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請教realtime qPCR跨內(nèi)含子引物使用primer-blast設(shè)計后，檢查其錯誤二級結(jié)構(gòu)
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要做single cell qPCR，要設(shè)計90多個引物， 現(xiàn)在使用NCBI的PRIMER-blast設(shè)計的primer， 兩個引物分別在兩個exon上，primer-blast給出了一些跨內(nèi)含子的引物，并且有同源對比之類的， 但是這些引物有些不是很合適，例如3`有多個連續(xù)相同堿基，末端有A， 如何確定這樣跨內(nèi)含子引物的二級結(jié)構(gòu)是否合理？我一個一個放primer5里去找，基本都有錯配，交聯(lián)，發(fā)卡結(jié)構(gòu)，很是郁悶，有沒有比較好的篩選方式？畢竟90多個引物，要坑掛了。 是否有些設(shè)置可以篩選？ 或者如何設(shè)計跨內(nèi)含子的引物，并且驗證其二級結(jié)構(gòu)？ 請大俠們指點！ |
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2樓2014-09-19 10:02:08
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