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[求助]
利用Gromacs在做純?nèi)軇┑膍d.mdp時(shí)，有一個(gè)關(guān)于溫度耦合的設(shè)定沒有明白，求指點(diǎn)！ 已有1人參與
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我利用Gromacs做離子液體的動(dòng)力學(xué)模擬，在寫md.mdp時(shí)，完全搬照網(wǎng)上的例子，這樣寫： title = try cpp = /usr/bin/cpp constraints = none integrator = md dt = 0.002 ; ps ! nsteps = 50000 ; total 100ps nstcomm = 1 nstxout = 500 ; collect data every 1ps nstvout = 0 nstfout = 0 nstlist = 10 ns_type = grid rlist = 1.0 coulombtype = PME rcoulomb = 1.0 vdwtype = cut-off rvdw = 1.4 fourierspacing = 0.12 fourier_nx = 0 fourier_ny = 0 fourier_nz = 0 pme_order = 4 ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes ;Berendsen temperature coupling is on Tcoupl = v-rescale tau_t = 0.1 0.1 tc-grps = protein non-protein ref_t = 300 300 ; Pressure coupling is on Pcoupl = parrinello-rahman Pcoupltype = isotropic 我現(xiàn)在有兩個(gè)問題不明白： （1） 網(wǎng)上的教程中有這樣一句話：“用于explicit solvation 的md.mdp文件內(nèi)容（特殊注釋：做真空模擬，去掉溫度耦合中的 “sol”部分。在有補(bǔ)償離子的模擬中，為離子加入相應(yīng)的溫度耦合參數(shù)）” 在我這里應(yīng)該去掉哪部分？ （2） tc-grps = protein non-protein 表示的具體意思是什么，我看manul沒有很懂，另外我模擬的體系中沒有protein，所以是不是不用寫這句？ 謝謝高人指點(diǎn)！！ |
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2樓2014-08-22 10:14:11
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