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上官若軒新蟲 (初入文壇)
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[求助]
急求！gromacs做sampling時出現(xiàn)的錯誤！ 已有1人參與
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在做sampling時，輸入 gmx grompp -f md_pull.mdp -c npt.gro -p topol.top -n index.ndx -t npt.cpt -o pull.tpr 命令后出現(xiàn)致命錯誤，如下： ------------------------------------------------------- Program gmx, VERSION 5.0 Source code file: /home/lab/gromacs-5.0/src/gromacs/gmxpreprocess/readpull.c, line: 257 Fatal error: Group pull_group1 required by grompp was undefined. For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors 請各位大神幫忙！ |
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2樓2014-08-20 10:50:16
上官若軒
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 96.5
- 帖子: 26
- 在線: 12.7小時
- 蟲號: 2557106
- 注冊: 2013-07-21
- 性別: MM
- 專業(yè): 生物信息學(xué)
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我做的這個是GROMACS Tutorials,Justin A. Lemkul, Ph.D. 里面的例子。.mdp文件是tutorial上面給的，如下： ; Pull code pull = umbrella pull_geometry = distance ; simple distance increase pull_dim = N N Y pull_start = yes ; define initial COM distance > 0 pull_ngroups = 1 pull_group0 = Chain_B pull_group1 = Chain_A pull_rate1 = 0.01 ; 0.01 nm per ps = 10 nm per ns pull_k1 = 1000 ; kJ mol^-1 nm^-2 請問這有什么問題嗎？ |
3樓2014-08-20 11:12:10
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