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@漂洋過(guò)海@金蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
DS對(duì)接中蛋白質(zhì)活性位點(diǎn)定義問(wèn)題 已有3人參與
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| 請(qǐng)教大牛，假如在PDB數(shù)據(jù)庫(kù)下載的蛋白質(zhì)上面有多個(gè)配體應(yīng)該選擇哪個(gè)配體去定義活性位點(diǎn)？如何選擇？選擇的原則是什么？謝謝！比如PDB-ID為4C20的蛋白質(zhì)上面有多個(gè)配體，如何選擇？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
| 對(duì)接不能單純?yōu)榱藢W(xué)習(xí)對(duì)接而做對(duì)接。首先要問(wèn)自己你想解決什么問(wèn)題，這些問(wèn)題是否有人曾經(jīng)做過(guò)類(lèi)似對(duì)接的工作。如果不能回答這個(gè)問(wèn)題，就很難確定到底選擇哪個(gè)活性位點(diǎn)。另外PDB中的蛋白質(zhì)中的多個(gè)配體也不一定都是活性配體，很有可能是晶體結(jié)晶時(shí)為了幫助結(jié)晶加進(jìn)去的一些小分子化合物或者像PEG類(lèi)的化合物。另外bindingDB比pdb.org里的信息更準(zhǔn)確，提供的是具有binding活性的配體�？梢匀indingDB里面查查4c20的情況。 |
2樓2014-09-18 12:44:17
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3樓2014-12-05 13:13:51
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4樓2014-12-09 13:30:28
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