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小木蟲論壇-學(xué)術(shù)科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » MS » MS建模問題
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fengshiquan鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
MS建模問題 已有1人參與
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| 已經(jīng)用gaussview建立一個離子液體對，并導(dǎo)入到MS中了，請問如何在MS中建立盒子、添加一定數(shù)目的離子液體，請各位蟲友指教，謝謝 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
fengshiquan: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝你的回復(fù)，我去試一下，有問題再請教你 2014-09-22 21:56:19
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fengshiquan: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝你的回復(fù)，我去試一下，有問題再請教你 2014-09-22 21:56:19
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你在GaussianView里不必建離子對啊，就建單個離子，因為離子在溶液環(huán)境下是分散的，然后將離子分別倒入到MS，賦予它們力場和電荷，然后在MS里有一個Amorphous Cell模塊，選calculation，出來一個選擇框，選中你要加入的離子和在其右邊水設(shè)置好粒子個數(shù)，設(shè)置好密度，還有其他的一些設(shè)置，如力場、范得華力和靜電力。這樣就可以了。 另，若你不知道準確密度，可先設(shè)一個大概密度，然后NPT跑動力學(xué)，從輸出文件里就可以知道準確密度了 |
2樓2014-09-22 09:06:41
fengshiquan
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3樓2014-09-22 22:44:50
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4樓2014-09-23 09:41:02
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