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請教realtime qPCR跨內(nèi)含子引物使用primer-blast設計后,檢查其錯誤二級結(jié)構(gòu)
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要做single cell qPCR,要設計90多個引物, 現(xiàn)在使用NCBI的PRIMER-blast設計的primer, 兩個引物分別在兩個exon上,primer-blast給出了一些跨內(nèi)含子的引物,并且有同源對比之類的, 但是這些引物有些不是很合適,例如3`有多個連續(xù)相同堿基,末端有A, 如何確定這樣跨內(nèi)含子引物的二級結(jié)構(gòu)是否合理?我一個一個放primer5里去找,基本都有錯配,交聯(lián),發(fā)卡結(jié)構(gòu),很是郁悶,有沒有比較好的篩選方式?畢竟90多個引物,要坑掛了。 是否有些設置可以篩選? 或者如何設計跨內(nèi)含子的引物,并且驗證其二級結(jié)構(gòu)? 請大俠們指點! |


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