 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 5858 | 回復: 6 | |||
qcmjxmc新蟲 (小有名氣)
|
[求助]
求助PAUP使用GTR+G+I模型建ML樹，具體命令 已有3人參與
|
| 建樹小白一只。。。最近要用PAUP使用GTR+G+I替換模型構(gòu)建ML樹，從網(wǎng)上看相關(guān)教程一直云里霧里，希望大蟲能幫幫忙，給出具體命令行供學習。非常感謝！ |
回復此樓» 猜你喜歡
不合理蛙科研實驗中的趣事：實驗器材的 “烏龍”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗中的趣事：和實驗材料的 “斗智斗勇”
已經(jīng)有0人回復
-
化學工程及工業(yè)化學論文潤色/翻譯怎么收費?
已經(jīng)有148人回復
-
蛋白質(zhì)檢測：精準分析，解鎖生物分子的密碼
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之小鼠實驗：嚴謹設計，解析生命機制的重要載體
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之重金屬檢測：精準篩查，守護健康與環(huán)境的防線
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“蛙測重金屬我背鍋三千”
已經(jīng)有0人回復
-
不合理蛙科研實驗之“鼠逃三次我發(fā)三篇SCI”
已經(jīng)有0人回復
-
納米粒度分析
已經(jīng)有3人回復
-
林科院林化所招收材料與化工專業(yè)碩士，坐標南京
已經(jīng)有0人回復
lingonghua
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應助: 7 (幼兒園)
- 金幣: 4980
- 散金: 219
- 紅花: 3
- 帖子: 738
- 在線: 466.5小時
- 蟲號: 335478
- 注冊: 2007-03-31
- 性別: GG
- 專業(yè): 分子與進化生態(tài)學
【答案】應助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
qcmjxmc(kx444555代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵交流 2014-09-09 09:54:40
感謝參與，應助指數(shù) +1
qcmjxmc(kx444555代發(fā)): 金幣+3, 鼓勵交流 2014-09-09 09:54:40
|
用modeltest軟件可直接生成命令行，將其拷到序列文件之后即可。例： BEGIN PAUP; Lset Base=(0.2430 0.0266 0.2287) Nst=6 Rmat=(644843.0000 163043.4531 2960.3882 464968.3750 2308065.0000) Rates=gamma Shape=0.4289 Pinvar=0.4903; outgroup H_dim; END; |
2樓2014-08-30 15:03:10
qcmjxmc
新蟲 (小有名氣)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 81
- 帖子: 103
- 在線: 197.2小時
- 蟲號: 1480753
- 注冊: 2011-11-07
- 專業(yè): 分子與進化生態(tài)學
|
感謝回復！ 不過其實看不太懂，能否再詳細 說明下各命令代表的意義？ 或者我現(xiàn)在的狀態(tài)時，用MEGA里的modeltest檢測到最好的建樹模型是GTR+G+I，所以下一步想在PAUP里用這個模型建ML樹。 執(zhí)行中是windows版打開PAUP→輸入數(shù)據(jù)集→設定查找樹的標準set criterion=likelihood→【設定替換模型，這里不會了。�！俊４鏄鋝avetrees file=文件名.tre root=yes brlens=yes savebootp=brlens 以上步驟有無錯誤嗎？還有中間括號部分命令不太清楚，希望能幫幫我，謝謝！ |
3樓2014-09-09 08:58:13
4樓2015-05-13 16:49:36
5樓2016-03-07 10:50:06
6樓2016-03-08 16:10:24
7樓2016-03-18 14:55:48
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 qcmjxmc 的主題更新
| 7 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 352求調(diào)劑 +3 | 大米飯！ 2026-03-22 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 一志愿西安交通大學材料工程專業(yè) 282分求調(diào)劑 +11 | 楓橋ZL 2026-03-18 | 13/650 |
|
|
[考研] 328求調(diào)劑，英語六級551，有科研經(jīng)歷 +6 | 生物工程調(diào)劑 2026-03-17 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑院校信息 +6 | CX 330 2026-03-21 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學070300 學碩336求調(diào)劑 +5 | vv迷 2026-03-21 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +4 | plum李子 2026-03-21 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿南大，0703化學，分數(shù)336，求調(diào)劑 +3 | 收到VS 2026-03-21 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學碩333求調(diào)劑 +3 | 北道巷 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 南昌大學材料專碩311分求調(diào)劑 +6 | 77chaselx 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿天津大學化學工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +12 | yangfz 2026-03-17 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +6 | △小透明* 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 初始318分求調(diào)劑（有工作經(jīng)驗） +3 | 1911236844 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 曼殊2266 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學 ，070300化學學碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +4 | 晨昏線與星海 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +7 | ^O^乜 2026-03-19 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
 295復試調(diào)劑
+8
|
簡木ChuFront 2026-03-19 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 295材料求調(diào)劑，一志愿武漢理工085601專碩 +5 | Charlieyq 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 086500 325 求調(diào)劑 +3 | 領帶小熊 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料工程專碩調(diào)劑 +5 | 204818@lcx 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +4 | 太陽花天天開心 2026-03-16 | 4/200 |
|