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culferry鐵桿木蟲 (小有名氣)
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[求助]
熒光定量PCR檢測(cè)植物mRNA表達(dá)情況，現(xiàn)在僅知道蛋白名稱，不知道該如何下手。 已有1人參與
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熒光定量PCR檢測(cè)植物mRNA表達(dá)情況，現(xiàn)在僅知道蛋白名稱，不知道如何下手，求高手指點(diǎn)！ 我要檢測(cè)表達(dá)的蛋白是： 1、鄰氨基苯甲酸合成酶（Anthranilate Synthase，AS）； 2、色氨酸合成酶（Tryptophan synthase，TSB）； 3、異胡豆苷-β-D-葡萄糖苷酶（Strictosidine-β-D-glucosidase，SGD）； 4、細(xì)胞色素P450氧化還原酶（Cytochrome P450 Reductase, CPR）。 能否幫忙設(shè)計(jì)一下熒光定量PCR引物，或者指點(diǎn)一下怎么設(shè)計(jì)，謝謝！我是新手請(qǐng)多指教！ |
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
culferry: 金幣+10, ★★★很有幫助, 指明了方向 2014-08-29 17:15:35
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這個(gè)問題我來解答。 1. NCBI搜這些基因（一般蛋白和基因名字是一樣的），這時(shí)候分為兩種情況： （1）在你研究的物種中已有報(bào)道該序列，那么簡(jiǎn)單了，直接設(shè)計(jì)引物pcr200bp左右，ok就直接上qPCR （2）沒有報(bào)道你物種的該基因，那么又有兩種情況 （a）已測(cè)轉(zhuǎn)錄組或基因組，從注釋后的庫(kù)里找出你的基因或者部分，設(shè)計(jì)引物pcr方法同上 （b）什么都沒有，那就從別的物種中找這個(gè)基因，肯定有很多，找和你物種接近的，比如都是菊科的植物，然后blast，找到保守區(qū)域，設(shè)計(jì)引物PCR方法同上 明白了嗎？ 具體那種情況告訴我 ，我在幫你分析下！  |
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culferry
2樓2014-08-26 17:32:23
culferry
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3樓2014-08-29 17:13:55
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4樓2014-08-29 19:35:13
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5樓2014-09-01 17:16:26
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6樓2014-09-03 17:28:51
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