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hjy2940

銅蟲 (小有名氣)

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[求助] lammps求小分子密度

最近剛學(xué)lammps, 準備先算個小分子密度來verify，可能是對計算流程不是很熟悉，自己寫的code有問題，好像需要再加個fix或者其他修改，大家能給點意見嗎

#initialization
units real
atom_style full
dimension 3
boundary p p p

#force field information
pair_style lj/cut/coul/long 12
bond_style harmonic
angle_style harmonic
dihedral_style opls
kspace_style ewald 1e-4

read_data data.mol

velocity all create 1000.0 825577 dist gaussian

# settings
neighbor 2.0 bin
neigh_modify delay 5

#thermo setting
thermo_style multi

timestep 2.0

#minimize
min_style sd
minimize 1.0e-10 1.0e-10 5000 5000

variable mass equal mass(all)/6.022e23
variable vol equal vol*1.0e-24
variable density equal v_mass/v_vol

fix density all ave/time 100.0 1.0 100.0 v_density file density.mol

thermo 100
thermo_style custom step temp press v_density

run 1000

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材料

1樓 2014-09-23 20:45:22

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智能機器人

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