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111222000金蟲 (正式寫手)
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[交流]
關(guān)于靜電勢的強弱問題？ 已有4人參與
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請教各位，關(guān)于下面這個靜電勢的圖形，可不可以說：正的靜電勢因為面積比例大，顏色深，所以要比負(fù)的靜電勢強度大？能不能根據(jù)顏色深淺判斷強度大��？謝謝大家 7`R4{CN7(@%}V_$KW$(JWC7.jpg [ Last edited by 111222000 on 2013-3-7 at 17:42 ] |
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sobereva
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zhou2009: 金幣+4 2013-03-10 14:17:54
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不對照色彩刻度就沒法知道分子表面靜電勢圖的各種顏色對應(yīng)多大數(shù)值。 比如下面這張圖 可見色彩刻度軸是從-40到48 (kcal/mol)，色彩漸變是：藍(lán)-白-紅。因此，在分子表面上，靜電勢為-40以及更負(fù)的區(qū)域?qū)?yīng)的都是藍(lán)色，較負(fù)的區(qū)域是淡藍(lán)色（越負(fù)藍(lán)色越深），較正的區(qū)域是淡紅色（越正紅色越深），>=48的區(qū)域都是紅色。 |
4樓2013-03-10 12:13:21
sobereva
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顯示的時候在representation里把點的大小改大一些，讓他們相互交疊起來，看起來就是個面了。如果你用POVray渲染器再渲染一下可能會更好看。 Multiwfn可以把極值點的坐標(biāo)導(dǎo)出到pdb文件里。將此pdb文件載入到VMD里，并用適當(dāng)大小的圓球方式顯示它們，就能看到分子表面上的極值點位置了。 Display菜單里把Depth Cueing關(guān)掉可以解決發(fā)暗的問題。 作圖時還有許多細(xì)碎、靈活的技巧，需要自行嘗試、摸索，才能讓圖像對于當(dāng)前的體系最美觀、清晰。 |
11樓2013-04-23 18:56:58
sobereva
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5樓2013-03-10 14:27:52
 [ Last edited by 111222000 on 2013-3-10 at 16:27 ] |
6樓2013-03-10 16:25:48
阡陌蔓
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7樓2013-04-21 21:55:38
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阡陌蔓8樓2013-04-22 01:54:13
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9樓2013-04-22 10:09:20
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