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盤點(diǎn)：三大你不可不知的開放性生物信息分析平臺(tái) 已有3人參與
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隨著高通量測(cè)序技術(shù)的快速發(fā)展，產(chǎn)生了海量的生物學(xué)數(shù)據(jù)，這也對(duì)生物信息學(xué)分析技術(shù)提出了很高的要求。為此，各種生物信息分析平臺(tái)孕育而生。生物信息學(xué)分析平臺(tái)是將各種生物信息學(xué)分析軟件集成起來(lái)，通過(guò)網(wǎng)頁(yè)或者命令行的方式進(jìn)行生物信息分析的平臺(tái)，下面將一一介紹三個(gè)常用的生物信息分析平臺(tái)。 1、Galaxy Galaxy是一個(gè)開放的基于網(wǎng)頁(yè)的生物信息分析平臺(tái)，目前已經(jīng)部署投入使用的公共Galaxy分析平臺(tái)約有30個(gè)。通過(guò)該平臺(tái)，能夠在不下載和安裝任何軟件或工具的前提下做各種生物信息分析，并能夠記錄每一步分析過(guò)程，同時(shí)可以與其他科研人員分享分析的歷史記錄和構(gòu)建的工作流。比如，由國(guó)家基因庫(kù)搭建、配置和維護(hù)的公共開放的Galaxy平臺(tái)（ http://biocloud.cngb.org/galaxy/root），可以為國(guó)內(nèi)外用戶提供運(yùn)算存儲(chǔ)資源和流程化分析服務(wù)，它整合了各種生物信息學(xué)分析工具，可以友好方便的構(gòu)建生物數(shù)據(jù)分析工作流，是集數(shù)據(jù)上傳檢索及處理、序列比對(duì)組裝、序列分析、SNP/WGA分析、數(shù)據(jù)可視化等眾多生物信息分析功能于一體的公共開放性平臺(tái)。 2、GenePattern GenePattern生物分析平臺(tái)提供了用于基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、SNP分析和常見數(shù)據(jù)處理分析的150多個(gè)分析工具，并且該平臺(tái)具有word插件，可以將分析流程添加到doc文檔中。具體見鏈接 http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/ 3、DNAnexus分析平臺(tái) DNAnexus生物分析平臺(tái)主要側(cè)重下一代測(cè)序技術(shù)的信息分析，部分功能可免費(fèi)使用。DNAnexus（https://www.dnanexus.com/）生物分析平臺(tái)是致力于打造云端數(shù)據(jù)分析平臺(tái)，2011年獲Google Ventures和TPG Biotech投資，DNAnexus將和Google共建開放式DNA數(shù)據(jù)庫(kù)，以取代美國(guó)政府的國(guó)家生物技術(shù)信息中心（NCBI）。該平臺(tái)最大的特點(diǎn)是使用google的云服務(wù)，將數(shù)據(jù)存在云端，科研人員可通過(guò)軟件即可訪問(wèn)這些數(shù)據(jù)。 [ Last edited by yqbter on 2014-9-10 at 14:05 ] |
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2樓2014-09-11 08:44:19
cheaiyang
銀蟲 (初入文壇)
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- 專業(yè): 生物化學(xué)
3樓2014-09-12 19:56:29
卷舒_ray
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小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
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看看http://biocloud.cngb.org/galaxy/root http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/ https://www.dnanexus.com |
4樓2014-12-22 16:37:49
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