17213966
H                0.22155241 -1.93157414 -1.59600296
H                -0.56616231 0.20021376 -3.66049352
H                -1.40096498 0.19741334 -0.72608194
H                -0.05469351 2.42943139 0.38891428
H                -1.63779076 1.46739165 1.74899207
H                -2.33237204 -0.23769672 3.36442172
H                2.06274061 -0.65015026 1.10022233
H                2.32275574 -2.49008845 2.27248578
H                -1.98541542 -2.28560594 4.51523521
H                -0.98276834 -3.47087151 3.67271003
H                -0.29475806 -2.48809835 4.99668795
H                2.04931338 2.47194976 1.69587529
H                2.22073248 3.11676922 0.06931922
H                2.84950173 1.50833736 0.45199681
H                0.49341030 3.22203931 -1.96870828
H                2.07630623 2.43580348 -2.11827099
H                0.79540133 2.02694117 -3.23817342
H                -2.63823679 1.42936686 -2.13293197
H                -2.85377490 -0.59966488 -3.21678173
H                -1.80916159 -1.94447000 -3.69970222
H                -2.25456400 -1.73677404 -1.99830705

1 2 1.0 5 1.0 6 2.0
2 3 1.0 20 1.0 21 1.0
3 4 1.0 19 1.0 22 1.0
4 5 1.0 18 1.0 23 1.0
5 7 1.0 17 1.0
6
7 8 1.0 16 1.0 24 1.0
8 9 1.0 13 2.0
9 10 2.0 25 1.0
10 11 1.0 26 1.0
11 12 2.0 15 1.0
12 13 1.0 14 1.0
13 27 1.0
14 28 1.0
15 29 1.0 30 1.0 31 1.0
16 32 1.0 33 1.0 34 1.0
17 35 1.0 36 1.0 37 1.0
18 38 1.0
19 39 1.0 40 1.0 41 1.0
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41

B 8 7 S 5 1.0000
B 7 5 S 5 1.0000
A 8 7 5 S 5 1.0000

1.JPG

2.JPG

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附件 1 : Cycloabiesesquine_A,_a_unique_sesquiterpenoid_from_Abies_delavay.pdf

2014-08-02 20:13:50, 734.86 K

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1樓 2014-08-02 20:12:46

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B 8 7 S 5 1.0000
B 7 5 S 5 1.0000
A 8 7 5 S 5 1.0000

B:Bond 表示鍵長，8 7 表示坐標， A ：Angle 表示鍵角；

我后來改成計算二面角，就得到三維圖了，打開log文件可以通過Results-scan看到3D圖，但是results--surfaces/contours顯示為灰色，不知道如何激活。

計算坐標設(shè)置：
D 5 4 10 11 S 9 30.000
D 4 10 11 17 S 9 30.000

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5樓2014-08-22 11:40:46

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3D 圖已經(jīng)算出來了，如何得到等高線圖呢？如何從等高線圖等到穩(wěn)定構(gòu)象呢？

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2樓2014-08-20 21:40:00

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3D 圖已經(jīng)算出來了，如何得到等高線圖呢？如何從等高線圖等到穩(wěn)定構(gòu)象呢？

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3樓2014-08-20 21:40:26

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戴世杰

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★ ★ ★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個紅包，謝謝回帖
gmy1990: 金幣+2 2014-08-22 04:10:49

引用回帖:

3樓: Originally posted by xzhfood at 2014-08-20 21:40:26
3D 圖已經(jīng)算出來了，如何得到等高線圖呢？如何從等高線圖等到穩(wěn)定構(gòu)象呢？

樓主，你用的是笛恰爾坐標，我實在沒看懂分子說明后面的變量B和A的意思。只要把坐標和能量的數(shù)據(jù)導出去，就可以用專門的軟件做登高線圖，比如matlab

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4樓2014-08-21 22:10:35

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