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limoujie1987銅蟲(chóng) (初入文壇)
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Autodock 對(duì)接結(jié)果已出，最后一步分析show interactions 時(shí)出錯(cuò)，求大神賜教 已有2人參與
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對(duì)接信息：Windows 7系統(tǒng)，下載安裝的autodock4.2.6最新版本，MGLTools 1.5.6，受體大分子下載自PDB數(shù)據(jù)庫(kù)，小分子通過(guò)Chem3D生成，能量并最小化。大分子去水加全氫（查詢(xún)資料有的地方說(shuō)是加極性氫，手冊(cè)里面的是全氫，我選擇的全氫），Grid步驟選擇大分子時(shí)初始化大分子正常，但提示分子中有些CA沒(méi)有電荷，我直接點(diǎn)確定跳過(guò)了，上面兩點(diǎn)是我覺(jué)得可能出問(wèn)題的地方，后面對(duì)接步驟都正常，得到結(jié)果文件后進(jìn)行 show interactions 分析，出現(xiàn)錯(cuò)誤，求大神賜教。 分析結(jié)果時(shí)彈出的錯(cuò)誤提示如下： Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit self.build() File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__ self.build(detect_pi=detect_pi) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff) # File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3)) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize a = concatenate( (a,)*n_copies) MemoryError |
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受體大分子，我平時(shí)是拿SYBYL的Biopolymer模塊來(lái)做受體準(zhǔn)備的。原因是里面的界面能夠?qū)κ荏w進(jìn)行各種檢查，異常的氨基酸殘基能夠在界面中顯示，方便查看它與對(duì)接位點(diǎn)的距離。氨基酸殘基的質(zhì)子化狀態(tài)和互變異構(gòu)，不會(huì)以報(bào)錯(cuò)的形式出現(xiàn)，需要你自己檢查。 搜索報(bào)錯(cuò)，http://autodock.1369657.n2.nabbl ... m-Mg-td1493897.html和http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=11&t=2039都和你的挺像�？礃幼邮羌与姾傻膯�(wèn)題。Ca離子附近是不是有兩個(gè)N原子啊，是不是那兩個(gè)N原子沒(méi)有正確地加電荷？ |
3樓2014-09-10 16:43:38
4樓2014-09-10 20:23:19
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