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aileen小寧鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
分子對接問題!請教各位大神幾個關于分子對接的問題 已有1人參與
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小樓因為要做畢業(yè)論文剛接觸到分子對接軟件,做的是小分子配體和蛋白質的對接,想問幾個入門問題,問的淺顯還望大神勿噴。 1 從PDB中下載的蛋白復合晶體可以分離嗎(看其他相似論文有這種說法),但我試過在ADS里面打開好像只有蛋白的結構,藥物分子的看不到,求解。 2 配體分子都是自己根據構效關系設計出來的嗎?還是說能設置參數(shù)之類的通過autodock 軟件設計出來?看到有參考說到生物電子等排替換不知道怎么回事。 3 聽說配體分子是用chemdraw畫出來的,再用PMOL優(yōu)化.....還有其他方便的辦法木有,pmol也不會用啊啊啊... 4 grid box參數(shù)和對接運行參數(shù)設置如何確定 第一次在木蟲里發(fā)帖,新手金幣也不多,問題可能很水....見諒見諒 希望有大神出來幫幫我,跪謝啊 |
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