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盤點(diǎn)：三大你不可不知的開放性生物信息分析平臺 已有3人參與
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隨著高通量測序技術(shù)的快速發(fā)展，產(chǎn)生了海量的生物學(xué)數(shù)據(jù)，這也對生物信息學(xué)分析技術(shù)提出了很高的要求。為此，各種生物信息分析平臺孕育而生。生物信息學(xué)分析平臺是將各種生物信息學(xué)分析軟件集成起來，通過網(wǎng)頁或者命令行的方式進(jìn)行生物信息分析的平臺，下面將一一介紹三個常用的生物信息分析平臺。 1、Galaxy Galaxy是一個開放的基于網(wǎng)頁的生物信息分析平臺，目前已經(jīng)部署投入使用的公共Galaxy分析平臺約有30個。通過該平臺，能夠在不下載和安裝任何軟件或工具的前提下做各種生物信息分析，并能夠記錄每一步分析過程，同時可以與其他科研人員分享分析的歷史記錄和構(gòu)建的工作流。比如，由國家基因庫搭建、配置和維護(hù)的公共開放的Galaxy平臺（ http://biocloud.cngb.org/galaxy/root），可以為國內(nèi)外用戶提供運(yùn)算存儲資源和流程化分析服務(wù)，它整合了各種生物信息學(xué)分析工具，可以友好方便的構(gòu)建生物數(shù)據(jù)分析工作流，是集數(shù)據(jù)上傳檢索及處理、序列比對組裝、序列分析、SNP/WGA分析、數(shù)據(jù)可視化等眾多生物信息分析功能于一體的公共開放性平臺。 2、GenePattern GenePattern生物分析平臺提供了用于基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白質(zhì)組、SNP分析和常見數(shù)據(jù)處理分析的150多個分析工具，并且該平臺具有word插件，可以將分析流程添加到doc文檔中。具體見鏈接 http://www.broadinstitute.org/cancer/software/genepattern/ 3、DNAnexus分析平臺 DNAnexus生物分析平臺主要側(cè)重下一代測序技術(shù)的信息分析，部分功能可免費(fèi)使用。DNAnexus（https://www.dnanexus.com/）生物分析平臺是致力于打造云端數(shù)據(jù)分析平臺，2011年獲Google Ventures和TPG Biotech投資，DNAnexus將和Google共建開放式DNA數(shù)據(jù)庫，以取代美國政府的國家生物技術(shù)信息中心（NCBI）。該平臺最大的特點(diǎn)是使用google的云服務(wù)，將數(shù)據(jù)存在云端，科研人員可通過軟件即可訪問這些數(shù)據(jù)。 [ Last edited by yqbter on 2014-9-10 at 14:05 ] |
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4樓2014-12-22 16:37:49
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