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卡開發(fā)發(fā)專家顧問 (著名寫手)
Ab Initio Amateur
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[求助]
mpiifort+mkl編譯ELK運(yùn)行問題求助 已有1人參與
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本人編譯ELK，采用的是mpiifort（v11）+mkl（v10.2），編譯過程沒什么問題。問題在于運(yùn)行過程，我嘗試運(yùn)行了test-001下面例子，計(jì)算得到的能量似乎和程序得到的能量有很大差異，如果不采用mkl而采用內(nèi)置的lib就沒有這個(gè)問題，但核心利用效率很低（程序如不考慮mkl_thread會(huì)按照k并行，如果采用mkl_thread則可以提升效率）。 另外，vasp采用mkl有時(shí)也會(huì)出現(xiàn)“正能值”的問題。這兩個(gè)問題是否同一原因?qū)е�？（測(cè)試下來SIESTA并沒有這樣的問題）。 對(duì)于這些問題有什么解決方案？產(chǎn)生這些問題的原因是什么？從這個(gè)問題看，如果是自己寫程序該注意些什么？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
卡開發(fā)發(fā): 金幣+30, ★★★★★最佳答案, ELK下zfftifc_fftw.f90和mkl的選項(xiàng)兩者似乎不能同時(shí)使用，MKL10有時(shí)候確實(shí)很不穩(wěn)定。 2014-09-12 13:58:32
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卡開發(fā)發(fā): 金幣+30, ★★★★★最佳答案, ELK下zfftifc_fftw.f90和mkl的選項(xiàng)兩者似乎不能同時(shí)使用，MKL10有時(shí)候確實(shí)很不穩(wěn)定。 2014-09-12 13:58:32
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不同版本的MKL的參數(shù)會(huì)發(fā)生一定變化，程序并未修改，這導(dǎo)致有的時(shí)候有隱蔽的錯(cuò)誤發(fā)生——或者對(duì)于某些體系有錯(cuò)誤發(fā)生（內(nèi)存用量達(dá)到一定程度的時(shí)候）。 如果算出來和樣例不對(duì)就肯定有問題，可以嘗試換默認(rèn)LAPACK/BLAS, ATLAS, GotoBLAS等等看看結(jié)果有無變化。 |
2樓2014-09-12 03:01:08
卡開發(fā)發(fā)
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fzx2008: 金幣+5, 謝謝補(bǔ)充 2014-09-12 14:40:02
fzx2008: 金幣+5, 謝謝補(bǔ)充 2014-09-12 14:40:02
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問題已經(jīng)解決， zfftifc_fftw.f90用mkl編譯會(huì)出問題，不采用mkl即可。 非k點(diǎn)并行fft_lib用-lfftw3和-lfftw3_threads即可，編譯前做如下設(shè)置（參照官網(wǎng)以12核心為例）： export OMP_NUM_THREADS=4 export OMP_NESTED=true export OMP_DYNAMIC=false export MKL_NUM_THREADS=8 export MKL_DYNAMIC=true 這樣即便gamma點(diǎn)也可以并行。 |
3樓2014-09-12 13:55:02
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4樓2014-09-12 13:57:05
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5樓2014-09-12 16:28:26
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6樓2014-09-12 17:03:49
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