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qcmjxmc新蟲 (小有名氣)
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[求助]
求助PAUP使用GTR+G+I模型建ML樹(shù)，具體命令 已有3人參與
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| 建樹(shù)小白一只。。。最近要用PAUP使用GTR+G+I替換模型構(gòu)建ML樹(shù)，從網(wǎng)上看相關(guān)教程一直云里霧里，希望大蟲能幫幫忙，給出具體命令行供學(xué)習(xí)。非常感謝！ |
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lingonghua
鐵桿木蟲 (正式寫手)
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
qcmjxmc(kx444555代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-09-09 09:54:40
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qcmjxmc(kx444555代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2014-09-09 09:54:40
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用modeltest軟件可直接生成命令行，將其拷到序列文件之后即可。例： BEGIN PAUP; Lset Base=(0.2430 0.0266 0.2287) Nst=6 Rmat=(644843.0000 163043.4531 2960.3882 464968.3750 2308065.0000) Rates=gamma Shape=0.4289 Pinvar=0.4903; outgroup H_dim; END; |
2樓2014-08-30 15:03:10
qcmjxmc
新蟲 (小有名氣)
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感謝回復(fù)！ 不過(guò)其實(shí)看不太懂，能否再詳細(xì) 說(shuō)明下各命令代表的意義？ 或者我現(xiàn)在的狀態(tài)時(shí)，用MEGA里的modeltest檢測(cè)到最好的建樹(shù)模型是GTR+G+I，所以下一步想在PAUP里用這個(gè)模型建ML樹(shù)。 執(zhí)行中是windows版打開(kāi)PAUP→輸入數(shù)據(jù)集→設(shè)定查找樹(shù)的標(biāo)準(zhǔn)set criterion=likelihood→【設(shè)定替換模型，這里不會(huì)了。�！俊４鏄�(shù)savetrees file=文件名.tre root=yes brlens=yes savebootp=brlens 以上步驟有無(wú)錯(cuò)誤嗎？還有中間括號(hào)部分命令不太清楚，希望能幫幫我，謝謝！ |
3樓2014-09-09 08:58:13
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7樓2016-03-18 14:55:48
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