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panger金蟲 (小有名氣)
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[求助]
VMD作圖時(shí)的問題 已有1人參與
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| 用Multiwfn做過拓?fù)鋵W(xué)分析以后，導(dǎo)出鞍點(diǎn)和鍵徑的pdb文件，在處理鞍點(diǎn)的顏色時(shí)VDM的Graphics-Representation里面的Selected Atoms輸入name C為什么選擇的結(jié)果是全部原子？難道VDM只能區(qū)別不同類型的鞍點(diǎn)？不能區(qū)分原子？我做的是亞硝酸甲酯，不同原子怎么選擇？鍵鞍點(diǎn)的顏色又怎么選擇？望高手解答，謝謝。 |
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sobereva
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先確認(rèn)你已經(jīng)找出了各種類型的臨界點(diǎn)，并且載入到VMD里的是Multiwfn輸出的CPs.pdb。 CPs.pdb里，C/N/O/F分別對(duì)應(yīng)(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)型臨界點(diǎn)。因此你要顯示比如(3,-1)，selected atoms里就輸入name C，如果要顯示(3,+3)，就輸入name F 若修改臨界點(diǎn)的顏色，把Coloring method設(shè)為Color ID，選擇相應(yīng)的顏色即可 此帖有詳細(xì)說明，建議你先做做文中的例子 Multiwfn結(jié)合VMD繪制AIM拓?fù)浞治鰣D http://hi.baidu.com/sobereva/item/40c03f072667a931a3332a8e |
2樓2014-08-25 18:41:20
panger
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3樓2014-08-25 22:59:59
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另外，在您的例子中曾經(jīng)提到的“碳/氮/氧/氟分別對(duì)應(yīng)(3,-3)/(3,-1)/(3,+1)/(3,+3)”。為什么我看到的只是各種臨界點(diǎn)的數(shù)目，并沒有與各種元素相對(duì)應(yīng)？由于是剛剛接觸拓?fù)鋵W(xué)分析，有些問題并不是很明白，(3,-3)一般對(duì)應(yīng)的不是原子核嗎？而(3,-1)對(duì)應(yīng)的是鍵鞍點(diǎn)，(3,+1)/(3,+3)不是環(huán)鞍點(diǎn)和籠鞍點(diǎn)之類的嗎？為什么對(duì)應(yīng)的是元素呢？實(shí)在是有點(diǎn)迷糊，希望麻煩您幫我講講，謝謝。 |
4樓2014-08-25 23:20:48
sobereva
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5樓2014-08-26 03:41:57
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6樓2014-08-26 03:43:35
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