 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1520 | 回復(fù): 2 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
zhoujk0520木蟲 (正式寫手)
|
[求助]
求助誰(shuí)用過(guò)QIIME分析Miseq數(shù)據(jù)？跪求幫助 已有1人參與
|
|
|
學(xué)習(xí)環(huán)境微生物，最近研究QIIME分析。按著官網(wǎng)上的流程和官網(wǎng)提供的454與Illumina的Example跑了一遍數(shù)據(jù)都沒(méi)有問(wèn)題。 可是現(xiàn)在有個(gè)問(wèn)題。手頭有個(gè)Illumina的Example的數(shù)據(jù)，F(xiàn)astq格式，這個(gè)與官網(wǎng)上的數(shù)據(jù)不大一樣，沒(méi)有Mapping File。對(duì)于Miseq測(cè)序的最終生成結(jié)果我不是特別了解。請(qǐng)問(wèn)最終生成的數(shù)據(jù)應(yīng)該是僅僅只有一個(gè)Fastq文件么，沒(méi)有 一個(gè)能包含Barcode信息和Primer信息的Mapping File么？ 如果這樣的話，僅有一個(gè)Fastq文件（Fastq包含了堿基和質(zhì)量分?jǐn)?shù)文件以及Barcode），可是這樣的話，官網(wǎng)流程上的check mapping File這一步就不用了吧，而且接下來(lái)的 Split library這一步又怎么進(jìn)行呢？ Fastq的去雜和拼接又該怎么進(jìn)行呢？ 求助各位大神！這個(gè)問(wèn)題困擾了幾天，沒(méi)有解決很是著急。這肯定跟我自己的基礎(chǔ)理論知識(shí)不夠全面有關(guān)，可是在摸索QIIME的路上一個(gè)人確實(shí)是有點(diǎn)力不從心。希望各位大神能給予指點(diǎn) 謝謝謝謝！！ |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境總分308求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
268求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
302求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
306求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料學(xué)學(xué)碩080502 337求調(diào)劑-一志愿華中科技大學(xué)
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
313求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
南昌大學(xué)材料專碩311分求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
316求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
346求調(diào)劑[0856]
已經(jīng)有7人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- QIIME分析454測(cè)序數(shù)據(jù)
已經(jīng)有4人回復(fù)
zhoujk0520
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 3114
- 紅花: 1
- 帖子: 403
- 在線: 224.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 1136410
- 注冊(cè): 2010-11-01
- 性別: GG
- 專業(yè): 制造系統(tǒng)與自動(dòng)化
3樓2014-11-25 11:11:09
peterrjp
鐵桿木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 65 (初中生)
- 金幣: 24487.5
- 紅花: 16
- 帖子: 2608
- 在線: 67小時(shí)
- 蟲號(hào): 395640
- 注冊(cè): 2007-06-08
- 性別: GG
- 專業(yè): 微生物生態(tài)學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
|
miseq的數(shù)據(jù)用qiime做其實(shí)也很簡(jiǎn)單，除了下機(jī)文件一個(gè)是sff，一個(gè)是fastq，其他跟454流程一樣。測(cè)序公司一般會(huì)同時(shí)提供一個(gè)大fastq和若干用barcode分開后的小fastq，也會(huì)給你barcode和primer信息。你用大的fastq分析就好。 qiime的convert_fastaqual_fastq.py腳本可以轉(zhuǎn)化fastq為fasta和qual文件，例如： convert_fastaqual_fastq.py -c fastq_to_fastaqual -f your.fastq 其余步驟和454一樣的。 |
2樓2014-10-21 14:53:25
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 南昌大學(xué)材料專碩311分求調(diào)劑 +6 | 77chaselx 2026-03-20 | 6/300 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +12 | yangfz 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 279分求調(diào)劑 一志愿211 +11 | chaojifeixia 2026-03-19 | 12/600 |
|
|
[考研] 【考研調(diào)劑】化學(xué)專業(yè) 281分，一志愿四川大學(xué)，誠(chéng)心求調(diào)劑 +8 | 吃吃吃才有意義 2026-03-19 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境專碩，總分308求調(diào)劑 +3 | 墨墨漠 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +8 | 申子申申 2026-03-19 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +4 | 一志愿京區(qū)211 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 329求調(diào)劑 +9 | 想上學(xué)吖吖 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩297已過(guò)四六級(jí)求調(diào)劑推薦 +11 | adaie 2026-03-19 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境工程調(diào)劑 +9 | 大可digkids 2026-03-16 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿中國(guó)海洋大學(xué)，生物學(xué)，301分，求調(diào)劑 +5 | 1孫悟空 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +4 | z1z2z3879 2026-03-14 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)工程321分求調(diào)劑 +15 | 大米飯！ 2026-03-15 | 18/900 |
|
|
|
[考研] 0854可跨調(diào)劑，一作一項(xiàng)核心論文五項(xiàng)專利，省、國(guó)級(jí)證書40+數(shù)一英一287 +8 | 小李0854 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研]
 0854，計(jì)算機(jī)類招收調(diào)劑
+3
|
胡辣湯放糖 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)336分求調(diào)劑 +6 | zbzihdhd 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +4 | 太陽(yáng)花天天開心 2026-03-16 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +5 | 大米飯！ 2026-03-15 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 288求調(diào)劑 +4 | 奇點(diǎn)0314 2026-03-14 | 4/200 |
|