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zhoujk0520木蟲 (正式寫手)
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[求助]
求助誰用過QIIME分析Miseq數(shù)據(jù)？跪求幫助 已有1人參與
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學(xué)習(xí)環(huán)境微生物，最近研究QIIME分析。按著官網(wǎng)上的流程和官網(wǎng)提供的454與Illumina的Example跑了一遍數(shù)據(jù)都沒有問題。 可是現(xiàn)在有個(gè)問題。手頭有個(gè)Illumina的Example的數(shù)據(jù)，F(xiàn)astq格式，這個(gè)與官網(wǎng)上的數(shù)據(jù)不大一樣，沒有Mapping File。對(duì)于Miseq測序的最終生成結(jié)果我不是特別了解。請(qǐng)問最終生成的數(shù)據(jù)應(yīng)該是僅僅只有一個(gè)Fastq文件么，沒有 一個(gè)能包含Barcode信息和Primer信息的Mapping File么？ 如果這樣的話，僅有一個(gè)Fastq文件（Fastq包含了堿基和質(zhì)量分?jǐn)?shù)文件以及Barcode），可是這樣的話，官網(wǎng)流程上的check mapping File這一步就不用了吧，而且接下來的 Split library這一步又怎么進(jìn)行呢？ Fastq的去雜和拼接又該怎么進(jìn)行呢？ 求助各位大神！這個(gè)問題困擾了幾天，沒有解決很是著急。這肯定跟我自己的基礎(chǔ)理論知識(shí)不夠全面有關(guān)，可是在摸索QIIME的路上一個(gè)人確實(shí)是有點(diǎn)力不從心。希望各位大神能給予指點(diǎn) 謝謝謝謝��！ |
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peterrjp
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【答案】應(yīng)助回帖
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miseq的數(shù)據(jù)用qiime做其實(shí)也很簡單，除了下機(jī)文件一個(gè)是sff，一個(gè)是fastq，其他跟454流程一樣。測序公司一般會(huì)同時(shí)提供一個(gè)大fastq和若干用barcode分開后的小fastq，也會(huì)給你barcode和primer信息。你用大的fastq分析就好。 qiime的convert_fastaqual_fastq.py腳本可以轉(zhuǎn)化fastq為fasta和qual文件，例如： convert_fastaqual_fastq.py -c fastq_to_fastaqual -f your.fastq 其余步驟和454一樣的。 |
2樓2014-10-21 14:53:25
zhoujk0520
木蟲 (正式寫手)
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3樓2014-11-25 11:11:09
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