shuangliwang

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[求助] 有關(guān)生物大分子的計(jì)算，如何得到.wfn文件？已有3人參與

前段時(shí)間對(duì)生物大分子進(jìn)行計(jì)算，遇到了下面的問題，請(qǐng)大神指教：
   1.從外文網(wǎng)站上下載了分子的.pdf文件
   2.導(dǎo)入GaussianView加氫后，輸出分子的坐標(biāo)。
   3.在工作站進(jìn)行計(jì)算結(jié)束后，未得到所需的.wfn文件。<這一步未對(duì)分子未進(jìn)行優(yōu)化>
不知下步如何處理？

下面是部分輸出內(nèi)容：
----------------------------------------
#B3LYP/6-31G* opt density nosymm out=wfn
----------------------------------------
1/14=-1,18=20,19=15,26=3,38=1/1,3;
2/9=110,12=2,15=1,17=6,18=5,40=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4//1;
5/5=2,38=5/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,22=-1,28=1,31=1/1;
7/30=1/1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(2);
2/9=110,15=1/2;
99/6=1100/99;
2/9=110,15=1/2;
3/5=1,6=6,7=1,11=2,16=1,25=1,30=1,71=1,74=-5/1,2,3;
4/5=5,16=3/1;
5/5=2,38=5/2;
7/30=1/1,2,3,16;
1/14=-1,18=20,19=15/3(-5);
2/9=110,15=1/2;
6/7=2,8=2,9=2,10=2,19=2,22=-1,28=1,31=1/1;
99/6=1100,9=1/99;
------
winter
------
Symbolic Z-matrix:
Charge =  0 Multiplicity = 1
N                   -15.189 -11.394 -5.715
C                   -14.637 -10.165 -5.079
C                   -13.113 -10.218 -5.11
O                   -12.497 -11.126 -4.551
C                   -15.116 -10.081 -3.629
C                   -16.617 -9.815 -3.602
O                   -17.059 -8.693 -3.848
                              .............
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=    1091693 MaxCom=       -54
Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
LenV=    1091693 MaxCom=       -54
Error termination via Lnk1e in /home/g03d01/G09_a01/g09/l502.exe at Mon Jun 30 21:57:56 2014.
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Job cpu time:  1 days  5 hours 30 minutes 51.5 seconds.
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Insufficient memory for a single shell combination in PrsMar called from Prism/PrismC:
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LenV=    1091693 MaxCom=       -54
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LenV=    1091693 MaxCom=       -54
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File lengths (MBytes):  RWF=  36546 Int=    0 D2E=    0 Chk= 1555 Scr=    1

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1樓 2014-08-23 10:00:37

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戴世杰

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

第一次看到用高斯算生物大分子。你在分子描述后面寫了存儲(chǔ)wfn的路徑了嗎？看你的輸出文件，明顯是內(nèi)存不足出錯(cuò)。

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2樓2014-08-23 15:01:26

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shuangliwang

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2樓: Originally posted by 戴世杰 at 2014-08-23 15:01:26
第一次看到用高斯算生物大分子。你在分子描述后面寫了存儲(chǔ)wfn的路徑了嗎？看你的輸出文件，明顯是內(nèi)存不足出錯(cuò)。

剛接觸GS沒多久，所以還是知之甚少，存儲(chǔ)的路徑已經(jīng)寫了。感謝你耐心的回答。

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3樓2014-08-23 16:43:32

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sobereva

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【答案】應(yīng)助回帖

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zhou2009: 金幣+5 2014-08-23 19:48:46
shuangliwang: 金幣+10, ★★★★★最佳答案 2014-09-12 08:13:31

.wfn文件是在最后才輸出的，現(xiàn)在SCF部分已經(jīng)出錯(cuò)而終止了。由于你的體系是生物大分子，默認(rèn)分配的內(nèi)存很小，通常是不夠的。用諸如%mem=5GB給程序分配足夠的內(nèi)存再試

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4樓2014-08-23 18:05:55

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shuangliwang

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引用回帖:

4樓: Originally posted by sobereva at 2014-08-23 18:05:55
.wfn文件是在最后才輸出的，現(xiàn)在SCF部分已經(jīng)出錯(cuò)而終止了。由于你的體系是生物大分子，默認(rèn)分配的內(nèi)存很小，通常是不夠的。用諸如%mem=5GB給程序分配足夠的內(nèi)存再試

謝謝，sob姐姐的回復(fù)，我調(diào)試一下！

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5樓2014-08-25 11:04:15

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chu5263821

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【答案】應(yīng)助回帖

%nprocshared=2(2核并行)
%chk=name.chk
# B3LYP/6-31G* 6D 10F SCF=Verytight output=wfn nosymm
空一行
wfn
空一行
0 1
坐標(biāo)
空一行
name.wfn

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不悔夢(mèng)歸處只恨太匆匆

6樓2014-08-27 14:25:35

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