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園園補(bǔ)補(bǔ)鐵蟲 (小有名氣)
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[求助]
轉(zhuǎn)錄組測序后，與NCBI上提供的參考基因組mapping率極低的問題 已有6人參與
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剛剛接觸生物信息學(xué)就遇到了一個(gè)問題，請各位幫忙解答，不勝感激。 在確定用的菌種無誤的情況下，將新鮮菌體液氮處理后干冰送樣至公司，之后所有的工作都是公司專業(yè)人員操作，但是最近幾天卻被告知測出來的基因組與NCBI上提供的參考基因組mapping率極低，根本無法理解，找不到原因也沒辦法讓公司重測，就這樣一直耗著，請高手幫忙解答一下 |
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cai3110274
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2樓2014-08-05 19:03:42
growlywolf
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3樓2014-08-07 19:52:01
園園補(bǔ)補(bǔ)
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4樓2014-08-08 07:03:03
growlywolf
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liyf_1987
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【答案】應(yīng)助回帖
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園園補(bǔ)補(bǔ)(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-08-10 10:50:55
園園補(bǔ)補(bǔ)(西門吹雪170代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)回帖交流 2014-08-10 10:50:55
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需要查看原始數(shù)據(jù)后才能做出判斷�？赡茉颍� 1、測序質(zhì)量過低。高通量測序大約會有一定比例測序的lane整個(gè)失敗，但比例很低。如果遇到不懂的人當(dāng)然就直接把低質(zhì)量的一起比對再說啦。 2、樣本污染。這個(gè)就像樓上說的，blast一下。如果樓主不會生物信息，就挑選個(gè)20多條看看，注意隨機(jī)挑選，不要光看前面的，前面的read一般質(zhì)量都稍差一點(diǎn)哦。但是發(fā)現(xiàn)是樣本污染，責(zé)任就不好界定啦。以我們實(shí)驗(yàn)室的經(jīng)驗(yàn)，很多可能還真是自己不小心。因?yàn)橛袝r(shí)候污染的樣本我通過信息分析后確定了是其它樣本污染，所謂的其它樣本都沒送給公司。 3、大規(guī)模變異？不知道你的菌種，NCBI上的reference一般不會和你的一模一樣，萬一100個(gè)bp中有5個(gè)變異，你就比對不上啦。測序質(zhì)量稍微低點(diǎn)，100個(gè)bp中有2-3個(gè)變異也比不上啊。 綜上覺得，一個(gè)實(shí)驗(yàn)室還是需要真正懂信息分析的人。見過很多實(shí)驗(yàn)室生物信息的人，發(fā)現(xiàn)完全令人覺得生物信息人員原來可以這么水。 |
7樓2014-08-08 13:37:35
8樓2014-08-08 13:54:46
9樓2015-03-23 17:26:35
園園補(bǔ)補(bǔ)
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10樓2015-03-23 21:45:03
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