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wungung金蟲 (初入文壇)
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[求助]
請教！關(guān)于Gromacs計算分子內(nèi)兩個官能團之間距離的問題
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請教各位一個問題吶！我想算一個分子中兩個官能團之間的距離，就是兩個官能團質(zhì)心之間的距離。 我先建了一個ndx文件，將兩個官能團分別劃成了一個group。 然后用命令g_dist -f .xtc -n .ndx -s .tpr -o .xvg -intra（因為是只算分子內(nèi)的）。 之后選擇了我要算得兩個group。 可是為什么我算出來的xvg文件中的距離都不合理呀？浮動很大而且和理論值差了一個數(shù)量級。。哪位高人能夠幫幫我，這個問題在哪里呀？ g_dist這個命令手冊里面說是依據(jù)時間算的，可是我只是想算每個分子內(nèi)這兩個官能團間的距離，不涉及到時間吶……是不是我選錯命令了呢…… 這個應該不能用g_bond吧？兩個group之間是沒有bond的呢。。。。。 |
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