 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 4684 | 回復(fù): 10 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
limoujie1987銅蟲 (初入文壇)
|
[求助]
Autodock 對接結(jié)果已出，最后一步分析show interactions 時(shí)出錯(cuò)，求大神賜教 已有2人參與
|
|
|
對接信息：Windows 7系統(tǒng)，下載安裝的autodock4.2.6最新版本，MGLTools 1.5.6，受體大分子下載自PDB數(shù)據(jù)庫，小分子通過Chem3D生成，能量并最小化。大分子去水加全氫（查詢資料有的地方說是加極性氫，手冊里面的是全氫，我選擇的全氫），Grid步驟選擇大分子時(shí)初始化大分子正常，但提示分子中有些CA沒有電荷，我直接點(diǎn)確定跳過了，上面兩點(diǎn)是我覺得可能出問題的地方，后面對接步驟都正常，得到結(jié)果文件后進(jìn)行 show interactions 分析，出現(xiàn)錯(cuò)誤，求大神賜教。 分析結(jié)果時(shí)彈出的錯(cuò)誤提示如下： Unable to assign HYB type to atom N Unable to assign HYB type to atom N ERROR ********************************************* Traceback (most recent call last): File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto result = command( *args, **kw ) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit self.build() File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__ self.build(detect_pi=detect_pi) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff) # File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3)) File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize a = concatenate( (a,)*n_copies) MemoryError |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
334分 一志愿武理-080500 材料求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
324分 085600材料與化工
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
各位老師好，我的一志愿為北京科技大學(xué)085601材料專碩
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
309求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
調(diào)劑推薦
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿西交大080500材料學(xué)碩349
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
一志愿北京科技大學(xué)085601材料工程英一數(shù)二初試總分335求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
352分-085602-一志愿985
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
273求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
349求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 【求助】高手求助,Autodock4 最后一步無法對接,弄了幾天!
已經(jīng)有7人回復(fù)
- 【求助】計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 【求助】求助：怎樣將Autodock做出來的對接圖保存成pdb格式？謝謝
已經(jīng)有12人回復(fù)
fanc232
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 8 (幼兒園)
- 金幣: 1238.4
- 散金: 206
- 紅花: 3
- 帖子: 253
- 在線: 108.7小時(shí)
- 蟲號: 1046781
- 注冊: 2010-06-24
- 性別: MM
- 專業(yè): 細(xì)胞生物學(xué)研究中的新方法
7樓2014-09-11 18:21:37
limoujie1987
銅蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 3.4
- 帖子: 40
- 在線: 71.3小時(shí)
- 蟲號: 1639191
- 注冊: 2012-02-24
- 專業(yè): 食品科學(xué)基礎(chǔ)
2樓2014-09-10 13:34:02
fanc232
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 8 (幼兒園)
- 金幣: 1238.4
- 散金: 206
- 紅花: 3
- 帖子: 253
- 在線: 108.7小時(shí)
- 蟲號: 1046781
- 注冊: 2010-06-24
- 性別: MM
- 專業(yè): 細(xì)胞生物學(xué)研究中的新方法
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
limoujie1987: 金幣+8 2014-09-11 14:57:21
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
limoujie1987: 金幣+8 2014-09-11 14:57:21
|
受體大分子，我平時(shí)是拿SYBYL的Biopolymer模塊來做受體準(zhǔn)備的。原因是里面的界面能夠?qū)κ荏w進(jìn)行各種檢查，異常的氨基酸殘基能夠在界面中顯示，方便查看它與對接位點(diǎn)的距離。氨基酸殘基的質(zhì)子化狀態(tài)和互變異構(gòu)，不會(huì)以報(bào)錯(cuò)的形式出現(xiàn)，需要你自己檢查。 搜索報(bào)錯(cuò)，http://autodock.1369657.n2.nabbl ... m-Mg-td1493897.html和http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=11&t=2039都和你的挺像�？礃幼邮羌与姾傻膯栴}。Ca離子附近是不是有兩個(gè)N原子啊，是不是那兩個(gè)N原子沒有正確地加電荷？ |
3樓2014-09-10 16:43:38
4樓2014-09-10 20:23:19
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 070300化學(xué)279求調(diào)劑 +9 | 哈哈哈^_^ 2026-03-31 | 11/550 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 346求調(diào)劑 一志愿070303有機(jī)化學(xué) +11 | 蘿卜燉青菜 2026-03-28 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 08開頭看過來�。�！ +3 | wwwwffffff 2026-03-31 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +3 | 熹僖XX 2026-03-31 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 362求調(diào)劑 +9 | 西南交材料專碩3 2026-03-31 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 一志愿中海洋材料357 +4 | 麥恩莉. 2026-03-30 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +10 | 舊吢 2026-03-24 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭大材料工程290求調(diào)劑 +12 | Youth_ 2026-03-30 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 370求調(diào)劑 +3 | 080700調(diào)劑 2026-03-30 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 11408總分309，一志愿東南大學(xué)求調(diào)劑，不挑專業(yè) +5 | 天賦帶到THU 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿北京化工大學(xué)材料與化工（085600）296求調(diào)劑 +25 | 稻妻小編 2026-03-26 | 25/1250 |
|
|
|
[考研]
 105500藥學(xué)求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué)藥學(xué)，348分
+3
|
gr哈哈哈 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 348求調(diào)劑 +6 | 小懶蟲不懶了 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +6 | 汲亦昊 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料求調(diào)劑一志愿哈工大324 +7 | 閆旭東 2026-03-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +4 | lim0922 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +6 | wasdssaa 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境專碩324分求調(diào)劑推薦 +5 | 軒小寧—— 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +5 | jj涌77 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 李李不服輸 2026-03-25 | 3/150 |
|